转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 125 / 138 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003345 Chr02 NC_080388.1:54676996-54677006promoter 内 3568-3578 bp - 423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54672454-54676573(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CAAGTACGGAA
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59090879-59090889promoter 内 3326-3336 bp + 665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59091554-59091625(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr02G004321 Chr02 NC_080388.1:65516621-65516631promoter 内 3287-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65517335-65523412(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr01G003389 Chr01 NC_080387.1:52583800-52583810promoter 内 3210-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52579152-52583019(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr02G004372 Chr02 NC_080388.1:66073305-66073315promoter 内 3051-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66071276-66072365(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCTT
SmilChr02G005347 Chr02 NC_080388.1:74282800-74282810promoter 内 2963-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74283838-74287538(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr01G004325 Chr01 NC_080387.1:61409020-61409030promoter 内 2810-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61404681-61407839(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38374938-38374948promoter 内 2809-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGAGTACGGAG
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38381230-38381240promoter 内 2809-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGAGTACGGAG
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69071668-69071678promoter 内 2719-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69065789-69070396(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr01G001780 Chr01 NC_080387.1:32689230-32689240promoter 内 2676-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32690555-32691341(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr02G000245 Chr02 NC_080388.1:3173424-3173434promoter 内 2646-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 3169047-3172079(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGAGTACGGAG
SmilChr01G004116 Chr01 NC_080387.1:59683626-59683636promoter 内 2624-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59685003-59686383(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr03G002548 Chr03 NC_080389.1:40657430-40657440promoter 内 2569-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40648123-40656008(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31113787-31113797promoter 内 2481-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31115307-31115858(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr03G003227 Chr03 NC_080389.1:49994385-49994395promoter 内 2455-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49989855-49992849(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGAGTACGGAG
SmilChr03G003240 Chr03 NC_080389.1:50307620-50307630promoter 内 2413-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50305301-50306042(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCTT
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16725024-16725034promoter 内 2340-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16722822-16723373(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACTCT
SmilChr02G000661 Chr02 NC_080388.1:10130087-10130097promoter 内 2291-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10115954-10128387(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTCCGTACTCT
SmilChr01G002205 Chr01 NC_080387.1:38372558-38372568promoter 内 2205-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38374354-38376882(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr01G005573 Chr01 NC_080387.1:72483686-72483696promoter 内 2190-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72485497-72488218(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAGCGTACAAA
SmilChr02G002895 Chr02 NC_080388.1:49221949-49221959promoter 内 2182-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49223768-49231532(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr01G001702 Chr01 NC_080387.1:31462103-31462113promoter 内 2176-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31463928-31468910(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr02G005567 Chr02 NC_080388.1:75578710-75578720promoter 内 2158-2168 bp + 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75580553-75583002(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCAGTACGGAT
SmilChr01G003780 Chr01 NC_080387.1:56190292-56190302promoter 内 2123-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56192170-56195736(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAGCGTACAAA
SmilChr02G004893 Chr02 NC_080388.1:70959659-70959669promoter 内 2120-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 70961540-70963494(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCAGTACGGAT
SmilChr03G000869 Chr03 NC_080389.1:9874643-9874653promoter 内 2106-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9870410-9872758(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr02G003886 Chr02 NC_080388.1:60934410-60934420promoter 内 1881-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60928608-60932300(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr03G001495 Chr03 NC_080389.1:18244522-18244532promoter 内 1874-1884 bp - 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18238920-18242405(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr01G000893 Chr01 NC_080387.1:18977058-18977068promoter 内 1793-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18979266-18980289(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr03G002411 Chr03 NC_080389.1:38318861-38318871promoter 内 1707-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38313209-38316577(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr01G005172 Chr01 NC_080387.1:69472441-69472451promoter 内 1696-1706 bp - 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69474746-69476712(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr01G001781 Chr01 NC_080387.1:32689230-32689240promoter 内 1677-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32691554-32693498(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AAAGGTACAAT
SmilChr02G003744 Chr02 NC_080388.1:59090879-59090889promoter 内 1615-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59093265-59098414(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
SmilChr03G000551 Chr03 NC_080389.1:5966410-5966420promoter 内 1613-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5968798-5987336(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCTTT
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