转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 124 / 152 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001513 Chr01 NC_080387.1:28965893-28965911promoter 内 3706-3724 bp - 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 28966188-28971360(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTGTGTGGTTGACGGTG
SmilChr04G000873 Chr04 NC_080390.1:11040535-11040553promoter 内 3703-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 11040833-11041393(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAATACAACCACCACCGA
SmilChr01G000830 Chr01 NC_080387.1:17862407-17862425promoter 内 3697-3715 bp + 286 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17862711-17873987(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAACTCAACCACCGTTGA
SmilChr05G002348 Chr05 NC_080391.1:25462083-25462101promoter 内 3695-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 25462389-25464809(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAAGGGTGGTTGACTAAA
SmilChr03G003130 Chr03 NC_080389.1:48484070-48484088promoter 内 3667-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48484404-48487813(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGCCCCAACCAAAATCTG
SmilChr02G000445 Chr02 NC_080388.1:5831984-5832002promoter 内 3661-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5829772-5831662(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACGAT
SmilChr02G000909 Chr02 NC_080388.1:15720012-15720030promoter 内 3657-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15716668-15719686(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGAGGTGGTGGCGGTAG
SmilChr03G003131 Chr03 NC_080389.1:48484070-48484088promoter 内 3653-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48484418-48580668(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGCCCCAACCAAAATCTG
SmilChr03G003134 Chr03 NC_080389.1:48592049-48592067promoter 内 3651-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 48580761-48591717(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGCCCCAACCAAAATCTG
SmilChr03G003705 Chr03 NC_080389.1:56001338-56001356promoter 内 3627-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 56001712-56007487(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAGCTTTGGTTGGGACGG
SmilChr04G000133 Chr04 NC_080390.1:1150950-1150968promoter 内 3613-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1144833-1150580(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAAGTGGTTGATTGTG
SmilChr02G000254 Chr02 NC_080388.1:3270228-3270246promoter 内 3591-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 3267611-3269836(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCTGTTGGTTGGAAAAT
SmilChr02G001584 Chr02 NC_080388.1:29588030-29588048promoter 内 3580-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29587041-29587627(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGTATTGGTTGGAAACT
SmilChr02G002905 Chr02 NC_080388.1:49357841-49357859promoter 内 3571-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49358271-49373202(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAAGGCAACCACTTCCTC
SmilChr04G000605 Chr04 NC_080390.1:6851596-6851614promoter 内 3537-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6849602-6851150(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTACCCGACCACCTTCGT
SmilChr03G004300 Chr03 NC_080389.1:61389809-61389827promoter 内 3527-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 61390283-61391915(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATATGTAGTTGGAATCA
SmilChr03G000611 Chr03 NC_080389.1:6786900-6786918promoter 内 3502-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 6785116-6786419(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGTTTGGT
SmilChr01G004983 Chr01 NC_080387.1:67888605-67888623promoter 内 3481-3499 bp + 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 67882168-67888103(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTGGGTGGTTGGATTTT
SmilChr02G004649 Chr02 NC_080388.1:68925553-68925571promoter 内 3455-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 68919785-68925025(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTAGGGTGGTTGCCAGTT
SmilChr05G003154 Chr05 NC_080391.1:40294396-40294414promoter 内 3418-3436 bp - 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40292169-40293831(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTTCCAACCAATTTTTA
SmilChr04G002556 Chr04 NC_080390.1:40873130-40873148promoter 内 3403-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 40871294-40872550(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTTGTGGTTGACGTTA
SmilChr05G002619 Chr05 NC_080391.1:29502188-29502206promoter 内 3401-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 29502788-29505943(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGTGTGGTTGAGATTG
SmilChr01G001001 Chr01 NC_080387.1:21069120-21069138promoter 内 3390-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 21066877-21068527(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGGCGGCAGTTGGAAATG
SmilChr01G002423 Chr01 NC_080387.1:41722782-41722800promoter 内 3379-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41723404-41725471(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAAGGGTGGTTGACTAAA
SmilChr04G000134 Chr04 NC_080390.1:1150950-1150968promoter 内 3374-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1151577-1153630(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACAATCAACCACTTTATT
SmilChr05G000198 Chr05 NC_080391.1:1561156-1561174promoter 内 3358-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 1561799-1566059(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAATCCAACCACAATAAC
SmilChr03G001186 Chr03 NC_080389.1:13616577-13616595promoter 内 3354-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 13617224-13618288(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGTTTGGT
SmilChr02G002904 Chr02 NC_080388.1:49357841-49357859promoter 内 3286-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 49351633-49357144(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGAAGTGGTTGCCTTGC
SmilChr02G000944 Chr02 NC_080388.1:16459316-16459334promoter 内 3262-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16460055-16463592(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATGTGTGGTTGAGATTG
SmilChr02G004400 Chr02 NC_080388.1:66345139-66345157promoter 内 3228-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 66341746-66344384(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGATAGTGGTTGAATAAA
SmilChr01G001104 Chr01 NC_080387.1:22613006-22613024promoter 内 3223-3241 bp - 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 22613784-22615277(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGGCGGCAGTTGGAAATG
SmilChr01G000817 Chr01 NC_080387.1:17607166-17607184promoter 内 3195-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 17605350-17606378(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACGAT
SmilChr04G001201 Chr04 NC_080390.1:18401428-18401446promoter 内 3193-3211 bp - 790 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 18402236-18412053(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACGAT
SmilChr01G004413 Chr01 NC_080387.1:62261232-62261250promoter 内 3152-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 62262081-62265543(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGATGTGGTTGTCAAAG
SmilChr02G000885 Chr02 NC_080388.1:15258340-15258358promoter 内 3145-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 15256490-15257502(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACACT
SmilChr02G000219 Chr02 NC_080388.1:2852270-2852288promoter 内 3043-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2853228-2855703(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTATTGTTGGTTGGAAGGA
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36621233-36621251promoter 内 3020-3038 bp - 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 36622214-36622996(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACGAT
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549789-2549807promoter 内 2976-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2548627-2548782(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGTCTCAACCACAAACGA
SmilChr01G000738 Chr01 NC_080387.1:16362421-16362439promoter 内 2935-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 16360156-16361373(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGGGAGTGGTTGTACGAT
SmilChr01G005221 Chr01 NC_080387.1:69767058-69767076promoter 内 2868-2886 bp - 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 69768191-69768685(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCGGGTGGTTGAACCCG
SmilChr05G003093 Chr05 NC_080391.1:39241081-39241099promoter 内 2832-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 39234854-39239930(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTAAACAACCACCCCCCC
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SmilChr01G000927 Chr01 NC_080387.1:19661109-19661127promoter 内 2807-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 19658453-19659933(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTCTCCAACCAATACTAA
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SmilChr04G002329 Chr04 NC_080390.1:37598258-37598276promoter 内 2628-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 37599631-37604073(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGTCGGTGGTTGATGTGT
SmilChr04G003695 Chr04 NC_080390.1:53333211-53333229promoter 内 2613-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 53331770-53331841(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACACATTT