转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 13 / 129 下载 TSV

上一页 13 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003989 Chr01 NC_080387.1:58311487-58311494promoter 内 1281-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 58314207-58315187(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G005186 Chr02 NC_080388.1:73178573-73178580promoter 内 1280-1287 bp + 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 73172860-73175859(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002723 Chr01 NC_080387.1:45573504-45573511promoter 内 1279-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 45576226-45578866(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G003831 Chr01 NC_080387.1:56642964-56642971promoter 内 1274-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 56637261-56640244(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005070 Chr02 NC_080388.1:72375595-72375602promoter 内 1255-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 72370778-72372856(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005446 Chr01 NC_080387.1:71553320-71553327promoter 内 1254-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 71546333-71550580(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G003331 Chr01 NC_080387.1:52022193-52022200promoter 内 1240-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 52024954-52026587(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G005519 Chr02 NC_080388.1:75294874-75294881promoter 内 1232-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 75290995-75292112(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000436 Chr02 NC_080388.1:5702416-5702423promoter 内 1206-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 5697018-5699628(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G004309 Chr02 NC_080388.1:65458779-65458786promoter 内 1201-1208 bp + 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 65461579-65465385(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G004046 Chr02 NC_080388.1:62776000-62776007promoter 内 1195-1202 bp + 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 62762925-62773201(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G003344 Chr02 NC_080388.1:54663453-54663460promoter 内 1190-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 54666264-54672497(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000185 Chr02 NC_080388.1:2340766-2340773promoter 内 1186-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 2336804-2337958(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001980 Chr02 NC_080388.1:35749683-35749690promoter 内 1153-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 35738340-35746842(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G001484 Chr01 NC_080387.1:28626043-28626050promoter 内 1142-1149 bp - 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 28628902-28631945(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12740663-12740670promoter 内 1135-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 12743529-12746523(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001732 Chr02 NC_080388.1:31814123-31814130promoter 内 1124-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 31804658-31811253(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G003801 Chr02 NC_080388.1:59641827-59641834promoter 内 1118-1125 bp + 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 59636699-59638951(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004045 Chr01 NC_080387.1:58874873-58874880promoter 内 1104-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 58877770-58889743(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000908 Chr02 NC_080388.1:15715600-15715607promoter 内 1092-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 15708843-15712698(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002617 Chr01 NC_080387.1:44457760-44457767promoter 内 1087-1094 bp + 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 44448117-44454853(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G000640 Chr02 NC_080388.1:9691359-9691366promoter 内 1085-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 9694275-9697341(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005237 Chr02 NC_080388.1:73562437-73562444promoter 内 1077-1084 bp + 2917 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 73555437-73559520(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002265 Chr02 NC_080388.1:40106833-40106840promoter 内 1069-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 40109765-40113205(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004092 Chr02 NC_080388.1:63193561-63193568promoter 内 1069-1076 bp + 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 63187181-63190636(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004849 Chr02 NC_080388.1:70646096-70646103promoter 内 1042-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 70619616-70643144(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002638 Chr01 NC_080387.1:44668891-44668898promoter 内 1040-1047 bp + 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 44671852-44672502(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72801348-72801355promoter 内 1037-1044 bp - 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 72804312-72805047(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62348513-62348520promoter 内 1016-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 62351498-62356060(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G004025 Chr01 NC_080387.1:58660560-58660567promoter 内 1012-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 58656647-58657578(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002241 Chr02 NC_080388.1:39755531-39755538promoter 内 1010-1017 bp + 2984 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 39758522-39774632(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G002708 Chr02 NC_080388.1:46950412-46950419promoter 内 1008-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 46945602-46947426(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000432 Chr02 NC_080388.1:5623541-5623548promoter 内 1005-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 5617091-5620552(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G000588 Chr02 NC_080388.1:8442326-8442333promoter 内 999-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 8445328-8446504(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000709 Chr02 NC_080388.1:11433954-11433961promoter 内 982-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 11436973-11442426(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001652 Chr02 NC_080388.1:30630583-30630590promoter 内 980-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 30625701-30627569(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
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