转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 26 / 133 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001625 Chr04 NC_080390.1:27012725-27012734promoter 内 3981-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 27012745-27017117(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G002843 Chr02 NC_080388.1:48574565-48574574promoter 内 3963-3972 bp - 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 48574603-48577977(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G004010 Chr02 NC_080388.1:62422750-62422759promoter 内 3934-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 62422817-62427184(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr04G000551 Chr04 NC_080390.1:6156845-6156854promoter 内 3849-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6156997-6160663(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G004502 Chr01 NC_080387.1:63128862-63128871promoter 内 3709-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 63125172-63128579(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28144441-28144450promoter 内 3674-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 28144768-28222538(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000145 Chr03 NC_080389.1:1586125-1586134promoter 内 3081-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1587045-1589941(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G000399 Chr01 NC_080387.1:8201302-8201311promoter 内 3071-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 8202232-8203476(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000044 Chr02 NC_080388.1:597735-597744promoter 内 3000-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 593910-596743(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr01G002634 Chr01 NC_080387.1:44627497-44627506promoter 内 2989-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 44621596-44626494(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10212018-10212027promoter 内 2123-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 10208037-10210149(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr03G001550 Chr03 NC_080389.1:19536957-19536966promoter 内 2031-2040 bp + 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 19538927-19540509(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr01G000538 Chr01 NC_080387.1:11061945-11061954promoter 内 2006-2015 bp - 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 11063940-11065616(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr02G005070 Chr02 NC_080388.1:72374900-72374909promoter 内 1948-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 72370778-72372856(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr02G002966 Chr02 NC_080388.1:50176566-50176575promoter 内 1882-1891 bp - 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 50171870-50174456(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr04G000767 Chr04 NC_080390.1:9385220-9385229promoter 内 1880-1889 bp + 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 9387341-9389181(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10685918-10685927promoter 内 1720-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 10688199-10689450(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52996348-52996357promoter 内 1557-1566 bp + 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 52998792-53001288(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr04G000372 Chr04 NC_080390.1:3758209-3758218promoter 内 1340-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 3754391-3755557(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G000267 Chr01 NC_080387.1:5140281-5140290promoter 内 1293-1302 bp - 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5142989-5143845(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G002896 Chr02 NC_080388.1:49237132-49237141promoter 内 1127-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 49240006-49243113(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr01G001005 Chr01 NC_080387.1:21172951-21172960promoter 内 1086-1095 bp - 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 21175866-21178442(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000727 Chr02 NC_080388.1:11818427-11818436promoter 内 1069-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 11821359-11822787(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G000910 Chr01 NC_080387.1:19169773-19169782promoter 内 822-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 19172952-19173816(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000452 Chr03 NC_080389.1:4839211-4839220promoter 内 766-775 bp + 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4831555-4835985(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G005122 Chr02 NC_080388.1:72695890-72695899promoter 内 608-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 72699283-72703370(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr03G001963 Chr03 NC_080389.1:28131779-28131788promoter 内 445-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 28123369-28128232(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G005072 Chr02 NC_080388.1:72374900-72374909promoter 内 430-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 72378471-72381964(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19536957-19536966promoter 内 430-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 19540528-19540599(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr01G002016 Chr01 NC_080387.1:35736820-35736829promoter 内 413-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 35732175-35733241(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000531 Chr03 NC_080389.1:5687623-5687632promoter 内 354-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5691270-5693390(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr04G000179 Chr04 NC_080390.1:1612446-1612455promoter 内 288-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1589284-1608742(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G003413 Chr02 NC_080388.1:55308669-55308678promoter 内 230-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 55292135-55304907(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49853147-49853156promoter 内 217-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 49856931-49862217(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr02G001777 Chr02 NC_080388.1:32548397-32548406promoter 内 211-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 32538679-32544616(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr04G001582 Chr04 NC_080390.1:26306084-26306093promoter 内 117-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 26301584-26302209(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
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