转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 122 / 160 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G003340 Chr01 NC_080387.1:52179928-52179938promoter 内 349-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 52175624-52176286(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G004004 Chr03 NC_080389.1:59057745-59057755promoter 内 346-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59061400-59067931(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTGTT
SmilChr03G004133 Chr03 NC_080389.1:60174381-60174391promoter 内 343-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 60160228-60170733(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr02G000865 Chr02 NC_080388.1:14899989-14899999promoter 内 341-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14903649-14904287(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCGT
SmilChr01G004901 Chr01 NC_080387.1:67078194-67078204promoter 内 339-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 67081856-67085121(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr01G005788 Chr01 NC_080387.1:73981447-73981457promoter 内 338-348 bp - 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 73971413-73977794(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr07G000674 Chr07 NC_080393.1:4593836-4593846promoter 内 336-346 bp - 3655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4597501-4598256(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G001049 Chr01 NC_080387.1:21823608-21823618promoter 内 328-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21827281-21829393(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr04G002181 Chr04 NC_080390.1:35260749-35260759promoter 内 323-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35256032-35257081(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr07G000400 Chr07 NC_080393.1:2759076-2759086promoter 内 323-333 bp - 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 2762754-2766447(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G000097 Chr02 NC_080388.1:1262284-1262294promoter 内 318-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1265967-1268801(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr04G002231 Chr04 NC_080390.1:36027698-36027708promoter 内 317-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 36023044-36024024(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G004610 Chr01 NC_080387.1:64074313-64074323promoter 内 310-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 64067743-64070632(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr08G002274 Chr08 NC_080394.1:21126602-21126612promoter 内 302-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21130301-21133600(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr08G000577 Chr08 NC_080394.1:4226762-4226772promoter 内 299-309 bp - 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 4230464-4233825(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr04G000927 Chr04 NC_080390.1:12084786-12084796promoter 内 289-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12080077-12081084(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G001191 Chr01 NC_080387.1:24067337-24067347promoter 内 285-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 24058282-24063631(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAATT
SmilChr04G001211 Chr04 NC_080390.1:18775069-18775079promoter 内 280-290 bp - 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18778790-18793900(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G002993 Chr03 NC_080389.1:46748311-46748321promoter 内 274-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 46752038-46753053(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAACCGTAAAT
SmilChr05G002364 Chr05 NC_080391.1:25813006-25813016promoter 内 274-284 bp + 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 25816733-25818356(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr08G002188 Chr08 NC_080394.1:19762517-19762527promoter 内 274-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 19766244-19768683(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTA
SmilChr08G001718 Chr08 NC_080394.1:14414500-14414510promoter 内 269-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 14418232-14419036(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGGT
SmilChr02G003959 Chr02 NC_080388.1:61765398-61765408promoter 内 268-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61769131-61770352(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr03G002547 Chr03 NC_080389.1:40626104-40626114promoter 内 255-265 bp - 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40629850-40631590(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr01G003886 Chr01 NC_080387.1:57171640-57171650promoter 内 252-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57175389-57181511(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ACCTACGGTTA
SmilChr02G004450 Chr02 NC_080388.1:66861482-66861492promoter 内 246-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 66852740-66857737(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr01G002901 Chr01 NC_080387.1:47700801-47700811promoter 内 244-254 bp + 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47696201-47697054(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr08G001164 Chr08 NC_080394.1:9303914-9303924promoter 内 242-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 9299590-9300165(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr02G005109 Chr02 NC_080388.1:72602596-72602606promoter 内 236-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 72597857-72598841(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
SmilChr03G003163 Chr03 NC_080389.1:49016829-49016839promoter 内 234-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 49012268-49013072(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AAGAACGGTTA
SmilChr03G002240 Chr03 NC_080389.1:35293020-35293030promoter 内 216-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 35288443-35289245(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATTTACGGTTT
SmilChr04G001556 Chr04 NC_080390.1:25754528-25754538promoter 内 214-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 25758315-25760192(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCAACGGTTA
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59850948-59850958promoter 内 209-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr02G002610 Chr02 NC_080388.1:45305866-45305876promoter 内 206-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 45300304-45302081(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATGAACGGTTA
SmilChr03G000985 Chr03 NC_080389.1:11157763-11157773promoter 内 202-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 11161562-11164787(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr07G003831 Chr07 NC_080393.1:47413309-47413319promoter 内 196-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 47392305-47409514(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 ATCTACGGTTG
SmilChr07G004020 Chr07 NC_080393.1:51270002-51270012promoter 内 191-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51273812-51275562(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
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SmilChr06G000159 Chr06 NC_080392.1:1108193-1108203promoter 内 174-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 1112020-1117092(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAGAT
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