转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 124 / 128 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005633 Chr01 NC_080387.1:72775992-72776003promoter 内 2635-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72769177-72774637(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATAACAGAGTA
SmilChr02G002834 Chr02 NC_080388.1:48489995-48490006promoter 内 2598-2609 bp - 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48485441-48488603(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATAACAGAGAA
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75413277-75413288promoter 内 2595-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75408257-75411882(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49499017-49499028promoter 内 2555-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49500463-49501685(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr01G004249 Chr01 NC_080387.1:60790415-60790426promoter 内 2541-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60791875-60792877(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr02G004501 Chr02 NC_080388.1:67522858-67522869promoter 内 2511-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67517176-67521379(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr01G001394 Chr01 NC_080387.1:27436298-27436309promoter 内 2441-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27433553-27434749(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAGAT
SmilChr02G002484 Chr02 NC_080388.1:43223471-43223482promoter 内 2390-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43225082-43227258(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr03G000886 Chr03 NC_080389.1:10115613-10115624promoter 内 2366-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10111702-10113989(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCCCTGTTTTT
SmilChr02G003136 Chr02 NC_080388.1:52379108-52379119promoter 内 2176-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52375114-52377294(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr02G003273 Chr02 NC_080388.1:54008609-54008620promoter 内 2147-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54010463-54013641(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49499017-49499028promoter 内 2044-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49500974-49501057(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr01G004922 Chr01 NC_080387.1:67301924-67301935promoter 内 2023-2034 bp - 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67303902-67303973(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTGTTT
SmilChr02G000077 Chr02 NC_080388.1:973808-973819promoter 内 2023-2034 bp + 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 975786-976583(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATAACAGAGAA
SmilChr02G003247 Chr02 NC_080388.1:53737100-53737111promoter 内 1909-1920 bp + 2081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53739192-53742653(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr02G004674 Chr02 NC_080388.1:69101905-69101916promoter 内 1898-1909 bp + 2092 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69099466-69099813(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTACC
SmilChr01G001988 Chr01 NC_080387.1:35299686-35299697promoter 内 1896-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35301791-35304445(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TACTCTGTTATA
SmilChr01G001322 Chr01 NC_080387.1:26257424-26257435promoter 内 1889-1900 bp - 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26259536-26262315(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G002370 Chr01 NC_080387.1:40884283-40884294promoter 内 1869-1880 bp + 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40886415-40886816(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAGAT
SmilChr02G001938 Chr02 NC_080388.1:34829800-34829811promoter 内 1841-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34831960-34835432(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr02G001668 Chr02 NC_080388.1:30944863-30944874promoter 内 1824-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30947040-30948221(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr01G000830 Chr01 NC_080387.1:17860498-17860509promoter 内 1788-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17862711-17873987(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50218829-50218840promoter 内 1785-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50212510-50216624(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GACTCTGTTATG
SmilChr02G003359 Chr02 NC_080388.1:54740196-54740207promoter 内 1757-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54735600-54737963(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTTAG
SmilChr03G000302 Chr03 NC_080389.1:3453528-3453539promoter 内 1698-1709 bp + 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3449974-3451236(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTACT
SmilChr02G000519 Chr02 NC_080388.1:7157135-7157146promoter 内 1636-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 7153767-7154781(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr02G003748 Chr02 NC_080388.1:59136376-59136387promoter 内 1606-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59130392-59133992(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTATT
SmilChr02G003361 Chr02 NC_080388.1:54740196-54740207promoter 内 1604-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54742593-54743716(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTAAACAGAGAC
SmilChr01G003065 Chr01 NC_080387.1:49499017-49499028promoter 内 1572-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49501446-49501588(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr02G004770 Chr02 NC_080388.1:69873972-69873983promoter 内 1539-1550 bp - 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69876434-69879104(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G000637 Chr01 NC_080387.1:14310262-14310273promoter 内 1521-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14312742-14314457(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATAAACAGAGAT
SmilChr01G001483 Chr01 NC_080387.1:28604644-28604655promoter 内 1514-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28601175-28602168(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr02G001761 Chr02 NC_080388.1:32366908-32366919promoter 内 1397-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 32363557-32364315(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr02G000661 Chr02 NC_080388.1:10131038-10131049promoter 内 1339-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10115954-10128387(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70477578-70477589promoter 内 1313-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70480266-70483251(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGGGCA
SmilChr02G000633 Chr02 NC_080388.1:9533432-9533443promoter 内 1111-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9536322-9536798(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16478752-16478763promoter 内 1077-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr02G004718 Chr02 NC_080388.1:69447017-69447028promoter 内 1030-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69443605-69444057(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G004923 Chr01 NC_080387.1:67301924-67301935promoter 内 1003-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67304922-67304993(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTGTTT
SmilChr01G001280 Chr01 NC_080387.1:25588751-25588762promoter 内 921-932 bp - 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 25591831-25593134(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTTAT
SmilChr03G001041 Chr03 NC_080389.1:12126525-12126536promoter 内 867-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12129659-12133243(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr02G000198 Chr02 NC_080388.1:2537226-2537237promoter 内 849-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2517107-2534085(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATAAACAGAGAT
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46613361-46613372promoter 内 831-842 bp - 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46616531-46620668(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATC
SmilChr01G003878 Chr01 NC_080387.1:57112088-57112099promoter 内 728-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57107397-57108826(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TATAACAGAGTA
SmilChr01G001849 Chr01 NC_080387.1:33420803-33420814promoter 内 726-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33424078-33425991(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTGTTT
SmilChr01G003061 Chr01 NC_080387.1:49499017-49499028promoter 内 719-730 bp + 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 49493012-49495746(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G004910 Chr01 NC_080387.1:67128106-67128117promoter 内 700-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67131407-67131611(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAGAT
SmilChr02G002964 Chr02 NC_080388.1:50162664-50162675promoter 内 679-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 50157572-50159353(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATAACAGAGTC
SmilChr01G004810 Chr01 NC_080387.1:66303564-66303575promoter 内 662-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66306903-66311350(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTTTGTTTTT
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51607256-51607267promoter 内 646-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51610611-51610717(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATAAACAGAGAT