转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 10 / 123 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001182 Chr07 NC_080393.1:8963029-8963043promoter 内 1378-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 8957208-8960420(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr01G002246 Chr01 NC_080387.1:39061456-39061470promoter 内 1377-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 39064080-39065250(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr01G002247 Chr01 NC_080387.1:39074842-39074856promoter 内 1377-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 39077466-39078636(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr01G001706 Chr01 NC_080387.1:31490378-31490392promoter 内 1373-1387 bp + 2614 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 31487645-31487764(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr03G000210 Chr03 NC_080389.1:2429577-2429591promoter 内 1368-1382 bp + 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 2432210-2435614(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G001180 Chr07 NC_080393.1:8947501-8947515promoter 内 1363-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 8941677-8944877(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr02G001405 Chr02 NC_080388.1:26650594-26650608promoter 内 1327-1341 bp - 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 26644737-26647934(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr06G002502 Chr06 NC_080392.1:35912796-35912810promoter 内 1282-1296 bp + 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 35907881-35910091(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr04G000650 Chr04 NC_080390.1:7351510-7351524promoter 内 1270-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7348215-7348793(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr05G003379 Chr05 NC_080391.1:44714089-44714103promoter 内 1270-1284 bp - 2717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 44710692-44711372(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G002890 Chr07 NC_080393.1:29221702-29221716promoter 内 1260-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 29214952-29218975(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr03G002881 Chr03 NC_080389.1:45493037-45493051promoter 内 1244-1258 bp - 2743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 45487847-45490294(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr08G002232 Chr08 NC_080394.1:20405082-20405096promoter 内 1217-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 20407866-20418641(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr06G002699 Chr06 NC_080392.1:38944196-38944210promoter 内 1203-1217 bp + 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 38946994-38947416(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr02G001708 Chr02 NC_080388.1:31432653-31432667promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 31428694-31429842(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr08G003351 Chr08 NC_080394.1:34926261-34926275promoter 内 1172-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34929090-34931039(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr06G000817 Chr06 NC_080392.1:7697681-7697695promoter 内 1154-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7692165-7694848(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr06G001775 Chr06 NC_080392.1:20779882-20779896promoter 内 1120-1134 bp + 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 20782763-20788745(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr01G001046 Chr01 NC_080387.1:21733305-21733319promoter 内 1042-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 21720347-21730360(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACTTGG
SmilChr06G002594 Chr06 NC_080392.1:37153224-37153238promoter 内 1029-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 37156196-37160878(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr03G001965 Chr03 NC_080389.1:28235050-28235064promoter 内 956-970 bp - 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28238095-28239268(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr02G000459 Chr02 NC_080388.1:6150901-6150915promoter 内 954-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 6153948-6155631(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G004209 Chr07 NC_080393.1:54263749-54263763promoter 内 933-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54266817-54298710(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G003460 Chr07 NC_080393.1:38636781-38636795promoter 内 924-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 38631084-38633718(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr01G005619 Chr01 NC_080387.1:72680821-72680835promoter 内 907-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 72683915-72688856(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGGTGTCGGTGAT
SmilChr02G000956 Chr02 NC_080388.1:16602107-16602121promoter 内 864-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 16605244-16608137(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G004127 Chr07 NC_080393.1:52951568-52951582promoter 内 832-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 52947681-52948413(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr01G000613 Chr01 NC_080387.1:13549431-13549445promoter 内 826-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 13552606-13552949(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr03G000072 Chr03 NC_080389.1:897676-897690promoter 内 818-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 900859-911088(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr01G001423 Chr01 NC_080387.1:27851974-27851988promoter 内 817-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 27855158-27861667(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr01G002779 Chr01 NC_080387.1:46250508-46250522promoter 内 803-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 46253706-46255241(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr03G000156 Chr03 NC_080389.1:1705911-1705925promoter 内 794-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 1709118-1712325(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
SmilChr02G001543 Chr02 NC_080388.1:28679568-28679582promoter 内 775-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 28682794-28685836(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr05G003627 Chr05 NC_080391.1:48550306-48550320promoter 内 731-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 48553576-48556446(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr08G004746 Chr08 NC_080394.1:56836427-56836441promoter 内 721-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 56830376-56833161(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
SmilChr07G000697 Chr07 NC_080393.1:4796611-4796625promoter 内 684-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 4790424-4793308(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCCGTCGGTGGC
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SmilChr02G003217 Chr02 NC_080388.1:53335422-53335436promoter 内 484-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 53338939-53349356(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGGATCC
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