转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 116 / 147 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000826 Chr01 NC_080387.1:17803544-17803558promoter 内 2146-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 17795788-17801703(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAATTACTTAGGTAA
SmilChr03G002401 Chr03 NC_080389.1:38086287-38086301promoter 内 2058-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 38088230-38092710(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTA
SmilChr02G003004 Chr02 NC_080388.1:50692730-50692744promoter 内 1806-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 50689365-50690549(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCCATGTTTAGGTAG
SmilChr02G002598 Chr02 NC_080388.1:45117574-45117588promoter 内 1463-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 45120112-45120184(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACAGGTGT
SmilChr01G003120 Chr01 NC_080387.1:50018328-50018342promoter 内 1268-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 50021061-50021720(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTA
SmilChr01G001030 Chr01 NC_080387.1:21478823-21478837promoter 内 1202-1216 bp + 2785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 21462009-21476038(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTA
SmilChr02G001983 Chr02 NC_080388.1:35782168-35782182promoter 内 784-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 35777989-35778965(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CACTCTGTTAGGTAG
SmilChr01G001422 Chr01 NC_080387.1:27827673-27827687promoter 内 497-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 27831177-27835759(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGAGAAGTTAGGGGA
SmilChr03G000750 Chr03 NC_080389.1:8580873-8580887promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 8584434-8585764(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAATGTTTAG
SmilChr03G003436 Chr03 NC_080389.1:52717530-52717544promoter 内 3917-3931 bp + 70 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52717614-52726291(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCAAATTTTAGGTAG
SmilChr01G002797 Chr01 NC_080387.1:46461547-46461561promoter 内 3908-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46458193-46461468(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACACTCAA
SmilChr02G002179 Chr02 NC_080388.1:39014382-39014396promoter 内 3882-3896 bp - 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39013190-39014277(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACTAATCTTAGGTAT
SmilChr04G000147 Chr04 NC_080390.1:1287807-1287821promoter 内 3862-3876 bp + 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1281504-1287682(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGTCCTAACTTTCGC
SmilChr01G002721 Chr01 NC_080387.1:45489859-45489873promoter 内 3837-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45490023-45490384(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAGTGCTTC
SmilChr01G000109 Chr01 NC_080387.1:1858149-1858163promoter 内 3833-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1854835-1857995(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATCTCAGG
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67470268-67470282promoter 内 3826-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 67470443-67473691(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACTGATATTAGGTAT
SmilChr01G005677 Chr01 NC_080387.1:73050266-73050280promoter 内 3810-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73050457-73051714(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TACGTTGTTAGGTCG
SmilChr01G005673 Chr01 NC_080387.1:73002661-73002675promoter 内 3806-3820 bp + 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73002856-73004410(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TACGTTGTTAGGTCG
SmilChr02G004005 Chr02 NC_080388.1:62379548-62379562promoter 内 3798-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62379751-62380769(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACGATAAT
SmilChr02G005385 Chr02 NC_080388.1:74504312-74504326promoter 内 3788-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74501887-74504113(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAAATTAACC
SmilChr04G000581 Chr04 NC_080390.1:6462843-6462857promoter 内 3781-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6463063-6464878(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAGCTAGAC
SmilChr02G004263 Chr02 NC_080388.1:64833799-64833813promoter 内 3757-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64828012-64833569(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACAAAATT
SmilChr03G001281 Chr03 NC_080389.1:14989386-14989400promoter 内 3742-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14986288-14989141(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATTATCGTTAGGTTG
SmilChr01G000161 Chr01 NC_080387.1:2701764-2701778promoter 内 3692-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2701038-2701469(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAACATACT
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66208043-66208057promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66208500-66209420(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAAATCGCTA
SmilChr04G000580 Chr04 NC_080390.1:6462843-6462857promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6451186-6462318(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTCTAGCTTAGGTAG
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35782168-35782182promoter 内 3436-3450 bp - 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35779820-35781617(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CACTCTGTTAGGTAG
SmilChr02G004145 Chr02 NC_080388.1:63774884-63774898promoter 内 3341-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63770923-63774238(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CGACCTAACAGCAGC
SmilChr02G001281 Chr02 NC_080388.1:23640315-23640329promoter 内 3178-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23641138-23643741(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATCAGCGTTAGGTAC
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64383248-64383262promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64380776-64382352(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAACGCACGT
SmilChr03G001932 Chr03 NC_080389.1:27145590-27145604promoter 内 3072-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27141191-27144675(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTCGCAGTTAGGCTA
SmilChr01G006093 Chr01 NC_080387.1:76409589-76409603promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76405283-76408657(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAAATAGCTT
SmilChr03G003859 Chr03 NC_080389.1:57679537-57679551promoter 内 3052-3066 bp - 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57678022-57678602(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGTTGGTTAGGTGA
SmilChr03G000872 Chr03 NC_080389.1:9907884-9907898promoter 内 3037-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9908848-9909798(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGACCTAACACGTTA
SmilChr04G001878 Chr04 NC_080390.1:30681970-30681984promoter 内 2971-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30683000-30683105(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACGTGTTAGGTTA
SmilChr02G004834 Chr02 NC_080388.1:70458367-70458381promoter 内 2942-2956 bp + 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70459426-70471260(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAACATTTAGGTAC
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