转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 124 / 131 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003387 Chr01 NC_080387.1:52544079-52544088promoter 内 1785-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52546295-52547011(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G004011 Chr01 NC_080387.1:58526609-58526618promoter 内 1785-1794 bp + 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58522849-58524402(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G005952 Chr01 NC_080387.1:75229159-75229168promoter 内 1779-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75224873-75226946(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATACC
SmilChr01G002026 Chr01 NC_080387.1:35811804-35811813promoter 内 1755-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35814050-35815205(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G005436 Chr01 NC_080387.1:71496934-71496943promoter 内 1753-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71499182-71500235(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G000093 Chr02 NC_080388.1:1220677-1220686promoter 内 1746-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1215198-1218431(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G000856 Chr01 NC_080387.1:18450033-18450042promoter 内 1744-1753 bp + 2248 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18446891-18447785(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G005280 Chr02 NC_080388.1:73843547-73843556promoter 内 1729-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73845819-73847714(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G000167 Chr01 NC_080387.1:2740323-2740332promoter 内 1723-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 2737290-2738054(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64244655-64244664promoter 内 1669-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64246987-64247791(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr02G000707 Chr02 NC_080388.1:11393166-11393175promoter 内 1647-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11389817-11390821(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr02G004493 Chr02 NC_080388.1:67443906-67443915promoter 内 1647-1656 bp + 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67439425-67441561(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G002687 Chr02 NC_080388.1:46546916-46546925promoter 内 1634-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 46549283-46552267(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr03G000446 Chr03 NC_080389.1:4791737-4791746promoter 内 1610-1619 bp + 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4785436-4789355(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G000403 Chr02 NC_080388.1:4996274-4996283promoter 内 1604-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4998671-5001508(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr03G000999 Chr03 NC_080389.1:11322511-11322520promoter 内 1591-1600 bp + 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11318754-11320110(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G003704 Chr02 NC_080388.1:58526980-58526989promoter 内 1590-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58529391-58534339(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr03G000135 Chr03 NC_080389.1:1489101-1489110promoter 内 1578-1587 bp - 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1479033-1486687(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G004929 Chr01 NC_080387.1:67355996-67356005promoter 内 1555-1564 bp - 2437 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67358442-67364228(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G002170 Chr02 NC_080388.1:38910513-38910522promoter 内 1533-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38912981-38915528(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G000760 Chr02 NC_080388.1:12404424-12404433promoter 内 1523-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12400829-12401955(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G005862 Chr01 NC_080387.1:74561114-74561123promoter 内 1521-1530 bp + 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74552627-74558643(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G001565 Chr01 NC_080387.1:29678344-29678353promoter 内 1515-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29672780-29675867(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATACC
SmilChr01G001551 Chr01 NC_080387.1:29494579-29494588promoter 内 1487-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29497093-29500181(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G002414 Chr02 NC_080388.1:42120555-42120564promoter 内 1475-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42113950-42118038(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G003734 Chr01 NC_080387.1:55633702-55633711promoter 内 1461-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55629769-55631171(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G000992 Chr01 NC_080387.1:20951489-20951498promoter 内 1458-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 20948335-20948955(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATACC
SmilChr03G000879 Chr03 NC_080389.1:9988661-9988670promoter 内 1429-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 9973574-9986098(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr02G002319 Chr02 NC_080388.1:40861966-40861975promoter 内 1428-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40864539-40866014(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr02G002349 Chr02 NC_080388.1:41260893-41260902promoter 内 1426-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 41263468-41265907(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G000737 Chr02 NC_080388.1:11951959-11951968promoter 内 1422-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11948946-11949389(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G004186 Chr02 NC_080388.1:64188009-64188018promoter 内 1419-1428 bp - 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 64190591-64195426(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G001524 Chr01 NC_080387.1:29200848-29200857promoter 内 1409-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29203440-29206343(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G005494 Chr02 NC_080388.1:75101925-75101934promoter 内 1400-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 75097484-75099333(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G006198 Chr01 NC_080387.1:77659400-77659409promoter 内 1397-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 77662004-77666613(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G004563 Chr01 NC_080387.1:63712265-63712274promoter 内 1395-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63708057-63709668(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5190359-5190368promoter 内 1393-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5180191-5187760(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74442699-74442708promoter 内 1380-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74438105-74440087(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GGTATGATTG
SmilChr01G002645 Chr01 NC_080387.1:44755121-44755130promoter 内 1379-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44757743-44763466(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr03G001179 Chr03 NC_080389.1:13527341-13527350promoter 内 1379-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13529963-13531589(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G003405 Chr01 NC_080387.1:52727238-52727247promoter 内 1353-1362 bp - 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 52721666-52724599(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G004702 Chr01 NC_080387.1:65136190-65136199promoter 内 1340-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 65130043-65133538(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G002469 Chr02 NC_080388.1:43079144-43079153promoter 内 1340-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43075229-43076492(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GGTATGATTG
SmilChr01G002907 Chr01 NC_080387.1:47789504-47789513promoter 内 1267-1276 bp - 2725 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47792238-47793432(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G003925 Chr01 NC_080387.1:57513255-57513264promoter 内 1260-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57506756-57510523(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr01G003907 Chr01 NC_080387.1:57362591-57362600promoter 内 1226-1235 bp + 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57356074-57359825(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G001627 Chr02 NC_080388.1:30228973-30228982promoter 内 1184-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30215940-30226165(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38941149-38941158promoter 内 1182-1191 bp + 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38935535-38938339(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TTTATGATTA
SmilChr02G004866 Chr02 NC_080388.1:70776700-70776709promoter 内 1181-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70767168-70773889(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 TAATCATAAA
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18093003-18093012promoter 内 1167-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18087031-18090178(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GGTATGATTG