转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 102 / 167 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003783 Chr07 NC_080393.1:46424702-46424722promoter 内 2574-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46422345-46423295(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTGATTTTTATCCATTGTCAT
SmilChr07G004477 Chr07 NC_080393.1:57309214-57309234promoter 内 2557-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57310658-57313639(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAACTTGGATAAAGAAGGT
SmilChr04G001070 Chr04 NC_080390.1:15384310-15384330promoter 内 2545-2565 bp - 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15385766-15392976(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTATTATCCATTCTTTA
SmilChr02G004989 Chr02 NC_080388.1:71762219-71762239promoter 内 2536-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71756251-71760774(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATACTGATCCAATACAGT
SmilChr07G004437 Chr07 NC_080393.1:57044569-57044589promoter 内 2536-2556 bp - 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57042444-57043124(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAACTTGGATAAAGAAGGT
SmilChr04G002141 Chr04 NC_080390.1:34428096-34428116promoter 内 2527-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34429570-34437474(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAGAAAGGATAAGGTCTTA
SmilChr02G001439 Chr02 NC_080388.1:27082046-27082066promoter 内 2517-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27075764-27080582(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAGATGATAAGGAAAGA
SmilChr02G001294 Chr02 NC_080388.1:23883889-23883909promoter 内 2506-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23881556-23882414(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGGCAAGTGGATAAGGAGGCT
SmilChr03G003636 Chr03 NC_080389.1:55047900-55047920promoter 内 2496-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55049405-55050626(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCATGATTAGATAAGGTTCCT
SmilChr01G000748 Chr01 NC_080387.1:16562129-16562149promoter 内 2484-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16556310-16560632(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAGAAAAGATAAGGGGATT
SmilChr06G002899 Chr06 NC_080392.1:41813370-41813390promoter 内 2475-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41814896-41817148(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATTTGATAAGGTTTGG
SmilChr05G000778 Chr05 NC_080391.1:6081513-6081533promoter 内 2469-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6078851-6080001(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr05G002475 Chr05 NC_080391.1:27254740-27254760promoter 内 2448-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27249475-27253207(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTGTAATGGATAAATATGAA
SmilChr04G003130 Chr04 NC_080390.1:47904125-47904145promoter 内 2432-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47902505-47902576(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAGGCGAAGATAAGGAGGTT
SmilChr07G003673 Chr07 NC_080393.1:44061997-44062017promoter 内 2428-2448 bp + 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44063570-44067234(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACACAGTGGATAATACTGAA
SmilChr01G003369 Chr01 NC_080387.1:52419751-52419771promoter 内 2414-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52421338-52422097(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCTTCCTTATCATCACATTC
SmilChr01G000328 Chr01 NC_080387.1:6697823-6697843promoter 内 2390-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6699434-6701465(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATATTGGATCACAATAGG
SmilChr03G003012 Chr03 NC_080389.1:47019550-47019570promoter 内 2336-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47021215-47022940(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATAGAATGGATAACGGGAGA
SmilChr08G001512 Chr08 NC_080394.1:12274690-12274710promoter 内 2335-2355 bp - 1646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12276356-12277775(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTTTTATCCATACTTTC
SmilChr06G002331 Chr06 NC_080392.1:33772084-33772104promoter 内 2280-2300 bp + 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33773805-33791814(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGATTTTTGGATAAAAAAAGG
SmilChr07G002695 Chr07 NC_080393.1:26302701-26302721promoter 内 2275-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26298993-26300995(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTATTTAAGGATAAGAAGCAA
SmilChr08G000074 Chr08 NC_080394.1:431419-431439promoter 内 2255-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 433165-435581(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACTTCCTTATCTTTTCTAAT
SmilChr04G001927 Chr04 NC_080390.1:31377140-31377160promoter 内 2249-2269 bp + 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31378892-31380915(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAGCTTGGATAATCTTGTG
SmilChr03G003024 Chr03 NC_080389.1:47144041-47144061promoter 内 2231-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47145811-47146548(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTTTTAGTGGATAAATATAAG
SmilChr08G000998 Chr08 NC_080394.1:7505079-7505099promoter 内 2195-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7506885-7512025(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTCTGTTTATCTGATTTTTT
SmilChr02G002580 Chr02 NC_080388.1:44836667-44836687promoter 内 2180-2200 bp + 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44838488-44841085(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTGTTTTGGATAAGATTCTT
SmilChr05G000653 Chr05 NC_080391.1:4926265-4926285promoter 内 2180-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4928086-4928156(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTACCTTATCTTTTCTATA
SmilChr02G000575 Chr02 NC_080388.1:8222793-8222813promoter 内 2172-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8220511-8220984(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAAATTGGAGAAAGACGAG
SmilChr07G000803 Chr07 NC_080393.1:5655685-5655705promoter 内 2166-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5652832-5653870(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTATCTTATCCATATTATT
SmilChr02G004886 Chr02 NC_080388.1:70946406-70946426promoter 内 2147-2167 bp - 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70938481-70944572(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAATCTGGATAAGAAATTT
SmilChr08G001609 Chr08 NC_080394.1:13321489-13321509promoter 内 2132-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13319559-13319640(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr02G002448 Chr02 NC_080388.1:42711028-42711048promoter 内 2118-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42700209-42709165(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGAGCTCCGGATAAGAATCTA
SmilChr05G001083 Chr05 NC_080391.1:8997837-8997857promoter 内 2114-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8999724-9001318(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTCTTATCCATGCCAAT
SmilChr08G001037 Chr08 NC_080394.1:7899923-7899943promoter 内 2107-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7901817-7906952(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTCTGTTTATCTGATTTTTT
SmilChr03G000290 Chr03 NC_080389.1:3305712-3305732promoter 内 2069-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3300698-3303800(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGAAATTGGAGAAGCATGGA
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