转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 15 / 137 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001533 Chr01 NC_080387.1:29352416-29352430promoter 内 153-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 29345473-29348582(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGGCAAC
SmilChr03G003532 Chr03 NC_080389.1:53920596-53920610promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 5 53918860-53919553(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATCTGACGTGGCG
SmilChr02G000124 Chr02 NC_080388.1:1692440-1692454promoter 内 1103-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 5 1695338-1700632(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr02G003099 Chr02 NC_080388.1:51887064-51887078promoter 内 1826-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 51889239-51889311(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr05G003793 Chr05 NC_080391.1:51273746-51273760promoter 内 915-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 51266820-51270674(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACATC
SmilChr06G001204 Chr06 NC_080392.1:12317552-12317566promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 12317667-12320733(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGACCC
SmilChr07G004261 Chr07 NC_080393.1:55044498-55044512promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 55040294-55044247(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGACGACGTGGCG
SmilChr08G004846 Chr08 NC_080394.1:57701376-57701390promoter 内 3735-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 57701642-57703313(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCCGCTCACGTGGCG
SmilChr08G004879 Chr08 NC_080394.1:57900343-57900357promoter 内 3533-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 57897608-57899889(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGATTT
SmilChr02G004376 Chr02 NC_080388.1:66121072-66121086promoter 内 2730-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 66117266-66119815(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGGCTACGTGGCA
SmilChr06G001203 Chr06 NC_080392.1:12317552-12317566promoter 内 2227-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 12313285-12315792(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTCCCACGTGGCA
SmilChr08G004880 Chr08 NC_080394.1:57900343-57900357promoter 内 1680-1694 bp - 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 57902664-57905565(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATCTGACGTGGCG
SmilChr03G002688 Chr03 NC_080389.1:42750649-42750663promoter 内 1292-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 42753358-42757429(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACACC
SmilChr04G003328 Chr04 NC_080390.1:50006495-50006509promoter 内 548-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 50001144-50003056(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr02G004173 Chr02 NC_080388.1:64018814-64018828promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 64018927-64028159(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGATCT
SmilChr01G005508 Chr01 NC_080387.1:71939391-71939405promoter 内 3855-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 71939537-71944581(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCGCTGACGTGGCG
SmilChr01G003979 Chr01 NC_080387.1:58237887-58237901promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58238152-58242105(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGACGACGTGGCG
SmilChr01G003095 Chr01 NC_080387.1:49778635-49778649promoter 内 3548-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49776377-49778196(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACACC
SmilChr03G002594 Chr03 NC_080389.1:41243946-41243960promoter 内 3202-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 41242315-41243161(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAGGACGACGTGGCA
SmilChr05G001346 Chr05 NC_080391.1:11896065-11896079promoter 内 2160-2174 bp + 1827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 11892070-11894238(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr03G003101 Chr03 NC_080389.1:48089429-48089443promoter 内 1371-1385 bp + 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 48092059-48097152(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGATTT
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49156474-49156488promoter 内 420-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49151594-49152907(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr02G004377 Chr02 NC_080388.1:66121072-66121086promoter 内 387-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 66124686-66129650(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGCCATC
SmilChr03G004538 Chr03 NC_080389.1:63407961-63407975promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63403026-63407872(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCACCTTC
SmilChr06G001217 Chr06 NC_080392.1:12530011-12530025promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 12530135-12531118(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCTCTGACGTGGCA
SmilChr08G004654 Chr08 NC_080394.1:56049558-56049572promoter 内 3605-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56046413-56049176(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCTTT
SmilChr06G001003 Chr06 NC_080392.1:9938225-9938239promoter 内 3244-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9925384-9937482(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACACTA
SmilChr07G001415 Chr07 NC_080393.1:11013331-11013345promoter 内 3080-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11014252-11015211(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGATTT
SmilChr06G000343 Chr06 NC_080392.1:2577779-2577793promoter 内 2808-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 2578972-2584901(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAGTGTGACGTGGCA
SmilChr04G002953 Chr04 NC_080390.1:45860177-45860191promoter 内 2797-2811 bp - 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 45851075-45858987(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTCCCG
SmilChr01G004542 Chr01 NC_080387.1:63569537-63569551promoter 内 2410-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 63571128-63574750(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAGCTTT
SmilChr02G003726 Chr02 NC_080388.1:58892975-58892989promoter 内 2284-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 58886403-58891272(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGATGACGTGGCC
SmilChr04G003495 Chr04 NC_080390.1:51377522-51377536promoter 内 1977-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51379546-51383178(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr08G001200 Chr08 NC_080394.1:9687199-9687213promoter 内 1794-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9689406-9693683(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTGGAGACGTGGCG
SmilChr07G001898 Chr07 NC_080393.1:16406260-16406274promoter 内 1698-1712 bp - 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16400611-16403971(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACACTA
SmilChr08G000760 Chr08 NC_080394.1:5604003-5604017promoter 内 1556-1570 bp + 2431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 5606448-5610068(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGATTT
SmilChr07G001414 Chr07 NC_080393.1:11013331-11013345promoter 内 1181-1195 bp + 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 11010366-11010525(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATCTGACGTGGCG
SmilChr01G001163 Chr01 NC_080387.1:23621114-23621128promoter 内 1136-1150 bp - 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 23617057-23618263(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAACATC
SmilChr08G002685 Chr08 NC_080394.1:26476329-26476343promoter 内 881-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26472351-26473223(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGGAATA
SmilChr08G002687 Chr08 NC_080394.1:26476329-26476343promoter 内 876-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 26479454-26480477(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATTCCGACGTGGCG
SmilChr08G004655 Chr08 NC_080394.1:56049558-56049572promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56053110-56054562(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGCT
SmilChr03G004059 Chr03 NC_080389.1:59551568-59551582promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59539744-59547978(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGGCGACGTGGCC
SmilChr04G004136 Chr04 NC_080390.1:56169917-56169931promoter 内 229-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56161622-56166159(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGCG
SmilChr03G004032 Chr03 NC_080389.1:59329133-59329147promoter 内 98-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59323750-59325244(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGAGGC
SmilChr08G000458 Chr08 NC_080394.1:3289545-3289559promoter 内 3191-3205 bp - 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 6 3285619-3288749(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACCCCC
SmilChr07G001534 Chr07 NC_080393.1:12423496-12423510promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 5 12424686-12426489(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACCCCC
SmilChr08G000586 Chr08 NC_080394.1:4364500-4364514promoter 内 3488-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 4359356-4364001(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTAGCTGACGTGGAA
SmilChr08G004600 Chr08 NC_080394.1:55593525-55593539promoter 内 3180-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 55590457-55592718(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGGTGACGTGGCT
SmilChr08G000459 Chr08 NC_080394.1:3289545-3289559promoter 内 2415-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 3291131-3296298(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGGTGACGTGGCT
SmilChr01G005507 Chr01 NC_080387.1:71926127-71926141promoter 内 1663-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 71928465-71932381(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGGTGACGTGGCT