转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 128 / 135 下载 TSV

上一页 128 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005253 Chr01 NC_080387.1:70034880-70034894promoter 内 412-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70038469-70041225(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAATCCTTATCATG
SmilChr01G005887 Chr01 NC_080387.1:74785113-74785127promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74788724-74795607(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAGGGCATGG
SmilChr01G004328 Chr01 NC_080387.1:61423922-61423936promoter 内 309-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 61427614-61432136(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTCTTCTTATCCGG
SmilChr01G000308 Chr01 NC_080387.1:5996556-5996570promoter 内 264-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6000293-6003053(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGCATATTATCCTA
SmilChr02G001385 Chr02 NC_080388.1:26359874-26359888promoter 内 208-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26353016-26356095(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGAGAGAG
SmilChr03G001476 Chr03 NC_080389.1:17755862-17755876promoter 内 187-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17759676-17762201(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTGCCTTATCCCG
SmilChr01G000070 Chr01 NC_080387.1:1198881-1198895promoter 内 117-131 bp + 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1202765-1205423(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTGCCTTATCCCG
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34452012-34452026promoter 内 116-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34455897-34457066(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAGCCCTTATCCCT
SmilChr02G000746 Chr02 NC_080388.1:12088533-12088547promoter 内 94-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 12082227-12084640(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTGCCTTATCCCG
SmilChr03G001553 Chr03 NC_080389.1:19575199-19575213promoter 内 64-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 19579136-19579945(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATGCAT
SmilChr03G001506 Chr03 NC_080389.1:18418957-18418971promoter 内 51-65 bp + 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 18410005-18415021(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTGCAT
SmilChr02G004097 Chr02 NC_080388.1:63273836-63273850promoter 内 17-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63277820-63278786(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTCTTGTTATCCTA
SmilChr01G002603 Chr01 NC_080387.1:44233019-44233033promoter 内 3829-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 44231924-44232861(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGGAAGA
SmilChr01G005739 Chr01 NC_080387.1:73509196-73509210promoter 内 2348-2362 bp - 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 73510849-73513232(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAGGTT
SmilChr01G001368 Chr01 NC_080387.1:27035436-27035450promoter 内 1952-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 27037485-27040166(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGCGTAT
SmilChr03G002742 Chr03 NC_080389.1:43585732-43585746promoter 内 3958-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43580843-43585703(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAAGTGAAT
SmilChr03G002756 Chr03 NC_080389.1:43812447-43812461promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43808536-43812413(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAAGTGAAT
SmilChr02G001582 Chr02 NC_080388.1:29544401-29544415promoter 内 3897-3911 bp - 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 29534250-29544311(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCTGCTTATCCGT
SmilChr03G002577 Chr03 NC_080389.1:40984283-40984297promoter 内 3865-3879 bp + 122 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40984419-40987759(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGTTGTTATCCTC
SmilChr01G002604 Chr01 NC_080387.1:44238444-44238458promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 44234632-44237936(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGGAAGA
SmilChr03G001303 Chr03 NC_080389.1:15260222-15260236promoter 内 3196-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15261027-15263785(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGAAGATTATCCTA
SmilChr03G001726 Chr03 NC_080389.1:23198210-23198224promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23199054-23200241(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGAACTTTATCCTT
SmilChr02G000504 Chr02 NC_080388.1:6950846-6950860promoter 内 3147-3161 bp + 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 6951700-6952732(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGACATTATCCTG
SmilChr03G001464 Chr03 NC_080389.1:17502647-17502661promoter 内 3083-3097 bp + 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 17499893-17501743(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGCATTT
SmilChr03G001395 Chr03 NC_080389.1:16548229-16548243promoter 内 3075-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16545470-16547317(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGCATTT
SmilChr01G001184 Chr01 NC_080387.1:23934022-23934036promoter 内 2975-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 23932123-23933010(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGCGCCTTATCAAA
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60315514-60315528promoter 内 2949-2963 bp + 1038 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60305438-60314476(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAATATTATC
SmilChr02G003868 Chr02 NC_080388.1:60689778-60689792promoter 内 2647-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60691132-60696390(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACAATTTTATCCTT
SmilChr01G002723 Chr01 NC_080387.1:45574522-45574536promoter 内 2297-2311 bp + 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 45576226-45578866(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTAATTTTATCCTC
SmilChr01G003975 Chr01 NC_080387.1:58186163-58186177promoter 内 2218-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58181847-58184394(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGATGGGA
SmilChr03G002534 Chr03 NC_080389.1:40405395-40405409promoter 内 2183-2197 bp - 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40407213-40414846(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATCTAA
SmilChr03G001072 Chr03 NC_080389.1:12425445-12425459promoter 内 2122-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12427324-12430901(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAGCACC
SmilChr02G002746 Chr02 NC_080388.1:47446216-47446230promoter 内 2109-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47442827-47444338(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGACCATTATCCTC
SmilChr03G000545 Chr03 NC_080389.1:5915079-5915093promoter 内 1990-2004 bp - 1997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5917090-5926185(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGTTTATT
SmilChr02G000019 Chr02 NC_080388.1:151873-151887promoter 内 1885-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 148845-149771(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAAGTATTATCCTA
SmilChr02G002445 Chr02 NC_080388.1:42684986-42685000promoter 内 1823-1837 bp - 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 42687164-42687237(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAAATATA
SmilChr01G001650 Chr01 NC_080387.1:30561230-30561244promoter 内 1815-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 30553005-30559058(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGAGATAAGGTGGCA
SmilChr03G001981 Chr03 NC_080389.1:28957680-28957694promoter 内 1813-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 28953228-28955506(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAACATGGTG
SmilChr01G004489 Chr01 NC_080387.1:63018895-63018909promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63015032-63016671(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCGGCCTTATCAAA
SmilChr01G003224 Chr01 NC_080387.1:51006070-51006084promoter 内 1652-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51008419-51009645(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGACATGT
SmilChr01G005413 Chr01 NC_080387.1:71360357-71360371promoter 内 1620-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71362738-71364954(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTATTGA
SmilChr02G003045 Chr02 NC_080388.1:51241601-51241615promoter 内 1318-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51236158-51238932(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGCAGATC
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SmilChr03G000781 Chr03 NC_080389.1:8902402-8902416promoter 内 1174-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 8891005-8899589(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGCTCAAA
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SmilChr01G006125 Chr01 NC_080387.1:76759244-76759258promoter 内 911-925 bp - 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76762334-76763963(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAAGGTT