转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 141 / 144 下载 TSV

上一页 141 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002825 Chr01 NC_080387.1:46857141-46857155promoter 内 2846-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46850530-46856000(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTGTCCTTTTGCGG
SmilChr02G000634 Chr02 NC_080388.1:9600527-9600541promoter 内 2839-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9601689-9604337(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTGAAAAGGAAAAT
SmilChr05G002866 Chr05 NC_080391.1:34258258-34258272promoter 内 2716-2730 bp - 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34254839-34256987(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATTTCCTTATTAGT
SmilChr05G003649 Chr05 NC_080391.1:49052602-49052616promoter 内 2690-2704 bp + 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49053913-49057434(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G003365 Chr01 NC_080387.1:52398468-52398482promoter 内 2660-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52389794-52397141(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGATGTT
SmilChr05G004049 Chr05 NC_080391.1:54480107-54480121promoter 内 2627-2641 bp - 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54481481-54486420(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACGTAAAAGGAAAAA
SmilChr01G000951 Chr01 NC_080387.1:20144977-20144991promoter 内 2611-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 20141339-20143601(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATTTCCTTTTAGGT
SmilChr01G005510 Chr01 NC_080387.1:71949239-71949253promoter 内 2532-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71950708-71954175(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACATGCTTTTTTTGG
SmilChr05G001601 Chr05 NC_080391.1:14777736-14777750promoter 内 2528-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14779209-14780266(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCGAAAAAGGAAAAA
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34490381-34490395promoter 内 2461-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34491921-34493051(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTAAAAAGGAAGGA
SmilChr04G003074 Chr04 NC_080390.1:47333767-47333781promoter 内 2434-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47335334-47335440(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr01G000363 Chr01 NC_080387.1:7497493-7497507promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7495821-7495927(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr04G002782 Chr04 NC_080390.1:43627769-43627783promoter 内 2316-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43624422-43626098(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCATCCGTTTTTGG
SmilChr02G000355 Chr02 NC_080388.1:4590422-4590436promoter 内 2285-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4592138-4593203(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCAAAAAGGAAGTA
SmilChr04G000629 Chr04 NC_080390.1:7154150-7154164promoter 内 2269-2283 bp - 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7148506-7152432(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTATAAG
SmilChr01G000553 Chr01 NC_080387.1:11511394-11511408promoter 内 2267-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11505769-11509674(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCGAAAAGGAAAAT
SmilChr01G000850 Chr01 NC_080387.1:18376148-18376162promoter 内 2246-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18377903-18379460(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATATTCCTTTTTTAG
SmilChr05G002365 Chr05 NC_080391.1:25822865-25822879promoter 内 2203-2217 bp - 1784 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25824663-25824769(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr04G002799 Chr04 NC_080390.1:43896667-43896681promoter 内 2175-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43898493-43898599(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr03G002740 Chr03 NC_080389.1:43542812-43542826promoter 内 2172-2186 bp - 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43544641-43544747(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr04G001972 Chr04 NC_080390.1:31945977-31945991promoter 内 2172-2186 bp - 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31947806-31947912(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr04G002532 Chr04 NC_080390.1:40389319-40389333promoter 内 2154-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40391166-40391272(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAACAGACACA
SmilChr04G000949 Chr04 NC_080390.1:12572398-12572412promoter 内 2140-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12565532-12570551(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTGACTTTTTTTGG
SmilChr01G004510 Chr01 NC_080387.1:63191280-63191294promoter 内 2119-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63184665-63189412(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTCTTCTTTTTTTGG
SmilChr01G003561 Chr01 NC_080387.1:54213945-54213959promoter 内 2115-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54207776-54212073(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTCGA
SmilChr05G001403 Chr05 NC_080391.1:12619704-12619718promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12617129-12617818(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAAGAA
SmilChr04G003500 Chr04 NC_080390.1:51416017-51416031promoter 内 2066-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51413015-51414096(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGAATCT
SmilChr03G000853 Chr03 NC_080389.1:9762059-9762073promoter 内 2051-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9757011-9760123(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGTTCCTTTTCTGG
SmilChr01G002511 Chr01 NC_080387.1:43003698-43003712promoter 内 2048-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43005651-43008379(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAGAAGAGGAAAGA
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15391080-15391094promoter 内 1947-1961 bp - 2040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15393134-15396782(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTAATAAAGGAAACA
SmilChr02G001715 Chr02 NC_080388.1:31588768-31588782promoter 内 1789-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31590980-31592222(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTTTTCGA
SmilChr04G000726 Chr04 NC_080390.1:8527806-8527820promoter 内 1721-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8530086-8532678(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GCCTTCCTTTTTTGT
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53245849-53245863promoter 内 1705-1719 bp - 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53248145-53250479(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGATAGA
SmilChr05G001870 Chr05 NC_080391.1:18846277-18846291promoter 内 1705-1719 bp + 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18848573-18850035(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GACTACCTTTTTAGG
SmilChr06G000954 Chr06 NC_080392.1:9203436-9203450promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9199914-9201078(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCGAAAAAGGCACCC
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