靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022278-RA_Salv |
SmilChr03G002207 |
WRKY | XP_057801109.1 |
MP00299 |
AAAAGTCAACG |
9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 79 / 119 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G003725 |
Chr02 | NC_080388.1:58874141-58874151promoter 内 3755-3765 bp |
- | 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 58874387-58885251(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
AGTTGACTTAC |
SmilChr01G002004 |
Chr01 | NC_080387.1:35544720-35544730promoter 内 3698-3708 bp |
+ | 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 35540745-35544427(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G002650 |
Chr01 | NC_080387.1:44828283-44828293promoter 内 3111-3121 bp |
- | 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 44825256-44827403(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr02G002183 |
Chr02 | NC_080388.1:39034147-39034157promoter 内 3048-3058 bp |
- | 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 39035100-39037243(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G003312 |
Chr01 | NC_080387.1:51831564-51831574promoter 内 2789-2799 bp |
- | 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 51832776-51833922(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
AGTTGACTGTC |
SmilChr01G004313 |
Chr01 | NC_080387.1:61304546-61304556promoter 内 2664-2674 bp |
+ | 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 61300692-61303219(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G002858 |
Chr01 | NC_080387.1:47159605-47159615promoter 内 2648-2658 bp |
+ | 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 47160958-47163601(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr02G003529 |
Chr02 | NC_080388.1:56434139-56434149promoter 内 2284-2294 bp |
- | 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 56431079-56432432(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr02G003843 |
Chr02 | NC_080388.1:60171306-60171316promoter 内 2128-2138 bp |
- | 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 60173179-60175367(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
AGTTGACTGTC |
SmilChr01G005940 |
Chr01 | NC_080387.1:75145761-75145771promoter 内 2103-2113 bp |
- | 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 75142748-75143873(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G004944 |
Chr01 | NC_080387.1:67550243-67550253promoter 内 1928-1938 bp |
+ | 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 67546952-67548180(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
AGTTGACTTAC |
SmilChr01G002857 |
Chr01 | NC_080387.1:47159605-47159615promoter 内 1288-1298 bp |
+ | 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 47154333-47156902(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G000816 |
Chr01 | NC_080387.1:17605512-17605522promoter 内 1155-1165 bp |
- | 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 17602212-17602676(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G002651 |
Chr01 | NC_080387.1:44828283-44828293promoter 内 1155-1165 bp |
- | 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 44831129-44832049(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G003842 |
Chr01 | NC_080387.1:56755805-56755815promoter 内 1114-1124 bp |
+ | 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 56751999-56752928(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G003822 |
Chr01 | NC_080387.1:56559816-56559826promoter 内 1019-1029 bp |
- | 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 56553834-56556844(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G003685 |
Chr01 | NC_080387.1:55231310-55231320promoter 内 1013-1023 bp |
+ | 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 55234298-55235568(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GTAAGTCAACT |
SmilChr01G005005 |
Chr01 | NC_080387.1:68102201-68102211promoter 内 956-966 bp |
- | 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 68105246-68107456(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G004019 |
Chr01 | NC_080387.1:58587817-58587827promoter 内 939-949 bp |
+ | 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 58578309-58584765(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
AGTTGACTGTC |
SmilChr02G000188 |
Chr02 | NC_080388.1:2354657-2354667promoter 内 850-860 bp |
- | 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 2351430-2351516(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G004323 |
Chr01 | NC_080387.1:61393045-61393055promoter 内 406-416 bp |
- | 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 61396640-61402054(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr02G001816 |
Chr02 | NC_080388.1:33027978-33027988promoter 内 255-265 bp |
+ | 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 33020235-33024242(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
CGTTGACTCCA |
SmilChr01G003599 |
Chr01 | NC_080387.1:54547399-54547409promoter 内 234-244 bp |
- | 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 54551166-54552791(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G005846 |
Chr01 | NC_080387.1:74426105-74426115promoter 内 209-219 bp |
- | 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 2 | 74429897-74432449(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G006144 |
Chr01 | NC_080387.1:76938932-76938942promoter 内 3838-3848 bp |
+ | 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 76939095-76941371(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GACAGTCAACT |
SmilChr01G005634 |
Chr01 | NC_080387.1:72779811-72779821promoter 内 3819-3829 bp |
- | 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 72779993-72785650(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G002869 |
Chr01 | NC_080387.1:47303357-47303367promoter 内 3679-3689 bp |
+ | 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 47303679-47304702(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G002604 |
Chr01 | NC_080387.1:44238272-44238282promoter 内 3655-3665 bp |
- | 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 44234632-44237936(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G002915 |
Chr01 | NC_080387.1:47874927-47874937promoter 内 3571-3581 bp |
+ | 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 47875357-47883424(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GACAGTCAACT |
SmilChr02G002786 |
Chr02 | NC_080388.1:47934285-47934295promoter 内 3489-3499 bp |
- | 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 47930341-47933783(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G003823 |
Chr01 | NC_080387.1:56559816-56559826promoter 内 3460-3470 bp |
- | 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 56560357-56560430(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G001274 |
Chr01 | NC_080387.1:25428903-25428913promoter 内 3329-3339 bp |
+ | 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 25429575-25430228(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TGGAGTCAACG |
SmilChr01G005353 |
Chr01 | NC_080387.1:70765297-70765307promoter 内 3300-3310 bp |
+ | 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 70763380-70764606(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TTTTGACTTTC |
SmilChr01G001239 |
Chr01 | NC_080387.1:24811210-24811220promoter 内 2967-2977 bp |
- | 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 24797033-24810186(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GACAGTCAACT |
SmilChr02G003582 |
Chr02 | NC_080388.1:56982671-56982681promoter 内 2890-2900 bp |
- | 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 56980141-56981570(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr01G001138 |
Chr01 | NC_080387.1:23176429-23176439promoter 内 2786-2796 bp |
+ | 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 23177644-23181219(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GACAGTCAACT |
SmilChr01G005769 |
Chr01 | NC_080387.1:73767707-73767717promoter 内 2727-2737 bp |
+ | 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 73768981-73771115(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GAAAGTCAAAA |
SmilChr02G001610 |
Chr02 | NC_080388.1:29967958-29967968promoter 内 2524-2534 bp |
- | 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 29969435-29972595(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
GGTTGACTCTA |
SmilChr02G002974 |
Chr02 | NC_080388.1:50275817-50275827promoter 内 2462-2472 bp |
- | 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 50272572-50274288(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TAGAGTCAACC |
SmilChr01G005926 |
Chr01 | NC_080387.1:75066186-75066196promoter 内 2456-2466 bp |
+ | 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 75063982-75064651(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TGTTGACTACG |
SmilChr02G002886 |
Chr02 | NC_080388.1:49159818-49159828promoter 内 2443-2453 bp |
+ | 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 49161376-49163067(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TAGAGTCAACC |
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Chr01 | NC_080387.1:40064519-40064529promoter 内 2353-2363 bp |
- | 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 40066167-40066763(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
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+ | 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 47865928-47868132(-) |
SMil_00022278-RA_Salv |
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- | 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 39222403-39223861(+) |
SMil_00022278-RA_Salv |
MP00299 |
TGTTGACTACG |
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- | 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 39017312-39021829(-) |
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+ | 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 37818396-37822196(-) |
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+ | 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 41831477-41832835(-) |
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+ | 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 93.7/ 100 | 1 | 70761623-70762866(-) |
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SmilChr02G000677 |
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