转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 72 / 128 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005539 Chr01 NC_080387.1:72223563-72223577promoter 内 1420-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 72226144-72227093(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr02G001783 Chr02 NC_080388.1:32606453-32606467promoter 内 1359-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 32609095-32611523(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCATCACCGCCT
SmilChr05G003285 Chr05 NC_080391.1:42945596-42945610promoter 内 1293-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 42948304-42949756(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGGCG
SmilChr04G003788 Chr04 NC_080390.1:54046558-54046572promoter 内 1248-1262 bp + 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 54031212-54043819(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATCGGG
SmilChr07G000542 Chr07 NC_080393.1:3741273-3741287promoter 内 1212-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3735971-3738498(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGG
SmilChr01G002430 Chr01 NC_080387.1:41845968-41845982promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 41837718-41842905(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCGGTGGTGGCGG
SmilChr07G000115 Chr07 NC_080393.1:648053-648067promoter 内 904-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 644810-644970(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAACTCCACCGCCA
SmilChr04G000273 Chr04 NC_080390.1:2530753-2530767promoter 内 661-675 bp - 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 2517537-2527427(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCTCCACCGCCT
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4498392-4498406promoter 内 544-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4492434-4494949(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCGG
SmilChr06G002730 Chr06 NC_080392.1:39391433-39391447promoter 内 3822-3836 bp - 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39390266-39391268(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGATT
SmilChr03G003976 Chr03 NC_080389.1:58777340-58777354promoter 内 3525-3539 bp + 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58776776-58776878(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGAAGG
SmilChr08G003946 Chr08 NC_080394.1:47250747-47250761promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 47251241-47254671(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGGCCACCGCCG
SmilChr01G003524 Chr01 NC_080387.1:53873324-53873338promoter 内 3478-3492 bp - 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 53873847-53875602(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGAAGA
SmilChr03G000383 Chr03 NC_080389.1:4278923-4278937promoter 内 3354-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4277112-4278290(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCAACCACCGCCG
SmilChr04G000922 Chr04 NC_080390.1:12064945-12064959promoter 内 3298-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 12057878-12064256(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCTTCCACCGCCG
SmilChr08G004005 Chr08 NC_080394.1:48347435-48347449promoter 内 3268-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48348168-48356633(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCTCCACCGCCT
SmilChr08G003970 Chr08 NC_080394.1:47729871-47729885promoter 内 3261-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 47726840-47729145(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATACCTCCACCGCCG
SmilChr08G001097 Chr08 NC_080394.1:8464306-8464320promoter 内 3234-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8465073-8468451(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGTCGGTGGAGGGGC
SmilChr01G001040 Chr01 NC_080387.1:21635375-21635389promoter 内 3222-3236 bp - 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21636154-21637788(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGATTG
SmilChr07G002196 Chr07 NC_080393.1:20161979-20161993promoter 内 3110-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20162870-20163647(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCTGGAGG
SmilChr07G001461 Chr07 NC_080393.1:11437974-11437988promoter 内 3061-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11438914-11443460(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGGCG
SmilChr06G000630 Chr06 NC_080392.1:5576029-5576043promoter 内 3032-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5576998-5577070(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCGT
SmilChr03G003106 Chr03 NC_080389.1:48203394-48203408promoter 内 2956-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48204439-48205522(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTTC
SmilChr03G003105 Chr03 NC_080389.1:48193891-48193905promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48194938-48196021(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTTC
SmilChr02G004241 Chr02 NC_080388.1:64608186-64608200promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64609251-64610499(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTTC
SmilChr02G004242 Chr02 NC_080388.1:64617832-64617846promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64618897-64620145(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTTC
SmilChr07G000322 Chr07 NC_080393.1:2169849-2169863promoter 内 2926-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2168715-2168788(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTAAG
SmilChr08G003971 Chr08 NC_080394.1:47729871-47729885promoter 内 2867-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 47731005-47732498(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGTAT
SmilChr02G000169 Chr02 NC_080388.1:2180046-2180060promoter 内 2736-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2177866-2178795(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGACCACCGCTG
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16831298-16831312promoter 内 2709-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16832590-16834140(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCACCACCGCCC
SmilChr01G005859 Chr01 NC_080387.1:74519467-74519481promoter 内 2693-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 74514983-74518173(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAAGGTG
SmilChr04G002900 Chr04 NC_080390.1:45271968-45271982promoter 内 2591-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45273378-45273800(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATACCTCCACCGCCG
SmilChr03G003975 Chr03 NC_080389.1:58777340-58777354promoter 内 2585-2599 bp + 1402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58772403-58775938(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGGGAAGG
SmilChr05G001149 Chr05 NC_080391.1:9653264-9653278promoter 内 2581-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9648488-9651858(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGTTGC
SmilChr06G002720 Chr06 NC_080392.1:39284926-39284940promoter 内 2542-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39280669-39283481(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AATCGGTGGAGGTGG
SmilChr06G002076 Chr06 NC_080392.1:27383771-27383785promoter 内 2538-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27385234-27385803(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGGGGAGG
SmilChr01G004028 Chr01 NC_080387.1:58697036-58697050promoter 内 2396-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58698641-58701201(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGCTCCACCGCCT
SmilChr07G002383 Chr07 NC_080393.1:22222389-22222403promoter 内 2370-2384 bp - 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22224020-22229474(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGCCGC
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SmilChr05G003707 Chr05 NC_080391.1:50151380-50151394promoter 内 2305-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50141306-50149698(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTACACCGCCA
SmilChr01G001011 Chr01 NC_080387.1:21235076-21235090promoter 内 2281-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 21236796-21236868(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGATCTCCACCGCCT
SmilChr01G004027 Chr01 NC_080387.1:58697036-58697050promoter 内 2268-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58694404-58695317(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCAGC
SmilChr04G002342 Chr04 NC_080390.1:37773795-37773809promoter 内 2242-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 37770578-37772050(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGCGGCGC
SmilChr04G000736 Chr04 NC_080390.1:8826432-8826446promoter 内 2200-2214 bp + 1787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8821774-8824645(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGCCCG
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SmilChr04G000816 Chr04 NC_080390.1:10243436-10243450promoter 内 2069-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10245368-10255591(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGCAG
SmilChr03G001252 Chr03 NC_080389.1:14442645-14442659promoter 内 2056-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 14444590-14449243(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGTCA
SmilChr08G000132 Chr08 NC_080394.1:825017-825031promoter 内 1941-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 827077-829219(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGACCACCGCTG
SmilChr08G002120 Chr08 NC_080394.1:19070973-19070987promoter 内 1909-1923 bp - 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 19066956-19068895(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCGGCCACCGCCT
SmilChr02G004098 Chr02 NC_080388.1:63293428-63293442promoter 内 1853-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63295576-63297600(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CACTCTCCACCGCCT