转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 123 / 138 下载 TSV

上一页 123 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004400 Chr02 NC_080388.1:66346993-66347003promoter 内 1382-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66341746-66344384(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGAGA
SmilChr02G001665 Chr02 NC_080388.1:30922707-30922717promoter 内 1378-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30916630-30920094(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCCC
SmilChr02G001421 Chr02 NC_080388.1:26825702-26825712promoter 内 1369-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26821704-26823080(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TGGCGTACAAC
SmilChr01G003883 Chr01 NC_080387.1:57155986-57155996promoter 内 1344-1354 bp - 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57158643-57163874(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACTCT
SmilChr03G000114 Chr03 NC_080389.1:1267877-1267887promoter 内 1318-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1263204-1265204(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G004735 Chr01 NC_080387.1:65538587-65538597promoter 内 1285-1295 bp - 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 65541303-65542172(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G003453 Chr02 NC_080388.1:55813841-55813851promoter 内 1279-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55808122-55811129(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G005873 Chr01 NC_080387.1:74679526-74679536promoter 内 1277-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74682250-74684486(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G001457 Chr01 NC_080387.1:28266015-28266025promoter 内 1238-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28268778-28269917(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G005071 Chr01 NC_080387.1:68587520-68587530promoter 内 1212-1222 bp - 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68590309-68591133(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr03G001186 Chr03 NC_080389.1:13614425-13614435promoter 内 1202-1212 bp - 2789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13617224-13618288(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr03G001532 Chr03 NC_080389.1:19128036-19128046promoter 内 1192-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19123567-19125237(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G004656 Chr01 NC_080387.1:64659657-64659667promoter 内 1133-1143 bp - 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64662525-64663003(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3997145-3997155promoter 内 1132-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3993468-3994286(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G000115 Chr02 NC_080388.1:1457339-1457349promoter 内 1131-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1460209-1463014(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr03G000273 Chr03 NC_080389.1:3121512-3121522promoter 内 1127-1137 bp - 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3115970-3118648(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGAGA
SmilChr01G004410 Chr01 NC_080387.1:62209371-62209381promoter 内 1119-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62202766-62206499(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr02G003495 Chr02 NC_080388.1:56180838-56180848promoter 内 1116-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56171950-56177963(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCCC
SmilChr01G002714 Chr01 NC_080387.1:45401325-45401335promoter 内 1114-1124 bp - 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45393416-45398448(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCCC
SmilChr01G005093 Chr01 NC_080387.1:68788837-68788847promoter 内 1111-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68783775-68785957(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GCAGGTACAAT
SmilChr02G001449 Chr02 NC_080388.1:27184674-27184684promoter 内 1045-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27179273-27181728(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr02G004142 Chr02 NC_080388.1:63746872-63746882promoter 内 1038-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63749835-63760427(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G001646 Chr01 NC_080387.1:30521123-30521133promoter 内 1036-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30524088-30530209(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr03G003363 Chr03 NC_080389.1:51974475-51974485promoter 内 1010-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51977466-51980894(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38043979-38043989promoter 内 1002-1012 bp - 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38039935-38040990(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G002163 Chr01 NC_080387.1:37669750-37669760promoter 内 991-1001 bp - 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37672760-37675854(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67034922-67034932promoter 内 943-953 bp - 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67024212-67031874(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr03G002455 Chr03 NC_080389.1:38899503-38899513promoter 内 935-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38902569-38903945(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G001137 Chr02 NC_080388.1:20498568-20498578promoter 内 928-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20501641-20503792(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G000377 Chr02 NC_080388.1:4755834-4755844promoter 内 899-909 bp + 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4758936-4763213(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGAGG
SmilChr03G003277 Chr03 NC_080389.1:50736533-50736543promoter 内 888-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50732186-50733430(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr03G000485 Chr03 NC_080389.1:5172218-5172228promoter 内 834-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5175385-5177046(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr02G004621 Chr02 NC_080388.1:68737952-68737962promoter 内 804-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68732778-68734765(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G004170 Chr01 NC_080387.1:60194992-60195002promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60188254-60191800(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr02G002713 Chr02 NC_080388.1:46980362-46980372promoter 内 757-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46975061-46977128(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
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