转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 27 / 160 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39775789-39775799promoter 内 1076-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 39778714-39782298(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGATACGGTTG
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52504519-52504529promoter 内 1076-1086 bp - 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTG
SmilChr01G001916 Chr01 NC_080387.1:34304356-34304366promoter 内 1071-1081 bp - 2920 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 34307286-34312615(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr06G000935 Chr06 NC_080392.1:8937090-8937100promoter 内 1053-1063 bp + 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 8940038-8940409(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAAAA
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29340389-29340399promoter 内 1004-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 29331425-29337402(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TGAAACGGTTA
SmilChr02G000177 Chr02 NC_080388.1:2263722-2263732promoter 内 960-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 2266763-2270938(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr08G000628 Chr08 NC_080394.1:4712437-4712447promoter 内 949-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 4675584-4709395(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTG
SmilChr08G002155 Chr08 NC_080394.1:19466598-19466608promoter 内 949-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 19469650-19473577(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr03G002432 Chr03 NC_080389.1:38623184-38623194promoter 内 925-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 38626260-38630452(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr03G001220 Chr03 NC_080389.1:14020925-14020935promoter 内 892-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 14024034-14027838(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr06G000453 Chr06 NC_080392.1:3670459-3670469promoter 内 886-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 3673574-3675178(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr08G001840 Chr08 NC_080394.1:15780021-15780031promoter 内 876-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 15783146-15783219(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr04G000181 Chr04 NC_080390.1:1619775-1619785promoter 内 855-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 1614042-1616639(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr04G002547 Chr04 NC_080390.1:40768944-40768954promoter 内 849-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 40765730-40765802(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAGA
SmilChr07G003350 Chr07 NC_080393.1:35968110-35968120promoter 内 830-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 35971281-35987311(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 GTAGACGGTTA
SmilChr03G003326 Chr03 NC_080389.1:51516922-51516932promoter 内 829-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 51520094-51523937(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr02G005450 Chr02 NC_080388.1:74854552-74854562promoter 内 828-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 74848273-74851389(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr06G001650 Chr06 NC_080392.1:18702225-18702235promoter 内 828-838 bp - 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 18705398-18709013(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTG
SmilChr07G000795 Chr07 NC_080393.1:5620703-5620713promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 5616209-5617511(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATA
SmilChr08G001841 Chr08 NC_080394.1:15780021-15780031promoter 内 760-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 15783262-15787276(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr07G001826 Chr07 NC_080393.1:15758082-15758092promoter 内 758-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 15748621-15754849(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr07G002017 Chr07 NC_080393.1:18029956-18029966promoter 内 758-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 18024925-18026723(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCTTC
SmilChr06G000473 Chr06 NC_080392.1:3856882-3856892promoter 内 755-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 3851487-3853646(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTG
SmilChr06G000262 Chr06 NC_080392.1:1759099-1759109promoter 内 719-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 1752077-1755827(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr02G000833 Chr02 NC_080388.1:14098828-14098838promoter 内 714-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 14102115-14103030(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr08G002770 Chr08 NC_080394.1:27344859-27344869promoter 内 698-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 27339625-27341566(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr08G002577 Chr08 NC_080394.1:25103358-25103368promoter 内 694-704 bp - 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 25099955-25100061(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTAATA
SmilChr04G001573 Chr04 NC_080390.1:26130428-26130438promoter 内 633-643 bp + 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 26099315-26127070(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr04G001377 Chr04 NC_080390.1:22372024-22372034promoter 内 617-627 bp + 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 22367109-22368650(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTG
SmilChr07G000797 Chr07 NC_080393.1:5620703-5620713promoter 内 592-602 bp - 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 5624112-5626461(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATTACGGTTG
SmilChr04G001991 Chr04 NC_080390.1:32228231-32228241promoter 内 576-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 32223455-32224816(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAAGA
SmilChr07G004516 Chr07 NC_080393.1:57817537-57817547promoter 内 530-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 57812609-57814076(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr02G001759 Chr02 NC_080388.1:32340568-32340578promoter 内 492-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 32344077-32354199(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTTACGGTTG
SmilChr05G002708 Chr05 NC_080391.1:31130355-31130365promoter 内 468-478 bp - 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 31123141-31126832(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr01G001806 Chr01 NC_080387.1:32996298-32996308promoter 内 457-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 32991655-32992764(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
SmilChr01G005294 Chr01 NC_080387.1:70263451-70263461promoter 内 457-467 bp + 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 70266995-70270703(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATCA
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