转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G003267; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018221-RA_Salv SmilChr08G003267 MYB XP_057779249.1 MP00406 AAAAAATTAGGTAAA

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7839 个候选靶基因 第 100 / 157 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002495 Chr04 NC_080390.1:39848742-39848756promoter 内 3649-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39849094-39851883(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TTTACCTAAAAATTT
SmilChr01G002226 Chr01 NC_080387.1:38732022-38732036promoter 内 3610-3624 bp + 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38725825-38731645(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATAATTT
SmilChr02G003294 Chr02 NC_080388.1:54215835-54215849promoter 内 3607-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54216229-54221417(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATTACCTAATAAAAG
SmilChr01G002209 Chr01 NC_080387.1:38425098-38425112promoter 内 3558-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38418887-38424669(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AACACCTAATAATTT
SmilChr03G002677 Chr03 NC_080389.1:42487032-42487046promoter 内 3550-3564 bp - 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42487483-42488733(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATGCCTAATTAATT
SmilChr05G003651 Chr05 NC_080391.1:49124327-49124341promoter 内 3522-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49124806-49126396(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATAAAATTAGGCATT
SmilChr05G003406 Chr05 NC_080391.1:45164468-45164482promoter 内 3477-3491 bp - 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45155778-45163958(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAATATTTAGGTAGT
SmilChr01G002232 Chr01 NC_080387.1:38798463-38798477promoter 内 3459-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38799005-38801879(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATATATTAGGTCCT
SmilChr04G001374 Chr04 NC_080390.1:22320500-22320514promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 22321171-22322319(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TAAAAATTAGGCCCA
SmilChr01G002216 Chr01 NC_080387.1:38489008-38489022promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38489706-38492423(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATATATTAGGTCCT
SmilChr05G001584 Chr05 NC_080391.1:14544977-14544991promoter 内 3292-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14543140-14544282(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGGGCCTAATTTTTA
SmilChr05G001585 Chr05 NC_080391.1:14565353-14565367promoter 内 3290-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14563514-14564656(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGGGCCTAATTTTTA
SmilChr01G002754 Chr01 NC_080387.1:45859784-45859798promoter 内 3259-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45857557-45859056(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TATACCTAAATTAAT
SmilChr01G005733 Chr01 NC_080387.1:73470987-73471001promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73471741-73472841(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTGCCTAATTTAAT
SmilChr01G005734 Chr01 NC_080387.1:73477396-73477410promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73478150-73479250(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTGCCTAATTTAAT
SmilChr01G006104 Chr01 NC_080387.1:76543570-76543584promoter 内 3246-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 76541730-76542829(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTGCCTAATTTAAT
SmilChr01G006127 Chr01 NC_080387.1:76808265-76808279promoter 内 3246-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 76806425-76807524(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTGCCTAATTTAAT
SmilChr01G006128 Chr01 NC_080387.1:76814675-76814689promoter 内 3246-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 76812835-76813934(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGTGCCTAATTTAAT
SmilChr02G003323 Chr02 NC_080388.1:54486234-54486248promoter 内 3242-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54484798-54485489(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ATGACCTAATTTGAA
SmilChr05G002646 Chr05 NC_080391.1:29845097-29845111promoter 内 3185-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29843321-29844295(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TGGGCCTAATTTTTA
SmilChr02G003883 Chr02 NC_080388.1:60891979-60891993promoter 内 3141-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60886579-60891133(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAATGATTAGGTAAC
SmilChr01G005559 Chr01 NC_080387.1:72409854-72409868promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72406073-72408999(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGAAAATTAGGCCTA
SmilChr01G004250 Chr01 NC_080387.1:60800666-60800680promoter 内 3112-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60798950-60799791(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATTAATTAGGCATA
SmilChr01G004129 Chr01 NC_080387.1:59808229-59808243promoter 内 3057-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59806196-59807299(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AAGACCTAATTCTTT
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72161627-72161641promoter 内 3039-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AGAAAATTAGGCCTA
SmilChr01G002598 Chr01 NC_080387.1:44155316-44155330promoter 内 3035-3049 bp + 952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44146211-44154364(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGTACCTAATCTTCA
SmilChr01G001500 Chr01 NC_080387.1:28856544-28856558promoter 内 3025-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28851143-28855582(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACAACCTAATTTCTA
SmilChr01G002177 Chr01 NC_080387.1:37859581-37859595promoter 内 2992-3006 bp + 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37860590-37862542(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 AATATATTAGGTTTA
SmilChr01G004433 Chr01 NC_080387.1:62424338-62424352promoter 内 2932-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62425407-62433090(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGTTTGTTAGGTATT
SmilChr01G005741 Chr01 NC_080387.1:73518717-73518731promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73519818-73521001(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GGAACCTAATATTTT
SmilChr01G002956 Chr01 NC_080387.1:48425146-48425160promoter 内 2843-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48418977-48424002(-) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 TCTTAATTAGGTGGG
SmilChr05G002434 Chr05 NC_080391.1:26824891-26824905promoter 内 2837-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26826055-26831192(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 GAGAAATTAGGCATT
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68621256-68621270promoter 内 2791-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68622466-68624722(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CGAACCTAATTAATT
SmilChr01G003997 Chr01 NC_080387.1:58372217-58372231promoter 内 2766-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58373452-58375694(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 CACACCTAATTAACA
SmilChr03G003602 Chr03 NC_080389.1:54658952-54658966promoter 内 2743-2757 bp - 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54660210-54662829(+) SMil_00018221-RA_Salv MP00406 ACCACCTAATTAATA
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