转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 79 / 119 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58874141-58874151promoter 内 3755-3765 bp - 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58874387-58885251(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAC
SmilChr01G002004 Chr01 NC_080387.1:35544720-35544730promoter 内 3698-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 35540745-35544427(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G002650 Chr01 NC_080387.1:44828283-44828293promoter 内 3111-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 44825256-44827403(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr02G002183 Chr02 NC_080388.1:39034147-39034157promoter 内 3048-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 39035100-39037243(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G003312 Chr01 NC_080387.1:51831564-51831574promoter 内 2789-2799 bp - 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 51832776-51833922(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTGTC
SmilChr01G004313 Chr01 NC_080387.1:61304546-61304556promoter 内 2664-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 61300692-61303219(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G002858 Chr01 NC_080387.1:47159605-47159615promoter 内 2648-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 47160958-47163601(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr02G003529 Chr02 NC_080388.1:56434139-56434149promoter 内 2284-2294 bp - 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56431079-56432432(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr02G003843 Chr02 NC_080388.1:60171306-60171316promoter 内 2128-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 60173179-60175367(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTGTC
SmilChr01G005940 Chr01 NC_080387.1:75145761-75145771promoter 内 2103-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 75142748-75143873(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G004944 Chr01 NC_080387.1:67550243-67550253promoter 内 1928-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 67546952-67548180(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAC
SmilChr01G002857 Chr01 NC_080387.1:47159605-47159615promoter 内 1288-1298 bp + 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 47154333-47156902(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G000816 Chr01 NC_080387.1:17605512-17605522promoter 内 1155-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 17602212-17602676(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G002651 Chr01 NC_080387.1:44828283-44828293promoter 内 1155-1165 bp - 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 44831129-44832049(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G003842 Chr01 NC_080387.1:56755805-56755815promoter 内 1114-1124 bp + 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56751999-56752928(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G003822 Chr01 NC_080387.1:56559816-56559826promoter 内 1019-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 56553834-56556844(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G003685 Chr01 NC_080387.1:55231310-55231320promoter 内 1013-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 55234298-55235568(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GTAAGTCAACT
SmilChr01G005005 Chr01 NC_080387.1:68102201-68102211promoter 内 956-966 bp - 3035 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 68105246-68107456(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G004019 Chr01 NC_080387.1:58587817-58587827promoter 内 939-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 58578309-58584765(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTGTC
SmilChr02G000188 Chr02 NC_080388.1:2354657-2354667promoter 内 850-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 2351430-2351516(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61393045-61393055promoter 内 406-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr02G001816 Chr02 NC_080388.1:33027978-33027988promoter 内 255-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 33020235-33024242(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 CGTTGACTCCA
SmilChr01G003599 Chr01 NC_080387.1:54547399-54547409promoter 内 234-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 54551166-54552791(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G005846 Chr01 NC_080387.1:74426105-74426115promoter 内 209-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 74429897-74432449(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G006144 Chr01 NC_080387.1:76938932-76938942promoter 内 3838-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 76939095-76941371(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GACAGTCAACT
SmilChr01G005634 Chr01 NC_080387.1:72779811-72779821promoter 内 3819-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72779993-72785650(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G002869 Chr01 NC_080387.1:47303357-47303367promoter 内 3679-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47303679-47304702(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G002604 Chr01 NC_080387.1:44238272-44238282promoter 内 3655-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 44234632-44237936(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G002915 Chr01 NC_080387.1:47874927-47874937promoter 内 3571-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47875357-47883424(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GACAGTCAACT
SmilChr02G002786 Chr02 NC_080388.1:47934285-47934295promoter 内 3489-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47930341-47933783(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56559816-56559826promoter 内 3460-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56560357-56560430(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G001274 Chr01 NC_080387.1:25428903-25428913promoter 内 3329-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25429575-25430228(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TGGAGTCAACG
SmilChr01G005353 Chr01 NC_080387.1:70765297-70765307promoter 内 3300-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 70763380-70764606(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTC
SmilChr01G001239 Chr01 NC_080387.1:24811210-24811220promoter 内 2967-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24797033-24810186(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GACAGTCAACT
SmilChr02G003582 Chr02 NC_080388.1:56982671-56982681promoter 内 2890-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56980141-56981570(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GAAAGTCAAAA
SmilChr01G001138 Chr01 NC_080387.1:23176429-23176439promoter 内 2786-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 23177644-23181219(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GACAGTCAACT
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