转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 84 / 129 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004732 Chr02 NC_080388.1:69565506-69565516promoter 内 211-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 69555676-69561726(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TAGAGTCAACA
SmilChr02G000489 Chr02 NC_080388.1:6686072-6686082promoter 内 115-125 bp - 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6689958-6694670(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCTA
SmilChr03G001057 Chr03 NC_080389.1:12279516-12279526promoter 内 91-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12283426-12284432(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATAG
SmilChr02G002224 Chr02 NC_080388.1:39561879-39561889promoter 内 58-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39556098-39557946(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TAGAGTCAACA
SmilChr01G000386 Chr01 NC_080387.1:7969386-7969396promoter 内 3928-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 7966289-7969323(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr02G003228 Chr02 NC_080388.1:53552772-53552782promoter 内 3666-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 53549063-53552447(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACAATC
SmilChr01G002628 Chr01 NC_080387.1:44570452-44570462promoter 内 3324-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 44571129-44591817(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
SmilChr02G002371 Chr02 NC_080388.1:41519391-41519401promoter 内 3113-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 41520279-41524958(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTGG
SmilChr01G005430 Chr01 NC_080387.1:71471083-71471093promoter 内 1916-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 71464347-71469008(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGCTT
SmilChr02G001842 Chr02 NC_080388.1:33621294-33621304promoter 内 1407-1417 bp + 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 33615806-33618710(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGCTT
SmilChr01G001606 Chr01 NC_080387.1:30220907-30220917promoter 内 492-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 30216246-30217408(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAT
SmilChr02G003009 Chr02 NC_080388.1:50725604-50725614promoter 内 382-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 50718824-50721995(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTGAGTCAACT
SmilChr02G005260 Chr02 NC_080388.1:73683196-73683206promoter 内 342-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 73686855-73688340(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
SmilChr01G001981 Chr01 NC_080387.1:35203603-35203613promoter 内 3913-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 35203691-35205227(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCCT
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72881486-72881496promoter 内 3903-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 72881584-72885734(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTCCT
SmilChr01G006036 Chr01 NC_080387.1:75871026-75871036promoter 内 3893-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 75871134-75873733(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CCAAGTCAATG
SmilChr01G001104 Chr01 NC_080387.1:22613653-22613663promoter 内 3870-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 22613784-22615277(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATGG
SmilChr01G003700 Chr01 NC_080387.1:55383837-55383847promoter 内 3844-3854 bp + 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 55374162-55383690(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAT
SmilChr02G003645 Chr02 NC_080388.1:57823217-57823227promoter 内 3795-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 57804805-57823021(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGGAGTCAACA
SmilChr01G001058 Chr01 NC_080387.1:21905427-21905437promoter 内 3780-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 21905648-21907081(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATGG
SmilChr02G002221 Chr02 NC_080388.1:39487969-39487979promoter 内 3446-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 39488524-39489384(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
SmilChr02G001430 Chr02 NC_080388.1:27007208-27007218promoter 内 3415-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 27005555-27006632(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G001140 Chr01 NC_080387.1:23274801-23274811promoter 内 3276-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 23270547-23274086(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAG
SmilChr01G005380 Chr01 NC_080387.1:71029519-71029529promoter 内 3091-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 71030429-71031319(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr02G004237 Chr02 NC_080388.1:64551436-64551446promoter 内 2661-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 64552776-64556602(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GATTGTCAACG
SmilChr02G005217 Chr02 NC_080388.1:73379598-73379608promoter 内 2613-2623 bp + 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 73380986-73384217(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
SmilChr01G000962 Chr01 NC_080387.1:20399552-20399562promoter 内 2430-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 20401123-20430750(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CAGCGTCAACG
SmilChr02G001429 Chr02 NC_080388.1:27007208-27007218promoter 内 2154-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 27003991-27005371(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CATTGACTTCA
SmilChr01G005639 Chr01 NC_080387.1:72824083-72824093promoter 内 1866-1876 bp - 2125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 72826218-72828525(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATGT
SmilChr01G001311 Chr01 NC_080387.1:26063652-26063662promoter 内 1777-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 26065876-26072227(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATGAGTCAACT
SmilChr01G004719 Chr01 NC_080387.1:65394160-65394170promoter 内 1729-1739 bp - 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 65396432-65398435(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCAG
SmilChr01G004580 Chr01 NC_080387.1:63845213-63845223promoter 内 1728-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 63847486-63849430(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
SmilChr01G004826 Chr01 NC_080387.1:66429639-66429649promoter 内 1514-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 66425339-66427162(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTGAGTCAACT
SmilChr02G001147 Chr02 NC_080388.1:20868966-20868976promoter 内 1279-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 20871688-20874281(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAGCGTCAACG
SmilChr01G004880 Chr01 NC_080387.1:66891111-66891121promoter 内 1268-1278 bp + 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 66884000-66888388(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACATGT
SmilChr01G003592 Chr01 NC_080387.1:54455792-54455802promoter 内 1239-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 54458554-54462410(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGAAGTCAATG
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