转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 74 / 123 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003090 Chr08 NC_080394.1:31115580-31115594promoter 内 625-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31111109-31112218(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGACGTCGGTGCA
SmilChr06G000849 Chr06 NC_080392.1:8045048-8045062promoter 内 611-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8036458-8041672(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCGTTTGTCGGCGGT
SmilChr07G004581 Chr07 NC_080393.1:58631641-58631655promoter 内 513-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58626283-58628167(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCACA
SmilChr01G003573 Chr01 NC_080387.1:54299744-54299758promoter 内 512-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54294405-54296269(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGAGAAG
SmilChr05G000700 Chr05 NC_080391.1:5283781-5283795promoter 内 486-500 bp + 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5275291-5280280(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACGTCGCT
SmilChr01G003628 Chr01 NC_080387.1:54824103-54824117promoter 内 470-484 bp + 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54817452-54820586(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGAGGAG
SmilChr06G002130 Chr06 NC_080392.1:28680060-28680074promoter 内 460-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28683601-28693402(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCACCAC
SmilChr08G002676 Chr08 NC_080394.1:26277333-26277347promoter 内 429-443 bp - 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26280905-26281705(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCACTC
SmilChr01G001925 Chr01 NC_080387.1:34400962-34400976promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34395602-34397400(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCCTCGTCGGTGGG
SmilChr02G005107 Chr02 NC_080388.1:72584877-72584891promoter 内 351-365 bp - 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72588527-72590966(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAAATAT
SmilChr04G003807 Chr04 NC_080390.1:54251828-54251842promoter 内 340-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54243606-54248181(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACACCGACACCTTG
SmilChr04G000926 Chr04 NC_080390.1:12082780-12082794promoter 内 328-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12078221-12079121(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACTACATC
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54941632-54941646promoter 内 312-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54934911-54937957(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGAGGAG
SmilChr08G003219 Chr08 NC_080394.1:33032014-33032028promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33026115-33028333(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTTTTGGCGGTGGT
SmilChr01G002761 Chr01 NC_080387.1:46016724-46016738promoter 内 251-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46007200-46012988(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACGCCAAA
SmilChr01G002281 Chr01 NC_080387.1:39603333-39603347promoter 内 213-227 bp + 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39607121-39613937(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGCATGGCGGTGGT
SmilChr08G001216 Chr08 NC_080394.1:9824347-9824361promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9817680-9820571(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTCTC
SmilChr04G000600 Chr04 NC_080390.1:6786329-6786343promoter 内 188-202 bp - 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6779158-6782530(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TATTATGTCGGTGAT
SmilChr01G005284 Chr01 NC_080387.1:70209756-70209770promoter 内 145-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70213612-70214342(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGAGATGGCGGTGGT
SmilChr05G002390 Chr05 NC_080391.1:26401825-26401839promoter 内 113-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26396998-26397951(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCCTC
SmilChr03G002534 Chr03 NC_080389.1:40403278-40403292promoter 内 66-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40407213-40414846(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAACTTGTCGGTGAG
SmilChr05G003632 Chr05 NC_080391.1:48672070-48672084promoter 内 2079-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 48673992-48676885(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr07G002753 Chr07 NC_080393.1:27208615-27208629promoter 内 3252-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 27209364-27212384(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCGCCGC
SmilChr02G002382 Chr02 NC_080388.1:41727249-41727263promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 41720892-41726198(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr02G004117 Chr02 NC_080388.1:63469739-63469753promoter 内 2604-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 63462544-63468356(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCACTCA
SmilChr05G001864 Chr05 NC_080391.1:18692204-18692218promoter 内 2582-2596 bp - 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 18693623-18697592(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr02G004118 Chr02 NC_080388.1:63469739-63469753promoter 内 2310-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 63471430-63473427(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGAGTGGTCGGTGGC
SmilChr07G004557 Chr07 NC_080393.1:58305781-58305795promoter 内 2127-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 58300178-58303921(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73208758-73208772promoter 内 1947-1961 bp + 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 73203421-73206718(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCGACCGACAACGCC
SmilChr02G000563 Chr02 NC_080388.1:7942748-7942762promoter 内 1760-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 7939880-7940521(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACTACTGGCGGTGGT
SmilChr07G004107 Chr07 NC_080393.1:52707261-52707275promoter 内 1620-1634 bp + 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 52699102-52704894(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACGGACAG
SmilChr04G000853 Chr04 NC_080390.1:10794957-10794971promoter 内 1545-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 10797413-10801269(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACTCCACC
SmilChr08G002640 Chr08 NC_080394.1:25832393-25832407promoter 内 1200-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 25828414-25829606(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCGTCGGCGGTGGT
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55068429-55068443promoter 内 1092-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 55061660-55065534(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGAGTCGGTGAT
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73208758-73208772promoter 内 897-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 73211862-73215804(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGTTGTCGGTCGG
SmilChr07G003101 Chr07 NC_080393.1:32838209-32838223promoter 内 874-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 32841336-32843269(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTGTCCGTCGGTGGA
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