转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 26 / 130 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000443 Chr03 NC_080389.1:4761894-4761906promoter 内 1874-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4750249-4759779(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGATATTCTTAA
SmilChr02G004630 Chr02 NC_080388.1:68775217-68775229promoter 内 1578-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 68777640-68785367(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAAGTATATTCC
SmilChr02G005374 Chr02 NC_080388.1:74419170-74419182promoter 内 1556-1568 bp + 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74421615-74424248(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGAGAATATGCC
SmilChr02G002034 Chr02 NC_080388.1:36623978-36623990promoter 内 1318-1330 bp + 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 36626661-36627458(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CCGGGCATATTCC
SmilChr02G002158 Chr02 NC_080388.1:38808308-38808320promoter 内 1060-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 38804041-38805379(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGGATATTCTTCC
SmilChr02G001599 Chr02 NC_080388.1:29822311-29822323promoter 内 1050-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 29825262-29827982(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCTCC
SmilChr03G000110 Chr03 NC_080389.1:1214357-1214369promoter 内 981-993 bp + 3008 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 1208334-1211349(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCGCTT
SmilChr02G001956 Chr02 NC_080388.1:35297837-35297849promoter 内 965-977 bp - 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 35300873-35303013(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCTCC
SmilChr03G001634 Chr03 NC_080389.1:21039914-21039926promoter 内 692-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 21034448-21036617(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGAATATCCG
SmilChr03G001042 Chr03 NC_080389.1:12131826-12131838promoter 内 657-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12135170-12136301(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGGATATTCTTAA
SmilChr01G004875 Chr01 NC_080387.1:66844963-66844975promoter 内 566-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66839456-66841540(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAGGAATATTTG
SmilChr03G001040 Chr03 NC_080389.1:12131826-12131838promoter 内 298-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12127188-12128135(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTAAGAATATCCC
SmilChr02G004628 Chr02 NC_080388.1:68775217-68775229promoter 内 172-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 68769284-68771400(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGAATATACTTCA
SmilChr01G000770 Chr01 NC_080387.1:16838788-16838800promoter 内 136-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 16832299-16834935(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGAATATTCCTCC
SmilChr02G000658 Chr02 NC_080388.1:9988328-9988340promoter 内 3718-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 9986786-9988057(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTTGGAATATTCT
SmilChr01G003709 Chr01 NC_080387.1:55448761-55448773promoter 内 3351-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 55449411-55453972(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATACT
SmilChr01G003842 Chr01 NC_080387.1:56752983-56752995promoter 内 3934-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 56751999-56752928(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTATT
SmilChr01G005407 Chr01 NC_080387.1:71329627-71329639promoter 内 3681-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 71327720-71329319(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCCTTT
SmilChr01G005371 Chr01 NC_080387.1:70922124-70922136promoter 内 3351-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 70915528-70921486(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAAGAATCTACG
SmilChr02G002223 Chr02 NC_080388.1:39506937-39506949promoter 内 2814-2826 bp - 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 39502948-39505762(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATACT
SmilChr03G001886 Chr03 NC_080389.1:26264399-26264411promoter 内 2033-2045 bp - 1956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 26266367-26267052(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGCT
SmilChr01G002161 Chr01 NC_080387.1:37612169-37612181promoter 内 949-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 37615221-37618203(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTTTG
SmilChr01G000394 Chr01 NC_080387.1:8111849-8111861promoter 内 288-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 8104758-8108148(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAGAGAATATCCG
SmilChr03G001382 Chr03 NC_080389.1:16356043-16356055promoter 内 180-192 bp - 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 16350583-16352234(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGTAGCATATTCC
SmilChr01G003648 Chr01 NC_080387.1:54950799-54950811promoter 内 5-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 54954795-54957194(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCCTTT
SmilChr01G002585 Chr01 NC_080387.1:43994032-43994044promoter 内 3858-3870 bp + 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43985532-43993901(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGCATATTCTTAT
SmilChr01G002190 Chr01 NC_080387.1:38050775-38050787promoter 内 3849-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38050927-38053911(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AATAGAATATACT
SmilChr01G003986 Chr01 NC_080387.1:58299862-58299874promoter 内 3811-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58299614-58299684(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTATT
SmilChr02G002925 Chr02 NC_080388.1:49662625-49662637promoter 内 3806-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49662820-49665482(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGTATATTCTTTG
SmilChr02G003574 Chr02 NC_080388.1:56900751-56900763promoter 内 3804-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56898632-56900566(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCCTAT
SmilChr02G003524 Chr02 NC_080388.1:56406424-56406436promoter 内 3784-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56404694-56406219(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAAATATTCCTAT
SmilChr02G002923 Chr02 NC_080388.1:49631292-49631304promoter 内 3155-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49629524-49630458(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGGATATTCTGCT
SmilChr03G001434 Chr03 NC_080389.1:17025247-17025259promoter 内 3153-3165 bp + 836 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17026095-17027142(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGGGAATATTTC
SmilChr02G004869 Chr02 NC_080388.1:70788284-70788296promoter 内 3069-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 70789216-70791726(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCCTTT
SmilChr01G004945 Chr01 NC_080387.1:67555414-67555426promoter 内 3052-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 67552464-67554477(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AGCAGAATATACT
SmilChr01G004690 Chr01 NC_080387.1:64954837-64954849promoter 内 2944-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64934331-64953792(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GAGGGAATATTTC
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