转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 140 / 149 下载 TSV

上一页 140 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002447 Chr06 NC_080392.1:35210028-35210038promoter 内 1724-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35212305-35214171(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20137860-20137870promoter 内 1183-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20132853-20135052(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACCGCTGTCA
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36153133-36153143promoter 内 478-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 36156656-36164001(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACCGCTGTCA
SmilChr01G003682 Chr01 NC_080387.1:55216031-55216041promoter 内 423-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55219609-55220499(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr01G003383 Chr01 NC_080387.1:52515855-52515865promoter 内 265-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 52519591-52519681(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCGGTG
SmilChr03G002927 Chr03 NC_080389.1:46030759-46030769promoter 内 2572-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 46032188-46037115(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr07G000448 Chr07 NC_080393.1:3164789-3164799promoter 内 1792-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3159616-3162590(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr01G003796 Chr01 NC_080387.1:56342019-56342029promoter 内 3960-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56342060-56343178(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr03G001271 Chr03 NC_080389.1:14781852-14781862promoter 内 3950-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14781254-14781811(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr06G001503 Chr06 NC_080392.1:16073848-16073858promoter 内 3926-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16073923-16075465(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAC
SmilChr06G001407 Chr06 NC_080392.1:14762736-14762746promoter 内 3910-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14762827-14764059(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr05G003526 Chr05 NC_080391.1:47138027-47138037promoter 内 3908-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 47138120-47141715(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAC
SmilChr04G002261 Chr04 NC_080390.1:36578028-36578038promoter 内 3807-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36576393-36577844(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr03G002211 Chr03 NC_080389.1:34871580-34871590promoter 内 3753-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34870296-34871342(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr04G000094 Chr04 NC_080390.1:854779-854789promoter 内 3740-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 855040-857530(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr03G004299 Chr03 NC_080389.1:61386565-61386575promoter 内 3612-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61386954-61388667(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTCAGCTGTAT
SmilChr03G001868 Chr03 NC_080389.1:25850890-25850900promoter 内 3517-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25842327-25850416(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr01G001081 Chr01 NC_080387.1:22234638-22234648promoter 内 3361-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22235278-22236773(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr05G000797 Chr05 NC_080391.1:6244156-6244166promoter 内 3361-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6241223-6243526(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr06G002403 Chr06 NC_080392.1:34813876-34813886promoter 内 3345-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34804983-34813230(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr05G003303 Chr05 NC_080391.1:43244858-43244868promoter 内 3306-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43245553-43250009(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr05G000597 Chr05 NC_080391.1:4499840-4499850promoter 内 3291-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4497631-4499140(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAC
SmilChr07G003199 Chr07 NC_080393.1:34191944-34191954promoter 内 3255-3265 bp - 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34190480-34191208(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr02G002338 Chr02 NC_080388.1:41071058-41071068promoter 内 3234-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41071825-41072379(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr05G001853 Chr05 NC_080391.1:18555301-18555311promoter 内 3178-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18556124-18557642(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr01G004734 Chr01 NC_080387.1:65518706-65518716promoter 内 3008-3018 bp - 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65513431-65517723(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr05G003302 Chr05 NC_080391.1:43244858-43244868promoter 内 2946-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43240501-43243813(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr02G004517 Chr02 NC_080388.1:67695237-67695247promoter 内 2759-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67696479-67700983(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr02G002460 Chr02 NC_080388.1:42885183-42885193promoter 内 2740-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42886444-42889510(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr05G000540 Chr05 NC_080391.1:4141048-4141058promoter 内 2692-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4135896-4139749(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr05G004066 Chr05 NC_080391.1:54587863-54587873promoter 内 2671-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54583329-54586543(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr07G002501 Chr07 NC_080393.1:23733454-23733464promoter 内 2464-2474 bp - 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23727995-23731927(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCAGCTGTAG
SmilChr06G003267 Chr06 NC_080392.1:45302184-45302194promoter 内 2244-2254 bp + 1747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45297471-45300437(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr06G000786 Chr06 NC_080392.1:7379521-7379531promoter 内 2217-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 7381305-7391870(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr07G002505 Chr07 NC_080393.1:23766443-23766453promoter 内 2131-2141 bp + 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23768313-23772345(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr06G003298 Chr06 NC_080392.1:45515743-45515753promoter 内 2083-2093 bp - 1908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45517661-45518257(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAC
SmilChr07G000724 Chr07 NC_080393.1:5041163-5041173promoter 内 2070-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5037956-5039242(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr02G001564 Chr02 NC_080388.1:28905851-28905861promoter 内 1980-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 28900887-28903840(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr07G000012 Chr07 NC_080393.1:64957-64967promoter 内 1832-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67126-67916(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr06G001507 Chr06 NC_080392.1:16100644-16100654promoter 内 1826-1836 bp - 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16102819-16103547(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr04G004183 Chr04 NC_080390.1:56393803-56393813promoter 内 1632-1642 bp - 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56396172-56399234(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr06G002998 Chr06 NC_080392.1:42858505-42858515promoter 内 1432-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42861074-42869499(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GTCAGCTGTAT
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62348779-62348789promoter 内 1282-1292 bp + 2709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 62351498-62356060(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCAA
SmilChr02G001995 Chr02 NC_080388.1:36056009-36056019promoter 内 1215-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36051445-36053233(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr05G000562 Chr05 NC_080391.1:4221156-4221166promoter 内 1171-1181 bp + 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4217629-4218336(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr03G000011 Chr03 NC_080389.1:110038-110048promoter 内 1162-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 112877-112947(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr03G001645 Chr03 NC_080389.1:21280707-21280717promoter 内 1112-1122 bp - 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21283596-21286659(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr01G001082 Chr01 NC_080387.1:22234638-22234648promoter 内 1071-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22237568-22244887(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGAA
SmilChr01G005883 Chr01 NC_080387.1:74760590-74760600promoter 内 1056-1066 bp + 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74756461-74757655(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGCAGCTGGC
SmilChr04G003827 Chr04 NC_080390.1:54363511-54363521promoter 内 952-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54366560-54368416(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGAC