预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。
靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。
输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00003982-RA_Salv |
SmilChr02G002534 |
TCP | XP_057797741.1 |
MP00169 |
GTTGGGACCACA |
7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 126 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 标准化 motif 得分 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G002633 |
Chr02 | NC_080388.1:45704969-45704980promoter 内 1323-1334 bp |
- | 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 45702231-45702302(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr02G000385 |
Chr02 | NC_080388.1:4797125-4797136promoter 内 1319-1330 bp |
- | 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 4799807-4804233(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr03G000238 |
Chr03 | NC_080389.1:2841439-2841450promoter 内 1313-1324 bp |
- | 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2828665-2838762(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr04G001913 |
Chr04 | NC_080390.1:31227893-31227904promoter 内 1302-1313 bp |
- | 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 31223803-31225205(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr06G002521 |
Chr06 | NC_080392.1:36165027-36165038promoter 内 1285-1296 bp |
- | 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 36159650-36162322(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
TTTGGGACCAAA |
SmilChr08G000165 |
Chr08 | NC_080394.1:1123465-1123476promoter 内 1276-1287 bp |
- | 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 1115719-1120751(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr05G001918 |
Chr05 | NC_080391.1:19454988-19454999promoter 内 1272-1283 bp |
+ | 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 19450927-19452270(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr04G000322 |
Chr04 | NC_080390.1:2937207-2937218promoter 内 1268-1279 bp |
- | 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2931990-2934485(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr02G003139 |
Chr02 | NC_080388.1:52389078-52389089promoter 内 1266-1277 bp |
+ | 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 52391813-52392259(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GCCGGGACCAGG |
SmilChr07G004676 |
Chr07 | NC_080393.1:59715431-59715442promoter 内 1262-1273 bp |
+ | 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 59710700-59712703(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGTCCTGCT |
SmilChr05G002163 |
Chr05 | NC_080391.1:22883881-22883892promoter 内 1252-1263 bp |
- | 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 22886630-22889104(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr03G001169 |
Chr03 | NC_080389.1:13450407-13450418promoter 内 1233-1244 bp |
+ | 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 13453175-13453895(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr05G003045 |
Chr05 | NC_080391.1:38255719-38255730promoter 内 1231-1242 bp |
- | 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 38248493-38252960(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr05G000310 |
Chr05 | NC_080391.1:2341971-2341982promoter 内 1229-1240 bp |
- | 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 2344743-2346199(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AGTGGTCCAAAA |
SmilChr04G001594 |
Chr04 | NC_080390.1:26548126-26548137promoter 内 1219-1230 bp |
- | 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 26550908-26552602(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr01G003408 |
Chr01 | NC_080387.1:52746285-52746296promoter 内 1213-1224 bp |
- | 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 52749073-52750858(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AGTGGTCCGAGT |
SmilChr02G000452 |
Chr02 | NC_080388.1:6010314-6010325promoter 内 1177-1188 bp |
- | 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 6013138-6021092(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
TTTGGTCCCAAA |
SmilChr01G001773 |
Chr01 | NC_080387.1:32644332-32644343promoter 内 1175-1186 bp |
+ | 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 32647158-32649996(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr05G002050 |
Chr05 | NC_080391.1:21360197-21360208promoter 内 1165-1176 bp |
+ | 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 21363033-21363104(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr02G002586 |
Chr02 | NC_080388.1:44961024-44961035promoter 内 1164-1175 bp |
- | 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 44958127-44958198(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr06G000487 |
Chr06 | NC_080392.1:3996460-3996471promoter 内 1156-1167 bp |
- | 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 3999305-4004780(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr02G001660 |
Chr02 | NC_080388.1:30785833-30785844promoter 内 1155-1166 bp |
+ | 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 30781168-30782998(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr02G001717 |
Chr02 | NC_080388.1:31629745-31629756promoter 内 1151-1162 bp |
+ | 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 31626175-31626906(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AGTGGTCCAAAA |
SmilChr07G004176 |
Chr07 | NC_080393.1:53723115-53723126promoter 内 1150-1161 bp |
- | 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 53717153-53720275(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr04G003506 |
Chr04 | NC_080390.1:51455427-51455438promoter 内 1144-1155 bp |
+ | 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 51452498-51452581(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr08G000177 |
Chr08 | NC_080394.1:1203442-1203453promoter 内 1138-1149 bp |
+ | 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 1206305-1209105(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
CCTTGGACCACA |
SmilChr02G001755 |
Chr02 | NC_080388.1:32300377-32300388promoter 内 1130-1141 bp |
+ | 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 32294007-32297517(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr04G003261 |
Chr04 | NC_080390.1:49335109-49335120promoter 内 1129-1140 bp |
- | 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 49329302-49332248(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
TTTGGGACCAAA |
SmilChr06G001826 |
Chr06 | NC_080392.1:21436054-21436065promoter 内 1111-1122 bp |
- | 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 21438944-21443043(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
ACTGGTCCCAAA |
SmilChr06G001743 |
Chr06 | NC_080392.1:20150602-20150613promoter 内 1101-1112 bp |
- | 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 20153502-20164577(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr05G001011 |
Chr05 | NC_080391.1:8297150-8297161promoter 内 1083-1094 bp |
- | 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 8300068-8302563(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr06G002426 |
Chr06 | NC_080392.1:35000147-35000158promoter 内 1077-1088 bp |
- | 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 34994753-34997234(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AGGAGGACCACA |
SmilChr05G001982 |
Chr05 | NC_080391.1:20504582-20504593promoter 内 1071-1082 bp |
+ | 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 20507512-20507593(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr05G003134 |
Chr05 | NC_080391.1:39952265-39952276promoter 内 1069-1080 bp |
+ | 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 39955197-39959659(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr01G004484 |
Chr01 | NC_080387.1:62962613-62962624promoter 内 1067-1078 bp |
- | 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 62965547-62971988(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
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+ | 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 74319063-74320542(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr02G004813 |
Chr02 | NC_080388.1:70284762-70284773promoter 内 1048-1059 bp |
+ | 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 70287715-70289288(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
SmilChr03G003595 |
Chr03 | NC_080389.1:54590629-54590640promoter 内 1027-1038 bp |
- | 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 54584497-54587666(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
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Chr05 | NC_080391.1:44301730-44301741promoter 内 1025-1036 bp |
+ | 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 44289644-44298765(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
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+ | 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 53430903-53434014(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
AATGGTCCCACC |
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+ | 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 60277504-60279535(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
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Chr04 | NC_080390.1:54765111-54765122promoter 内 1022-1033 bp |
+ | 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 54768090-54768240(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
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- | 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 33323194-33324096(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
MP00169 |
GGTGGGACCATT |
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+ | 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 19430555-19432278(-) |
SMil_00003982-RA_Salv |
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AATGGTCCCACC |
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- | 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 38885048-38885557(+) |
SMil_00003982-RA_Salv |
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AATGGTCCCACC |
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GGTGGGACCATT |
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MP00169 |
AATGGTCCCACC |
SmilChr08G000104 |
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Chr01 | NC_080387.1:37737431-37737442promoter 内 977-988 bp |
+ | 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 37730155-37734418(-) |
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SmilChr07G002498 |
Chr07 | NC_080393.1:23716452-23716463promoter 内 972-983 bp |
- | 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.1/ 100 | 1 | 23709151-23713434(-) |
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