转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 99 / 144 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000378 Chr05 NC_080391.1:2832840-2832854promoter 内 227-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2836614-2838746(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTGAAAAGGAAATC
SmilChr02G002843 Chr02 NC_080388.1:48570798-48570812promoter 内 196-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48574603-48577977(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCGAAAAAGGATAAA
SmilChr01G000136 Chr01 NC_080387.1:2297847-2297861promoter 内 163-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2288363-2294023(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCGAAAAAGGATAAA
SmilChr01G005848 Chr01 NC_080387.1:74432505-74432519promoter 内 159-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74436347-74437790(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAAAAAAGGAAAAA
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43556071-43556085promoter 内 153-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTGGCCTTTTTGGG
SmilChr02G000407 Chr02 NC_080388.1:5044213-5044227promoter 内 138-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5034119-5040364(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTTTTTGT
SmilChr02G004048 Chr02 NC_080388.1:62818482-62818496promoter 内 132-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62812569-62814627(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTATCCATTTTTGG
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43535305-43535319promoter 内 111-125 bp + 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTGGCCTTTTTGGG
SmilChr01G002192 Chr01 NC_080387.1:38058792-38058806promoter 内 88-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 38062705-38063397(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTTGT
SmilChr03G001350 Chr03 NC_080389.1:15735038-15735052promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15738966-15739708(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTATAAAAGGAAAGT
SmilChr03G003716 Chr03 NC_080389.1:56152917-56152931promoter 内 21-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56147032-56148951(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCGAAAAAGGATAAA
SmilChr05G001090 Chr05 NC_080391.1:9095657-9095671promoter 内 14-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9086555-9091684(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTTTGCGG
SmilChr02G005029 Chr02 NC_080388.1:72024763-72024777promoter 内 3901-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 72024863-72028030(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACGAAAAAGGAAAAT
SmilChr02G004760 Chr02 NC_080388.1:69791367-69791381promoter 内 3289-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 69792079-69794247(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr01G004938 Chr01 NC_080387.1:67495272-67495286promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 67496045-67500884(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTATTTGGT
SmilChr01G002175 Chr01 NC_080387.1:37823164-37823178promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 37818396-37822196(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCACAAAAGGAAACC
SmilChr02G004789 Chr02 NC_080388.1:70054862-70054876promoter 内 2540-2554 bp + 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 70041536-70053415(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr01G003624 Chr01 NC_080387.1:54796416-54796430promoter 内 2270-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 54798147-54802830(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCAAAAAGGAAAGA
SmilChr05G002147 Chr05 NC_080391.1:22651294-22651308promoter 内 966-980 bp + 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 22654329-22655116(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTCATATGG
SmilChr02G002922 Chr02 NC_080388.1:49625550-49625564promoter 内 3982-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49625569-49629392(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTAAAGGG
SmilChr05G003066 Chr05 NC_080391.1:38521779-38521793promoter 内 3890-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38521890-38524178(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGA
SmilChr01G001057 Chr01 NC_080387.1:21901828-21901842promoter 内 3813-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 21902016-21904918(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCTATTTTTGG
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57478615-57478629promoter 内 3776-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57478840-57479592(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAAAAAAGGAAAAG
SmilChr05G003836 Chr05 NC_080391.1:51811677-51811691promoter 内 3767-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51811911-51812653(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGAAATA
SmilChr05G002153 Chr05 NC_080391.1:22745827-22745841promoter 内 3761-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 22744894-22745601(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCAAAAAGGTAAAT
SmilChr06G000743 Chr06 NC_080392.1:6901668-6901682promoter 内 3726-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6900070-6901407(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCTATTTTTGG
SmilChr01G003333 Chr01 NC_080387.1:52035592-52035606promoter 内 3717-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 52032767-52035322(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCTATTTTTGG
SmilChr05G002893 Chr05 NC_080391.1:34711659-34711673promoter 内 3712-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34707061-34711384(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTTTTTGGA
SmilChr06G000754 Chr06 NC_080392.1:6988849-6988863promoter 内 3706-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6989144-6989678(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTTCGT
SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70751312-70751326promoter 内 3646-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70749785-70750971(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTTCGT
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34971647-34971661promoter 内 3637-3651 bp - 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34969412-34971297(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTATATGG
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33709892-33709906promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 33710258-33717314(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCATATAAGGAAATG
SmilChr01G005614 Chr01 NC_080387.1:72668343-72668357promoter 内 3553-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 72666111-72667909(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCTATTTTTGG
SmilChr04G002193 Chr04 NC_080390.1:35477034-35477048promoter 内 3472-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 35474051-35476519(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTCAAATTGGAAAGT
SmilChr01G001980 Chr01 NC_080387.1:35199415-35199429promoter 内 3471-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 35197190-35198899(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTATATGG
SmilChr03G002525 Chr03 NC_080389.1:40252805-40252819promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40253372-40253490(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATATCCTTTTTCGG
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