转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 70 / 138 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001837 Chr03 NC_080389.1:25202324-25202336promoter 内 1878-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25204447-25208084(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAGTTGACTTTC
SmilChr01G004542 Chr01 NC_080387.1:63568884-63568896promoter 内 1757-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63571128-63574750(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACTTT
SmilChr01G001027 Chr01 NC_080387.1:21413572-21413584promoter 内 1722-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21415851-21418013(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACCTA
SmilChr01G001475 Chr01 NC_080387.1:28533743-28533755promoter 内 1685-1697 bp + 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28536059-28538387(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTGAT
SmilChr02G001878 Chr02 NC_080388.1:34085695-34085707promoter 内 1652-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34088044-34090623(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTGAA
SmilChr01G003938 Chr01 NC_080387.1:57711079-57711091promoter 内 1552-1564 bp + 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57706030-57708642(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAACAAT
SmilChr03G002576 Chr03 NC_080389.1:40979837-40979849promoter 内 1513-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40982325-40982398(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGTTGACTTCA
SmilChr01G004524 Chr01 NC_080387.1:63443410-63443422promoter 内 1507-1519 bp + 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63439237-63440928(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACAGG
SmilChr03G000216 Chr03 NC_080389.1:2511322-2511334promoter 内 1490-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2513833-2516724(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACTAC
SmilChr01G005892 Chr01 NC_080387.1:74853023-74853035promoter 内 1474-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74855550-74858226(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGTTGACTGAA
SmilChr03G003843 Chr03 NC_080389.1:57554992-57555004promoter 内 1467-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57557526-57571693(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTTGT
SmilChr01G002697 Chr01 NC_080387.1:45231278-45231290promoter 内 1363-1375 bp - 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45233916-45235474(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACTCT
SmilChr01G005556 Chr01 NC_080387.1:72382775-72382787promoter 内 1320-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72377029-72380106(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAAGTCAACAAT
SmilChr03G000195 Chr03 NC_080389.1:2183789-2183801promoter 内 1286-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2178065-2181086(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACTTT
SmilChr01G000112 Chr01 NC_080387.1:1906322-1906334promoter 内 1256-1268 bp - 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1909067-1909139(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTAAGTCAACAAT
SmilChr01G003284 Chr01 NC_080387.1:51533919-51533931promoter 内 1245-1257 bp - 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51528557-51531175(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTGAT
SmilChr02G000163 Chr02 NC_080388.1:2121405-2121417promoter 内 1245-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2124161-2124677(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAGTTGACTGTC
SmilChr03G003372 Chr03 NC_080389.1:52077916-52077928promoter 内 1245-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52067651-52075172(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACATG
SmilChr02G001558 Chr02 NC_080388.1:28869889-28869901promoter 内 1191-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28865728-28867091(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGTTGACTATT
SmilChr01G004746 Chr01 NC_080387.1:65636295-65636307promoter 内 1141-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65631238-65633447(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACACA
SmilChr02G004039 Chr02 NC_080388.1:62711421-62711433promoter 内 1006-1018 bp - 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62706465-62708438(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTAAA
SmilChr03G003872 Chr03 NC_080389.1:57823235-57823247promoter 内 977-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57826259-57833777(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGGTTTGACTAAT
SmilChr03G001982 Chr03 NC_080389.1:28970984-28970996promoter 内 918-930 bp + 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28963505-28967913(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACACA
SmilChr03G004286 Chr03 NC_080389.1:61270923-61270935promoter 内 914-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61274010-61275939(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTTGT
SmilChr01G004747 Chr01 NC_080387.1:65636295-65636307promoter 内 910-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65639386-65639457(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTAA
SmilChr03G003656 Chr03 NC_080389.1:55404821-55404833promoter 内 909-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55398768-55401741(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACTTT
SmilChr03G003704 Chr03 NC_080389.1:55990755-55990767promoter 内 833-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55984765-55987599(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTTGT
SmilChr02G004360 Chr02 NC_080388.1:65884642-65884654promoter 内 788-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65880094-65881441(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTTGT
SmilChr02G005339 Chr02 NC_080388.1:74237106-74237118promoter 内 736-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74240371-74242892(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGTTTGACTATA
SmilChr02G005126 Chr02 NC_080388.1:72730627-72730639promoter 内 696-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72733932-72743060(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTAA
SmilChr02G000856 Chr02 NC_080388.1:14602018-14602030promoter 内 677-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14605342-14605797(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACAGG
SmilChr02G000862 Chr02 NC_080388.1:14802807-14802819promoter 内 674-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14806134-14806589(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAAGTCAACAGG
SmilChr02G003129 Chr02 NC_080388.1:52323355-52323367promoter 内 650-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52318231-52320016(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGGTTGACTCTC
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48544243-48544255promoter 内 639-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48539710-48540893(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACATG
SmilChr03G003651 Chr03 NC_080389.1:55276661-55276673promoter 内 599-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55271835-55273271(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTGTTGACTTTA
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6616890-6616902promoter 内 420-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6620471-6623501(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTAGTTGACTTTT
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SmilChr03G002988 Chr03 NC_080389.1:46702859-46702871promoter 内 306-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46706554-46707518(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTATG
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