转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 17 / 132 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000543 Chr02 NC_080388.1:7500161-7500171promoter 内 62-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 7493156-7496232(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATAGTCAACG
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106496-54106506promoter 内 3637-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACCTTC
SmilChr03G000463 Chr03 NC_080389.1:4957624-4957634promoter 内 3588-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 4952720-4957221(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTTTC
SmilChr01G001041 Chr01 NC_080387.1:21643122-21643132promoter 内 2965-2975 bp + 1026 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21637958-21642096(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTATG
SmilChr01G001075 Chr01 NC_080387.1:22162473-22162483promoter 内 2530-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22163944-22168094(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTATG
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6534349-6534359promoter 内 2407-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 6527470-6532765(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACCTTC
SmilChr01G004150 Chr01 NC_080387.1:60036265-60036275promoter 内 2336-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60028237-60034610(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTTTC
SmilChr02G002433 Chr02 NC_080388.1:42370771-42370781promoter 内 1923-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 42372849-42373669(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTAAGTCAACG
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71516280-71516290promoter 内 1638-1648 bp + 2353 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTTTC
SmilChr02G004005 Chr02 NC_080388.1:62377272-62377282promoter 内 1522-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 62379751-62380769(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATAGTCAACG
SmilChr01G000204 Chr01 NC_080387.1:3520332-3520342promoter 内 1500-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 3514613-3517841(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTATG
SmilChr01G001074 Chr01 NC_080387.1:22162473-22162483promoter 内 1175-1185 bp - 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22157957-22159657(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATAGTCAACG
SmilChr02G001223 Chr02 NC_080388.1:22492644-22492654promoter 内 1119-1129 bp + 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 22480981-22489772(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTTTC
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8815456-8815466promoter 内 1011-1021 bp - 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAACC
SmilChr01G003458 Chr01 NC_080387.1:53154169-53154179promoter 内 927-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53148162-53151105(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTAG
SmilChr01G003457 Chr01 NC_080387.1:53144724-53144734promoter 内 925-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53138650-53141658(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTAG
SmilChr01G000713 Chr01 NC_080387.1:16005271-16005281promoter 内 799-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15999615-16002079(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTAG
SmilChr02G000141 Chr02 NC_080388.1:1887094-1887104promoter 内 714-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 1881120-1883817(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTAG
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55348304-55348314promoter 内 632-642 bp + 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 55351673-55352897(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAACC
SmilChr03G001269 Chr03 NC_080389.1:14723089-14723099promoter 内 390-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 14726700-14727998(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAGGTCAACG
SmilChr01G001825 Chr01 NC_080387.1:33197785-33197795promoter 内 1983-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 8 33194132-33195777(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTCC
SmilChr01G000008 Chr01 NC_080387.1:177915-177925promoter 内 599-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 7 170625-174523(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35374495-35374505promoter 内 1019-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 6 35377477-35377821(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAGAGTCAACG
SmilChr02G000875 Chr02 NC_080388.1:15078421-15078431promoter 内 3655-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 15075885-15078085(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGAAGTCAACG
SmilChr01G002600 Chr01 NC_080387.1:44177957-44177967promoter 内 863-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 44170440-44174829(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGAAGTCAACG
SmilChr03G001145 Chr03 NC_080389.1:13202447-13202457promoter 内 2920-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 13203528-13208130(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTCC
SmilChr02G002038 Chr02 NC_080388.1:36683401-36683411promoter 内 2790-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 36679066-36682200(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTCC
SmilChr01G001676 Chr01 NC_080387.1:30957007-30957017promoter 内 2437-2447 bp + 1554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 30953499-30955453(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr01G001191 Chr01 NC_080387.1:24064972-24064982promoter 内 2650-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 24058282-24063631(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAGAGTCAACG
SmilChr01G001389 Chr01 NC_080387.1:27299639-27299649promoter 内 1387-1397 bp + 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 27294933-27297035(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTCC
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16880365-16880375promoter 内 639-649 bp + 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 16876393-16877013(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr01G001193 Chr01 NC_080387.1:24064972-24064982promoter 内 468-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 24068505-24071345(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr02G003441 Chr02 NC_080388.1:55689005-55689015promoter 内 3174-3184 bp - 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 55684467-55688188(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGAAGTCAACG
SmilChr01G002513 Chr01 NC_080387.1:43053310-43053320promoter 内 2939-2949 bp - 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 43054372-43064125(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTTCC
SmilChr02G004920 Chr02 NC_080388.1:71233948-71233958promoter 内 2537-2547 bp + 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 71235412-71237777(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAGAGTCAACG
SmilChr02G001103 Chr02 NC_080388.1:19847409-19847419promoter 内 2512-2522 bp - 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19848898-19852362(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19676362-19676372promoter 内 1666-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAGAGTCAACG
SmilChr03G001560 Chr03 NC_080389.1:19676362-19676372promoter 内 1431-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 19672668-19673802(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr01G001112 Chr01 NC_080387.1:22737905-22737915promoter 内 1326-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 22734524-22735240(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGAAGTCAACG
SmilChr01G001559 Chr01 NC_080387.1:29619715-29619725promoter 内 1209-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 29622507-29624733(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr02G000763 Chr02 NC_080388.1:12437273-12437283promoter 内 442-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12431552-12433724(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr01G002178 Chr01 NC_080387.1:37868213-37868223promoter 内 164-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 37862410-37864386(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTCTG
SmilChr03G001070 Chr03 NC_080389.1:12407664-12407674promoter 内 151-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12402708-12403824(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CAGAGTCAACG
SmilChr03G000459 Chr03 NC_080389.1:4906560-4906570promoter 内 3130-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 4902541-4905699(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGTTGACTTTC
SmilChr02G002151 Chr02 NC_080388.1:38725106-38725116promoter 内 2581-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 38726526-38737738(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGTTGACTTTC
SmilChr01G004790 Chr01 NC_080387.1:66118360-66118370promoter 内 1862-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 66120499-66122980(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AGTTGACTTTC
SmilChr02G005365 Chr02 NC_080388.1:74348389-74348399promoter 内 1421-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 74350969-74352510(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAACT
SmilChr02G003187 Chr02 NC_080388.1:53009166-53009176promoter 内 699-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 53012468-53016493(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAACT
SmilChr03G000559 Chr03 NC_080389.1:6065621-6065631promoter 内 205-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 6058931-6061835(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAACT
SmilChr01G001241 Chr01 NC_080387.1:24826073-24826083promoter 内 3476-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 24816330-24825558(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAACT