转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 116 / 138 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003163 Chr03 NC_080389.1:49016105-49016117promoter 内 956-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49012268-49013072(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGTTGACTGAA
SmilChr01G003926 Chr01 NC_080387.1:57527921-57527933promoter 内 873-885 bp - 3116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57511064-57524805(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTTAT
SmilChr03G003215 Chr03 NC_080389.1:49797581-49797593promoter 内 834-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49791093-49794426(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAACTTG
SmilChr03G000448 Chr03 NC_080389.1:4793514-4793526promoter 内 815-827 bp - 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4796700-4797674(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCAGTCAACTTT
SmilChr01G004948 Chr01 NC_080387.1:67566292-67566304promoter 内 808-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 67569485-67572285(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCAAGTCAACTAA
SmilChr03G001440 Chr03 NC_080389.1:17113798-17113810promoter 内 696-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17117103-17118739(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGTTGACTGAA
SmilChr02G003794 Chr02 NC_080388.1:59586529-59586541promoter 内 681-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 59589849-59591916(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACAAG
SmilChr03G003291 Chr03 NC_080389.1:51031845-51031857promoter 内 620-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51027435-51028476(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGTTGACTGCG
SmilChr01G000811 Chr01 NC_080387.1:17490512-17490524promoter 内 517-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17485733-17487040(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACTAT
SmilChr02G000573 Chr02 NC_080388.1:8114513-8114525promoter 内 483-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8118031-8119196(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACTAT
SmilChr01G000549 Chr01 NC_080387.1:11410125-11410137promoter 内 481-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11405391-11406617(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACTAT
SmilChr03G002183 Chr03 NC_080389.1:33932635-33932647promoter 内 436-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33936200-33938043(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAGTTGACTGAT
SmilChr01G003220 Chr01 NC_080387.1:50967898-50967910promoter 内 434-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50971465-50972430(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGAGTCAACAAG
SmilChr02G000796 Chr02 NC_080388.1:13194089-13194101promoter 内 395-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13189369-13190495(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACTAT
SmilChr01G003425 Chr01 NC_080387.1:52927512-52927524promoter 内 352-364 bp - 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52917001-52923875(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGTTGACTTCT
SmilChr02G002469 Chr02 NC_080388.1:43080161-43080173promoter 内 320-332 bp - 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 43075229-43076492(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGTTTGACTAAC
SmilChr02G003565 Chr02 NC_080388.1:56830114-56830126promoter 内 292-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56821444-56826417(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTAGTCAACTAT
SmilChr02G000496 Chr02 NC_080388.1:6829426-6829438promoter 内 277-289 bp + 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6833150-6833923(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGCCTTGACTATA
SmilChr01G000969 Chr01 NC_080387.1:20533063-20533075promoter 内 244-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20528323-20529318(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACTAT
SmilChr01G003461 Chr01 NC_080387.1:53196810-53196822promoter 内 187-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53191905-53193008(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTAGTCAAAAAC
SmilChr01G002806 Chr01 NC_080387.1:46608850-46608862promoter 内 151-163 bp + 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46601773-46605012(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTAAGTCAACTAT
SmilChr02G000489 Chr02 NC_080388.1:6686070-6686082promoter 内 113-125 bp + 3876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6689958-6694670(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGTTGACTCTA
SmilChr02G001692 Chr02 NC_080388.1:31214620-31214632promoter 内 78-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 31209946-31210709(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACTAT
SmilChr02G004123 Chr02 NC_080388.1:63489879-63489891promoter 内 31-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 63493849-63496261(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTGTTGACTTAA
SmilChr02G004678 Chr02 NC_080388.1:69112347-69112359promoter 内 14-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 69116334-69125127(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAAGTCAACATG
SmilChr01G005457 Chr01 NC_080387.1:71603456-71603468promoter 内 3630-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 71600162-71603097(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATAGTCAAACAA
SmilChr03G004090 Chr03 NC_080389.1:59788744-59788756promoter 内 3602-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 59789143-59793198(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGAGTCAACATA
SmilChr01G003275 Chr01 NC_080387.1:51457469-51457481promoter 内 2505-2517 bp - 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51458965-51463055(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCGAGTCAACTCA
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39141660-39141672promoter 内 2173-2185 bp - 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 39136070-39139844(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGTTGACTCAT
SmilChr03G001582 Chr03 NC_080389.1:20016042-20016054promoter 内 1858-1870 bp - 2131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 20012117-20013911(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGTTTGACTAAG
SmilChr01G005124 Chr01 NC_080387.1:69051291-69051303promoter 内 1447-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 69053845-69055068(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGGAGTCAACAGA
SmilChr03G000891 Chr03 NC_080389.1:10172312-10172324promoter 内 3975-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10171108-10172298(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATAGTCAAATTC
SmilChr03G003735 Chr03 NC_080389.1:56382074-56382086promoter 内 3969-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56380865-56382054(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACTAGTCAAAATA
SmilChr02G004398 Chr02 NC_080388.1:66333441-66333453promoter 内 3822-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66329075-66333274(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAAAATA
SmilChr02G004321 Chr02 NC_080388.1:65517127-65517139promoter 内 3793-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65517335-65523412(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGTTTGACTAAT
SmilChr02G005149 Chr02 NC_080388.1:72874901-72874913promoter 内 3791-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72875111-72879373(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTCCT
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SmilChr01G000897 Chr01 NC_080387.1:19055751-19055763promoter 内 3103-3115 bp + 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19056649-19058109(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAGTTGACTGAT
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SmilChr01G004297 Chr01 NC_080387.1:61157014-61157026promoter 内 3029-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61157986-61163010(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTTTTGACTAAT