转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 122 / 123 下载 TSV

上一页 122 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31813472-31813486promoter 内 362-376 bp + 3625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31817111-31822515(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCGGAAAATGGAAA
SmilChr01G004358 Chr01 NC_080387.1:61763210-61763224promoter 内 360-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61766851-61768995(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATATGTATAA
SmilChr02G004911 Chr02 NC_080388.1:71120502-71120516promoter 内 238-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 71115284-71116753(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATTCCATTTGTAGGG
SmilChr02G001084 Chr02 NC_080388.1:19425229-19425243promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19417826-19421453(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAAAAAAAA
SmilChr02G004293 Chr02 NC_080388.1:65297549-65297563promoter 内 147-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 65292844-65293709(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATATGTATAA
SmilChr02G000395 Chr02 NC_080388.1:4924010-4924024promoter 内 115-129 bp - 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4888513-4920138(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TAATCGAAATGGAAA
SmilChr02G002908 Chr02 NC_080388.1:49386579-49386593promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 49386659-49392101(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTATCAATATGGAAA
SmilChr02G004654 Chr02 NC_080388.1:68964150-68964164promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68964233-68967733(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CAGCTCTTTTTGGCT
SmilChr03G000182 Chr03 NC_080389.1:1945383-1945397promoter 内 3858-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 1945526-1946420(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGAAAA
SmilChr01G004846 Chr01 NC_080387.1:66607013-66607027promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 66607302-66612035(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGAAAA
SmilChr02G003005 Chr02 NC_080388.1:50693823-50693837promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50690724-50693540(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CACTAAAAATGAAAA
SmilChr02G000047 Chr02 NC_080388.1:637264-637278promoter 内 3671-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 637594-649458(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCATTTTGGAAC
SmilChr02G003418 Chr02 NC_080388.1:55409450-55409464promoter 内 3616-3630 bp - 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55406754-55409079(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATACAAAAATGACAA
SmilChr02G004119 Chr02 NC_080388.1:63473558-63473572promoter 内 3561-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63473998-63478395(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATCTTCAAATGGAAG
SmilChr02G000661 Chr02 NC_080388.1:10128877-10128891promoter 内 3497-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10115954-10128387(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAGAATA
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74264210-74264224promoter 内 3436-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 74257641-74263659(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTATTATTTTTGGTA
SmilChr02G000314 Chr02 NC_080388.1:3946883-3946897promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3947546-3949819(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGAAAA
SmilChr02G003348 Chr02 NC_080388.1:54684676-54684690promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54685360-54688297(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCATAAAAATGGACA
SmilChr02G005575 Chr02 NC_080388.1:75616817-75616831promoter 内 3296-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 75617522-75618245(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAGAATA
SmilChr01G002889 Chr01 NC_080387.1:47578063-47578077promoter 内 3226-3240 bp + 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47578838-47585690(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGAAAA
SmilChr01G003955 Chr01 NC_080387.1:57925706-57925720promoter 内 3195-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 57926512-57928904(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTCCAGTG
SmilChr02G004716 Chr02 NC_080388.1:69431363-69431377promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 69422631-69430529(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGAAAA
SmilChr01G000428 Chr01 NC_080387.1:8581348-8581362promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8572479-8580366(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAAGTAA
SmilChr03G000322 Chr03 NC_080389.1:3690253-3690267promoter 内 2937-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3689097-3689203(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GATCCATTTTCGGCT
SmilChr03G000323 Chr03 NC_080389.1:3699026-3699040promoter 内 2937-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 3697870-3697976(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GATCCATTTTCGGCT
SmilChr02G004136 Chr02 NC_080388.1:63623640-63623654promoter 内 2901-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63624740-63624846(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GATCCATTTTCGGCT
SmilChr02G004138 Chr02 NC_080388.1:63652426-63652440promoter 内 2898-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63653529-63653635(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GATCCATTTTCGGCT
SmilChr03G000181 Chr03 NC_080389.1:1945383-1945397promoter 内 2834-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 1938732-1944230(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCATTTTTGTTT
SmilChr01G004121 Chr01 NC_080387.1:59728509-59728523promoter 内 2833-2847 bp - 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 59724107-59727355(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAGAATA
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8216223-8216237promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8212387-8215054(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAGAAGGAG
SmilChr03G000451 Chr03 NC_080389.1:4823038-4823052promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4824378-4825594(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACAAAAATGAAAA
SmilChr02G001791 Chr02 NC_080388.1:32666482-32666496promoter 内 2614-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 32662522-32665109(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCTCCATTTTTAGTG
SmilChr02G000384 Chr02 NC_080388.1:4792526-4792540promoter 内 2566-2580 bp + 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4793961-4795480(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCATAAAAATGGAAT
SmilChr02G003044 Chr02 NC_080388.1:51233279-51233293promoter 内 2496-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51230962-51231788(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGTCTTTTTTTGGGG
SmilChr03G000395 Chr03 NC_080389.1:4321426-4321440promoter 内 2326-2340 bp + 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4316937-4319765(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GCGCTATTTTTGGAG
SmilChr03G000884 Chr03 NC_080389.1:10030591-10030605promoter 内 2285-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10025259-10028889(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTATTTTGGAG
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SmilChr02G000204 Chr02 NC_080388.1:2637206-2637220promoter 内 1869-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 2632721-2635088(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATTCTAAAATGGAAA
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SmilChr03G001178 Chr03 NC_080389.1:13531913-13531927promoter 内 1846-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 13528672-13529772(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCACCCTTTTTGGTT
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SmilChr01G003601 Chr01 NC_080387.1:54566503-54566517promoter 内 1696-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54568808-54571642(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CACTAAAAATGAAAA
SmilChr02G000756 Chr02 NC_080388.1:12339938-12339952promoter 内 1596-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 12333233-12337547(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCTCCATTTTTGTTT