转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 126 / 130 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002633 Chr02 NC_080388.1:45704969-45704980promoter 内 1323-1334 bp - 2667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 45702231-45702302(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr02G000385 Chr02 NC_080388.1:4797125-4797136promoter 内 1319-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4799807-4804233(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr03G000238 Chr03 NC_080389.1:2841439-2841450promoter 内 1313-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2828665-2838762(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G001913 Chr04 NC_080390.1:31227893-31227904promoter 内 1302-1313 bp - 2688 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31223803-31225205(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr06G002521 Chr06 NC_080392.1:36165027-36165038promoter 内 1285-1296 bp - 2705 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 36159650-36162322(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCAAA
SmilChr08G000165 Chr08 NC_080394.1:1123465-1123476promoter 内 1276-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1115719-1120751(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G001918 Chr05 NC_080391.1:19454988-19454999promoter 内 1272-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 19450927-19452270(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr04G000322 Chr04 NC_080390.1:2937207-2937218promoter 内 1268-1279 bp - 2722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2931990-2934485(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52389078-52389089promoter 内 1266-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCCGGGACCAGG
SmilChr07G004676 Chr07 NC_080393.1:59715431-59715442promoter 内 1262-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 59710700-59712703(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTGCT
SmilChr05G002163 Chr05 NC_080391.1:22883881-22883892promoter 内 1252-1263 bp - 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 22886630-22889104(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr03G001169 Chr03 NC_080389.1:13450407-13450418promoter 内 1233-1244 bp + 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 13453175-13453895(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G003045 Chr05 NC_080391.1:38255719-38255730promoter 内 1231-1242 bp - 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 38248493-38252960(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G000310 Chr05 NC_080391.1:2341971-2341982promoter 内 1229-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 2344743-2346199(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCAAAA
SmilChr04G001594 Chr04 NC_080390.1:26548126-26548137promoter 内 1219-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26550908-26552602(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr01G003408 Chr01 NC_080387.1:52746285-52746296promoter 内 1213-1224 bp - 2777 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 52749073-52750858(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCGAGT
SmilChr02G000452 Chr02 NC_080388.1:6010314-6010325promoter 内 1177-1188 bp - 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6013138-6021092(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGTCCCAAA
SmilChr01G001773 Chr01 NC_080387.1:32644332-32644343promoter 内 1175-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32647158-32649996(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G002050 Chr05 NC_080391.1:21360197-21360208promoter 内 1165-1176 bp + 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21363033-21363104(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44961024-44961035promoter 内 1164-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44958127-44958198(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr06G000487 Chr06 NC_080392.1:3996460-3996471promoter 内 1156-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 3999305-4004780(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G001660 Chr02 NC_080388.1:30785833-30785844promoter 内 1155-1166 bp + 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 30781168-30782998(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr02G001717 Chr02 NC_080388.1:31629745-31629756promoter 内 1151-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 31626175-31626906(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCAAAA
SmilChr07G004176 Chr07 NC_080393.1:53723115-53723126promoter 内 1150-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53717153-53720275(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr04G003506 Chr04 NC_080390.1:51455427-51455438promoter 内 1144-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 51452498-51452581(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr08G000177 Chr08 NC_080394.1:1203442-1203453promoter 内 1138-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1206305-1209105(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTTGGACCACA
SmilChr02G001755 Chr02 NC_080388.1:32300377-32300388promoter 内 1130-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 32294007-32297517(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr04G003261 Chr04 NC_080390.1:49335109-49335120promoter 内 1129-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49329302-49332248(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTGGGACCAAA
SmilChr06G001826 Chr06 NC_080392.1:21436054-21436065promoter 内 1111-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 21438944-21443043(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 ACTGGTCCCAAA
SmilChr06G001743 Chr06 NC_080392.1:20150602-20150613promoter 内 1101-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20153502-20164577(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr05G001011 Chr05 NC_080391.1:8297150-8297161promoter 内 1083-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 8300068-8302563(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
SmilChr06G002426 Chr06 NC_080392.1:35000147-35000158promoter 内 1077-1088 bp - 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 34994753-34997234(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGGAGGACCACA
SmilChr05G001982 Chr05 NC_080391.1:20504582-20504593promoter 内 1071-1082 bp + 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 20507512-20507593(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr05G003134 Chr05 NC_080391.1:39952265-39952276promoter 内 1069-1080 bp + 2921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 39955197-39959659(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGGACCATT
SmilChr01G004484 Chr01 NC_080387.1:62962613-62962624promoter 内 1067-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62965547-62971988(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AATGGTCCCACC
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