转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 20 / 145 下载 TSV

上一页 20 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003833 Chr03 NC_080389.1:57476578-57476588promoter 内 3362-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 57472549-57475949(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr03G004030 Chr03 NC_080389.1:59314915-59314925promoter 内 3063-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 59315853-59320293(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCGTTGACTAG
SmilChr04G000092 Chr04 NC_080390.1:822513-822523promoter 内 2364-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 824150-826076(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr03G002709 Chr03 NC_080389.1:43046714-43046724promoter 内 2272-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43048443-43049618(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr03G003598 Chr03 NC_080389.1:54612053-54612063promoter 内 2142-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 54609101-54610204(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr01G002046 Chr01 NC_080387.1:36220864-36220874promoter 内 2137-2147 bp + 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 36222728-36223768(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr02G002433 Chr02 NC_080388.1:42370772-42370782promoter 内 1924-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 42372849-42373669(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr01G002029 Chr01 NC_080387.1:35867641-35867651promoter 内 1857-1867 bp - 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 35864563-35865507(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr01G004479 Chr01 NC_080387.1:62887315-62887325promoter 内 1243-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62890073-62893796(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr01G003458 Chr01 NC_080387.1:53154170-53154180promoter 内 926-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 53148162-53151105(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr01G003457 Chr01 NC_080387.1:53144725-53144735promoter 内 924-934 bp + 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 53138650-53141658(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr03G002387 Chr03 NC_080389.1:37790523-37790533promoter 内 802-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 37784571-37787334(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr01G000713 Chr01 NC_080387.1:16005272-16005282promoter 内 798-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 15999615-16002079(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr01G004478 Chr01 NC_080387.1:62887315-62887325promoter 内 762-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 62878340-62884086(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACGT
SmilChr02G000141 Chr02 NC_080388.1:1887095-1887105promoter 内 713-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 1881120-1883817(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr03G002707 Chr03 NC_080389.1:43046714-43046724promoter 内 698-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43042381-43043421(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr01G005038 Chr01 NC_080387.1:68334887-68334897promoter 内 323-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 68327239-68331219(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCGTTGACTAG
SmilChr04G000091 Chr04 NC_080390.1:822513-822523promoter 内 306-316 bp + 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 816821-818828(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTTA
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35374496-35374506promoter 内 1020-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 5 35377477-35377821(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGAGTCAACGA
SmilChr04G003357 Chr04 NC_080390.1:50177600-50177610promoter 内 143-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 50167766-50173752(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACGG
SmilChr02G004640 Chr02 NC_080388.1:68855350-68855360promoter 内 1909-1919 bp - 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 68857442-68859086(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTCC
SmilChr03G000898 Chr03 NC_080389.1:10266392-10266402promoter 内 1219-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 10261530-10263620(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACGG
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16578085-16578095promoter 内 244-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 16581842-16589213(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTCC
SmilChr04G002801 Chr04 NC_080390.1:43914199-43914209promoter 内 3856-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 43912918-43914064(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACGG
SmilChr02G001813 Chr02 NC_080388.1:32968750-32968760promoter 内 1776-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 32970975-32982329(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTCC
SmilChr04G002354 Chr04 NC_080390.1:38044168-38044178promoter 内 3609-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38034536-38043786(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACGG
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22142305-22142315promoter 内 3130-3140 bp - 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22140193-22141444(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACGG
SmilChr04G002356 Chr04 NC_080390.1:38044168-38044178promoter 内 2986-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38045183-38046468(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTCC
SmilChr03G004669 Chr03 NC_080389.1:64155626-64155636promoter 内 2837-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 64156790-64163442(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGAGTCAACGA
SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56323410-56323420promoter 内 2835-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56324576-56332760(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTCC
SmilChr02G004920 Chr02 NC_080388.1:71233949-71233959promoter 内 2538-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 71235412-71237777(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGAGTCAACGA
SmilChr02G002163 Chr02 NC_080388.1:38862168-38862178promoter 内 1477-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38852543-38859654(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACGG
SmilChr02G001816 Chr02 NC_080388.1:33027979-33027989promoter 内 254-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 33020235-33024242(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTCC
SmilChr03G001070 Chr03 NC_080389.1:12407663-12407673promoter 内 152-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12402708-12403824(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGAGTCAACGA
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8035088-8035098promoter 内 143-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGAGTCAACGA
SmilChr03G001318 Chr03 NC_080389.1:15454019-15454029promoter 内 3563-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 15452950-15453591(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAGTTGACTTC
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