转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 113 / 134 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000416 Chr01 NC_080387.1:8417998-8418012promoter 内 950-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 8421049-8423907(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACACCAATGATTGA
SmilChr03G002711 Chr03 NC_080389.1:43061172-43061186promoter 内 930-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43064243-43081667(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAATTAATGATGAA
SmilChr01G006193 Chr01 NC_080387.1:77545839-77545853promoter 内 907-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 77540519-77542759(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTCAAATGATTGC
SmilChr01G004486 Chr01 NC_080387.1:62994111-62994125promoter 内 899-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62987204-62991023(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCAGTAATGATAAT
SmilChr02G004060 Chr02 NC_080388.1:62897165-62897179promoter 内 780-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 62890608-62893958(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATCATGATTAC
SmilChr01G005858 Chr01 NC_080387.1:74518161-74518175promoter 内 722-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 74509077-74514896(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAATCCT
SmilChr01G002526 Chr01 NC_080387.1:43280056-43280070promoter 内 694-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 43273499-43276763(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTAGTAATGATGTT
SmilChr03G000460 Chr03 NC_080389.1:4915189-4915203promoter 内 686-700 bp - 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 4908545-4911888(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAGGTTATGATTAT
SmilChr02G002217 Chr02 NC_080388.1:39411531-39411545promoter 内 560-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 39414972-39421699(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTAGTAATGATAAT
SmilChr01G005089 Chr01 NC_080387.1:68759733-68759747promoter 内 556-570 bp - 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 68763178-68764269(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATCCAA
SmilChr02G002449 Chr02 NC_080388.1:42741227-42741241promoter 内 550-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 42744678-42752394(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATCATGTT
SmilChr02G001523 Chr02 NC_080388.1:28358546-28358560promoter 内 520-534 bp + 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 28362027-28363689(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGCAAATGATTAC
SmilChr02G000449 Chr02 NC_080388.1:5876634-5876648promoter 内 488-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5869129-5873135(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACTCCGATGATTAT
SmilChr03G002054 Chr03 NC_080389.1:31140570-31140584promoter 内 484-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 31144087-31147089(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTACTAGC
SmilChr03G000887 Chr03 NC_080389.1:10132438-10132452promoter 内 454-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10123904-10128905(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGAACAT
SmilChr01G005620 Chr01 NC_080387.1:72686964-72686978promoter 内 424-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 72690541-72694629(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTATCATTATCTTA
SmilChr01G000288 Chr01 NC_080387.1:5645891-5645905promoter 内 352-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 5649540-5652649(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATTGAAATGATTAA
SmilChr01G003261 Chr01 NC_080387.1:51306936-51306950promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 51310626-51319042(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTATTTTT
SmilChr03G000960 Chr03 NC_080389.1:10858494-10858508promoter 内 304-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 10837614-10854811(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTAATATA
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75109688-75109702promoter 内 222-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 75104660-75105923(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATTGAAATGATTAA
SmilChr01G000869 Chr01 NC_080387.1:18555906-18555920promoter 内 181-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18551636-18552100(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAACTCG
SmilChr01G000871 Chr01 NC_080387.1:18592279-18592293promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 18588008-18588472(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAACTCG
SmilChr01G000001 Chr01 NC_080387.1:43882-43896promoter 内 144-158 bp + 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.7/ 100 1 47739-50415(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACTCCGATGATTAT
SmilChr01G001642 Chr01 NC_080387.1:30457556-30457570promoter 内 3743-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 3 30457814-30464973(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATAAAATGATTAT
SmilChr02G001574 Chr02 NC_080388.1:29244764-29244778promoter 内 1163-1177 bp - 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 3 29239110-29241940(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGAAAATGATTAT
SmilChr03G002917 Chr03 NC_080389.1:45927219-45927233promoter 内 3792-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 45927428-45931771(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTACTT
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7155154-7155168promoter 内 3614-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 7153767-7154781(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATACAAATGATTAT
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25496236-25496250promoter 内 3583-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 25496654-25497888(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTACTT
SmilChr01G003400 Chr01 NC_080387.1:52702216-52702230promoter 内 3564-3578 bp + 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 52700959-52701793(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTTACTT
SmilChr03G000450 Chr03 NC_080389.1:4816168-4816182promoter 内 3390-3404 bp + 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 4816779-4817934(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAACAAATGATTAC
SmilChr01G004584 Chr01 NC_080387.1:63878834-63878848promoter 内 3333-3347 bp + 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 63876407-63878180(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTGAAATC
SmilChr03G002341 Chr03 NC_080389.1:36893652-36893666promoter 内 3267-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 36891599-36892932(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTTCTAT
SmilChr02G001604 Chr02 NC_080388.1:29878230-29878244promoter 内 3093-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 29879138-29879524(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCTTCTTC
SmilChr01G004451 Chr01 NC_080387.1:62634663-62634677promoter 内 3060-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 62629453-62633736(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTAATAATGATAAT
SmilChr01G003619 Chr01 NC_080387.1:54727668-54727682promoter 内 2483-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 54729186-54734505(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATAACTATC
SmilChr01G003399 Chr01 NC_080387.1:52702216-52702230promoter 内 2002-2016 bp + 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 52698126-52700231(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTTACTT
SmilChr02G003262 Chr02 NC_080388.1:53910695-53910709promoter 内 1913-1927 bp + 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 2 53912783-53916969(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAGTAATAATGAA
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SmilChr03G002515 Chr03 NC_080389.1:40029485-40029499promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40029503-40030220(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTCAATGATTAT