转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 103 / 136 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002744 Chr03 NC_080389.1:43601250-43601260promoter 内 16-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43605235-43608348(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCTGCTGAGCT
SmilChr05G001702 Chr05 NC_080391.1:16223812-16223822promoter 内 2279-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 4 16219132-16222100(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAG
SmilChr07G003314 Chr07 NC_080393.1:35319004-35319014promoter 内 2324-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 35320681-35322828(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr08G004038 Chr08 NC_080394.1:48840869-48840879promoter 内 2320-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 48842550-48843527(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr08G001761 Chr08 NC_080394.1:14837504-14837514promoter 内 2028-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 14828962-14835541(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr03G000326 Chr03 NC_080389.1:3726529-3726539promoter 内 2750-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 3727780-3730025(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr08G003051 Chr08 NC_080394.1:30676016-30676026promoter 内 2020-2030 bp + 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 30677997-30683186(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr01G000429 Chr01 NC_080387.1:8585414-8585424promoter 内 315-325 bp + 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 8589100-8590420(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr01G005950 Chr01 NC_080387.1:75224668-75224678promoter 内 117-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 75218721-75220794(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr05G001044 Chr05 NC_080391.1:8538203-8538213promoter 内 88-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 8542116-8543316(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr05G002696 Chr05 NC_080391.1:30829534-30829544promoter 内 3842-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30829693-30831826(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGCA
SmilChr03G003907 Chr03 NC_080389.1:58172542-58172552promoter 内 3679-3689 bp - 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 58166803-58172230(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGCT
SmilChr05G003192 Chr05 NC_080391.1:40823171-40823181promoter 内 3560-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40823612-40825571(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr07G001212 Chr07 NC_080393.1:9265107-9265117promoter 内 3555-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9265553-9267723(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGAG
SmilChr01G000158 Chr01 NC_080387.1:2675982-2675992promoter 内 3521-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2676462-2677486(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr02G000779 Chr02 NC_080388.1:12765795-12765805promoter 内 3472-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12764242-12765276(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCAGA
SmilChr04G003248 Chr04 NC_080390.1:49238839-49238849promoter 内 3443-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49239397-49240589(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGAA
SmilChr02G001034 Chr02 NC_080388.1:18381930-18381940promoter 内 3407-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18382524-18385099(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGAT
SmilChr05G000214 Chr05 NC_080391.1:1687502-1687512promoter 内 3371-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1683802-1686882(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr08G003847 Chr08 NC_080394.1:44830078-44830088promoter 内 3290-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44830789-44832520(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr02G001611 Chr02 NC_080388.1:29979531-29979541promoter 内 3273-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29980259-29983080(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr08G000748 Chr08 NC_080394.1:5530819-5530829promoter 内 3254-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5526479-5530082(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGAC
SmilChr05G002721 Chr05 NC_080391.1:31310752-31310762promoter 内 3214-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 31311539-31316331(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr04G002593 Chr04 NC_080390.1:41350647-41350657promoter 内 3171-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41351477-41353220(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr03G002500 Chr03 NC_080389.1:39830200-39830210promoter 内 3151-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39831050-39831934(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGCA
SmilChr05G001939 Chr05 NC_080391.1:19755683-19755693promoter 内 3126-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19751612-19754818(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGCA
SmilChr02G000049 Chr02 NC_080388.1:652883-652893promoter 内 3120-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 653764-653844(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr02G000174 Chr02 NC_080388.1:2215722-2215732promoter 内 3120-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2214771-2214851(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCTGAGCC
SmilChr02G001791 Chr02 NC_080388.1:32665985-32665995promoter 内 3115-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32662522-32665109(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGCA
SmilChr04G000286 Chr04 NC_080390.1:2639436-2639446promoter 内 3100-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2635750-2638545(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGCA
SmilChr08G000794 Chr08 NC_080394.1:5843643-5843653promoter 内 2973-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5839676-5842625(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr08G000201 Chr08 NC_080394.1:1371844-1371854promoter 内 2946-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1367512-1370799(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr04G003343 Chr04 NC_080390.1:50092049-50092059promoter 内 2931-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50090916-50090989(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCTCAGCGCC
SmilChr05G001899 Chr05 NC_080391.1:19274722-19274732promoter 内 2875-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19275848-19276228(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCC
SmilChr05G000993 Chr05 NC_080391.1:8050716-8050726promoter 内 2861-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8051856-8053764(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGCT
SmilChr03G002726 Chr03 NC_080389.1:43311740-43311750promoter 内 2720-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 43313021-43320338(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGAGCA
SmilChr04G003247 Chr04 NC_080390.1:49238839-49238849promoter 内 2718-2728 bp - 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49237493-49237566(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TTCTCAGCGCC
SmilChr07G003813 Chr07 NC_080393.1:46977946-46977956promoter 内 2696-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46979251-46989898(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGAC
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SmilChr08G004276 Chr08 NC_080394.1:52324714-52324724promoter 内 2667-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52326048-52328504(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ATCGCTGAGCG
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SmilChr08G004496 Chr08 NC_080394.1:54593066-54593076promoter 内 2593-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54589692-54591668(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCTGCTGAGCC
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