转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 105 / 153 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000506 Chr04 NC_080390.1:5521764-5521774promoter 内 689-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5516429-5518462(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATACGTACAAA
SmilChr01G000672 Chr01 NC_080387.1:14869316-14869326promoter 内 683-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14864657-14866008(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACTTA
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25194280-25194290promoter 内 620-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr03G003141 Chr03 NC_080389.1:48631417-48631427promoter 内 615-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48627339-48628041(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr02G004725 Chr02 NC_080388.1:69503934-69503944promoter 内 582-592 bp - 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69497302-69500525(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr04G002475 Chr04 NC_080390.1:39543922-39543932promoter 内 551-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39547372-39550843(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTACGTACAAA
SmilChr05G003524 Chr05 NC_080391.1:47108624-47108634promoter 内 551-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47101889-47105184(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr04G000829 Chr04 NC_080390.1:10444665-10444675promoter 内 484-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10448182-10451174(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CCCCGTACAAT
SmilChr02G002920 Chr02 NC_080388.1:49512563-49512573promoter 内 463-473 bp - 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49508532-49509035(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGAGTACGGAG
SmilChr02G003364 Chr02 NC_080388.1:54765606-54765616promoter 内 422-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54759037-54762037(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACTCA
SmilChr05G003414 Chr05 NC_080391.1:45362650-45362660promoter 内 391-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45356841-45359050(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTACGTACAAA
SmilChr05G002602 Chr05 NC_080391.1:29224594-29224604promoter 内 381-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 29228214-29234252(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr03G003854 Chr03 NC_080389.1:57649486-57649496promoter 内 344-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57640631-57645839(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGAGTACGGAG
SmilChr02G002948 Chr02 NC_080388.1:50010217-50010227promoter 内 306-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50013912-50014415(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGAGTACGGAG
SmilChr02G002741 Chr02 NC_080388.1:47377219-47377229promoter 内 210-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47381010-47385361(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATACGTACAAA
SmilChr05G000778 Chr05 NC_080391.1:6083789-6083799promoter 内 203-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6078851-6080001(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GCCCGTACACG
SmilChr04G003319 Chr04 NC_080390.1:49940500-49940510promoter 内 201-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49935395-49936710(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr03G001152 Chr03 NC_080389.1:13311253-13311263promoter 内 199-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13305279-13307461(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAACGTACAAC
SmilChr02G004058 Chr02 NC_080388.1:62878354-62878364promoter 内 171-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62882184-62884923(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTACGTACAAA
SmilChr04G002549 Chr04 NC_080390.1:40766032-40766042promoter 内 167-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40769866-40774424(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGGGG
SmilChr01G004091 Chr01 NC_080387.1:59346662-59346672promoter 内 164-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59350499-59351367(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATACGTACAAA
SmilChr02G001510 Chr02 NC_080388.1:28109812-28109822promoter 内 156-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 28113657-28117648(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GAACGTACAAC
SmilChr03G004688 Chr03 NC_080389.1:64276641-64276651promoter 内 156-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64270109-64272806(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATACGTACAAA
SmilChr05G001265 Chr05 NC_080391.1:10787763-10787773promoter 内 143-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10780478-10783915(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr02G004045 Chr02 NC_080388.1:62764055-62764065promoter 内 140-150 bp + 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62756637-62760204(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTACGTACAAA
SmilChr02G002183 Chr02 NC_080388.1:39031191-39031201promoter 内 92-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 39035100-39037243(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACTTA
SmilChr01G005041 Chr01 NC_080387.1:68346964-68346974promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68340382-68343054(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGACC
SmilChr03G003692 Chr03 NC_080389.1:55870289-55870299promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55859600-55866379(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGACC
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:139665-139675promoter 内 77-87 bp + 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 143589-147616(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr01G003491 Chr01 NC_080387.1:53464113-53464123promoter 内 45-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53457578-53460167(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTAA
SmilChr02G001437 Chr02 NC_080388.1:27059651-27059661promoter 内 45-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27052681-27055705(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATACGTACAAA
SmilChr03G003953 Chr03 NC_080389.1:58587599-58587609promoter 内 2535-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 58589065-58591030(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATCGTACAAT
SmilChr03G001385 Chr03 NC_080389.1:16370804-16370814promoter 内 1511-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 16373294-16374594(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGATA
SmilChr01G006073 Chr01 NC_080387.1:76166700-76166710promoter 内 3841-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 76166860-76175433(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATCGTACAAT
SmilChr03G004081 Chr03 NC_080389.1:59739826-59739836promoter 内 3721-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 59740106-59746274(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TATCGTACAAT
SmilChr03G002689 Chr03 NC_080389.1:42768937-42768947promoter 内 3662-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 42769276-42770620(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGATA
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