转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 10 / 143 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000436 Chr04 NC_080390.1:4623436-4623455promoter 内 3117-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 4619364-4622571(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TACTAAACGACAAAATGAAT
SmilChr07G001587 Chr07 NC_080393.1:13113356-13113375promoter 内 2924-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13114433-13116377(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAACGACAAATAAAAT
SmilChr03G004171 Chr03 NC_080389.1:60456189-60456208promoter 内 2910-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60451762-60455117(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAAAACGACAAAATTGGG
SmilChr02G004298 Chr02 NC_080388.1:65349344-65349363promoter 内 2631-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65344753-65347993(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGAAGAGGACAAAAAGGAA
SmilChr03G001857 Chr03 NC_080389.1:25613698-25613717promoter 内 2586-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25615113-25623695(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAACGACAAAGGTGAG
SmilChr02G004436 Chr02 NC_080388.1:66748088-66748107promoter 内 2569-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 66749520-66753009(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTTATTTTGTCTTCTAGTG
SmilChr05G002370 Chr05 NC_080391.1:25953124-25953143promoter 内 2273-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25954852-25955773(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAGAAAAAGCCAAAAAAAAA
SmilChr01G001749 Chr01 NC_080387.1:32220641-32220660promoter 内 2229-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 32222413-32224941(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATGGATTTTGTCTTTTTCTT
SmilChr02G004346 Chr02 NC_080388.1:65735944-65735963promoter 内 2070-2089 bp + 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65737875-65740476(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCGTGTTTTGTCGTTTAGCC
SmilChr06G002909 Chr06 NC_080392.1:41908793-41908812promoter 内 2033-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41897025-41906844(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAACGACAAAGGTGAG
SmilChr08G002869 Chr08 NC_080394.1:28558366-28558385promoter 内 1996-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 28560371-28568847(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAAGACGACAAGAAAGTT
SmilChr08G002657 Chr08 NC_080394.1:26039481-26039500promoter 内 1833-1852 bp - 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26041649-26042323(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAATACGACAAAAGAGAA
SmilChr01G002887 Chr01 NC_080387.1:47491356-47491375promoter 内 1728-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 47482471-47489102(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAACGACAAATATAAA
SmilChr05G002467 Chr05 NC_080391.1:27190548-27190567promoter 内 1633-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27192916-27196060(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGGCTTTTTCTG
SmilChr08G000128 Chr08 NC_080394.1:799944-799963promoter 内 1633-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 802312-804383(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGTTTTTTGTTGTTTTCTG
SmilChr08G004256 Chr08 NC_080394.1:52027640-52027659promoter 内 1534-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52030107-52031019(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGAAAAAAGACAAAAAAATA
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60969040-60969059promoter 内 1524-1543 bp - 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGCTAAACGACAAACAAAAA
SmilChr02G005349 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 1455-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74294530-74296103(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr02G005355 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 1240-1259 bp - 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74295801-74295888(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr03G003437 Chr03 NC_080389.1:52734101-52734120promoter 内 1229-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 52729843-52731348(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAAAATGACAAAAATTGA
SmilChr02G005354 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 1083-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74295644-74295731(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr02G004435 Chr02 NC_080388.1:66748088-66748107promoter 内 1061-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 66741004-66745167(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACTAGAAGACAAAATAAGA
SmilChr02G005353 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 945-964 bp - 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74295498-74295593(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr06G002536 Chr06 NC_080392.1:36393796-36393815promoter 内 936-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 36388679-36390750(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACCTCTTTTGTCGTATTCTT
SmilChr02G005352 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 806-825 bp - 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74295357-74295454(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr02G005351 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 629-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74295157-74295277(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr02G000306 Chr02 NC_080388.1:3851558-3851577promoter 内 394-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3855165-3858519(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGATAACGACAAAAGAATC
SmilChr07G001986 Chr07 NC_080393.1:17497558-17497577promoter 内 272-291 bp + 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 17490742-17493848(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACAAAAACGACAAAAACAAA
SmilChr02G005350 Chr02 NC_080388.1:74298630-74298649promoter 内 267-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74294780-74294915(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTGATTTTTGTCGTTTTTCA
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53040190-53040209promoter 内 264-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 53043927-53044668(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCTTATTTTGTCTTCTAGTG
SmilChr08G001342 Chr08 NC_080394.1:10718793-10718812promoter 内 170-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10712980-10714981(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCTTTTTTGTCTTTTTCGC
SmilChr01G004515 Chr01 NC_080387.1:63272052-63272071promoter 内 2869-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 63273184-63275104(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr03G003567 Chr03 NC_080389.1:54325357-54325376promoter 内 2863-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54326495-54328615(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAGACGACAAATTCAAA
SmilChr02G003823 Chr02 NC_080388.1:59886181-59886200promoter 内 2292-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 59887890-59889453(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGAGTTTTGTCTTTTTGTC
SmilChr07G002171 Chr07 NC_080393.1:19892347-19892366promoter 内 2192-2211 bp - 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 19894156-19900177(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GACAAAAAGACAAAAATACC
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