转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 27 / 133 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000637 Chr02 NC_080388.1:9629179-9629188promoter 内 3618-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9629562-9631322(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G004374 Chr03 NC_080389.1:61957209-61957218promoter 内 3606-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 61957604-61961053(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr01G001152 Chr01 NC_080387.1:23475457-23475466promoter 内 3604-3613 bp - 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 23475854-23482002(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr04G000331 Chr04 NC_080390.1:3039325-3039334promoter 内 3585-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 3039741-3040732(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr02G000016 Chr02 NC_080388.1:124177-124186promoter 内 3581-3590 bp - 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 124597-127887(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G003406 Chr01 NC_080387.1:52725530-52725539promoter 内 3550-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 52725981-52727578(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr02G002052 Chr02 NC_080388.1:36932487-36932496promoter 内 3549-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 36932939-36935810(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G001480 Chr03 NC_080389.1:17852781-17852790promoter 内 3541-3550 bp + 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 17849127-17852330(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000323 Chr02 NC_080388.1:4050530-4050539promoter 内 3515-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 4051016-4054345(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000765 Chr03 NC_080389.1:8748290-8748299promoter 内 3485-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 8748806-8752097(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G001554 Chr03 NC_080389.1:19583678-19583687promoter 内 3484-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 19584195-19587310(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G005092 Chr01 NC_080387.1:68782013-68782022promoter 内 3435-3444 bp + 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 68782579-68784843(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr03G004609 Chr03 NC_080389.1:63826105-63826114promoter 内 3423-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63826683-63836556(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr02G003051 Chr02 NC_080388.1:51297693-51297702promoter 内 3420-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 51298274-51299990(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000468 Chr03 NC_080389.1:4993521-4993530promoter 内 3420-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 4994102-4997403(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000325 Chr02 NC_080388.1:4086131-4086140promoter 内 3400-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 4086732-4089943(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G003113 Chr01 NC_080387.1:49937005-49937014promoter 内 3391-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 49937615-49940773(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G002206 Chr01 NC_080387.1:38388895-38388904promoter 内 3364-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 38389532-38392060(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G001994 Chr03 NC_080389.1:29423740-29423749promoter 内 3349-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 29419250-29423097(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
SmilChr03G002369 Chr03 NC_080389.1:37315272-37315281promoter 内 3303-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 37315970-37317665(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000827 Chr03 NC_080389.1:9458989-9458998promoter 内 3287-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9459703-9460153(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64381304-64381313promoter 内 3286-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr01G005583 Chr01 NC_080387.1:72529096-72529105promoter 内 3282-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 72527807-72528386(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr02G000551 Chr02 NC_080388.1:7725697-7725706promoter 内 3278-3287 bp + 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 7723383-7724983(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G000639 Chr03 NC_080389.1:7036690-7036699promoter 内 3271-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 7032952-7035969(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000835 Chr02 NC_080388.1:14110388-14110397promoter 内 3259-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 14111130-14114061(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr03G004610 Chr03 NC_080389.1:63832197-63832206promoter 内 3243-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63829153-63831448(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr03G004605 Chr03 NC_080389.1:63813013-63813022promoter 内 3237-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63811265-63812258(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr03G004603 Chr03 NC_080389.1:63806590-63806599promoter 内 3221-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63807370-63815364(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr03G000819 Chr03 NC_080389.1:9390442-9390451promoter 内 3219-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9386835-9389669(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G002137 Chr02 NC_080388.1:38472434-38472443promoter 内 3189-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 38473246-38475937(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr02G000196 Chr02 NC_080388.1:2453989-2453998promoter 内 3139-3148 bp - 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2454851-2457037(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTGG
SmilChr01G003405 Chr01 NC_080387.1:52725530-52725539promoter 内 3061-3070 bp + 931 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 52721666-52724599(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr02G003338 Chr02 NC_080388.1:54609790-54609799promoter 内 2989-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 54605565-54608787(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GTCCACGTCG
SmilChr03G004608 Chr03 NC_080389.1:63826105-63826114promoter 内 2921-2930 bp - 1071 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63824041-63825034(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAC
SmilChr04G001798 Chr04 NC_080390.1:29454007-29454016promoter 内 2884-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 29455124-29456928(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CCACGTGGCT
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