转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 30 / 137 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003999 Chr02 NC_080388.1:62335693-62335707promoter 内 3493-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 62336201-62339144(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGCCGACGTGGAG
SmilChr04G004026 Chr04 NC_080390.1:55516675-55516689promoter 内 3465-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 55517211-55520766(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATCTCT
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50313162-50313176promoter 内 3462-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 50313701-50316532(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTTGCCACGTGGCG
SmilChr01G003505 Chr01 NC_080387.1:53630328-53630342promoter 内 3327-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 53631002-53633454(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCCTGC
SmilChr06G001964 Chr06 NC_080392.1:24606322-24606336promoter 内 3320-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 24607003-24608749(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGAC
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53009898-53009912promoter 内 3217-3231 bp + 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 53010682-53013283(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGTCCTGC
SmilChr05G002139 Chr05 NC_080391.1:22523748-22523762promoter 内 3165-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 22524584-22528104(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATCTCT
SmilChr01G003928 Chr01 NC_080387.1:57555657-57555671promoter 内 2900-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 57551499-57554570(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTTTGACGTGGCA
SmilChr01G004332 Chr01 NC_080387.1:61462958-61462972promoter 内 2680-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 61460341-61461651(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCAAAT
SmilChr07G002960 Chr07 NC_080393.1:30079380-30079394promoter 内 2680-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 30080701-30084357(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCAGCAAC
SmilChr01G002185 Chr01 NC_080387.1:37971704-37971718promoter 内 2394-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 37965979-37970111(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTTGCCACGTGGCG
SmilChr05G000120 Chr05 NC_080391.1:942442-942456promoter 内 2387-2401 bp + 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 944056-944742(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCAGCAAC
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15069938-15069952promoter 内 2019-2033 bp + 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 15071920-15075086(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGTTAA
SmilChr04G003539 Chr04 NC_080390.1:51735570-51735584promoter 内 1471-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 51738100-51739835(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGCCGACGTGGAG
SmilChr01G001073 Chr01 NC_080387.1:22149911-22149925promoter 内 1430-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 22152482-22152823(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCAAAT
SmilChr01G001360 Chr01 NC_080387.1:26935490-26935504promoter 内 1294-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 26931747-26932797(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGTGCCACGTGGCG
SmilChr02G003548 Chr02 NC_080388.1:56630448-56630462promoter 内 1021-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 56620362-56627482(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCCCGG
SmilChr05G000119 Chr05 NC_080391.1:942442-942456promoter 内 1002-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 938321-939457(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGAC
SmilChr02G003606 Chr02 NC_080388.1:57313500-57313514promoter 内 931-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 57304569-57310444(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCCCGG
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75003614-75003628promoter 内 394-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 75007221-75009530(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGGCCAAT
SmilChr02G001209 Chr02 NC_080388.1:22249572-22249586promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 22253258-22253737(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATCTCT
SmilChr02G004689 Chr02 NC_080388.1:69207716-69207730promoter 内 3941-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 69207208-69207670(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCTCAAAC
SmilChr05G003109 Chr05 NC_080391.1:39526849-39526863promoter 内 3941-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 39526909-39528480(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGAG
SmilChr01G003232 Chr01 NC_080387.1:51092173-51092187promoter 内 3935-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51088112-51092121(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGGACACGTGGCG
SmilChr08G002307 Chr08 NC_080394.1:21737312-21737326promoter 内 3885-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 21737428-21740790(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCGAG
SmilChr05G000521 Chr05 NC_080391.1:3997978-3997992promoter 内 3817-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3998162-3999067(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAAGCAGA
SmilChr01G002784 Chr01 NC_080387.1:46315805-46315819promoter 内 3725-3739 bp - 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46316081-46319103(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGGACACGTGGCG
SmilChr07G000160 Chr07 NC_080393.1:958112-958126promoter 内 3584-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 955673-957709(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGAC
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25197240-25197254promoter 内 3580-3594 bp + 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGCCCG
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18387728-18387742promoter 内 3575-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18383325-18387316(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAAGTGACGTGGCA
SmilChr07G003517 Chr07 NC_080393.1:40256319-40256333promoter 内 3476-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 40256844-40273096(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGCAGT
SmilChr01G003657 Chr01 NC_080387.1:55010644-55010658promoter 内 3312-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55011333-55013487(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAACTGACGTGGCA
SmilChr07G003779 Chr07 NC_080393.1:46304433-46304447promoter 内 3270-3284 bp - 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46305164-46306064(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGAG
SmilChr02G002352 Chr02 NC_080388.1:41312332-41312346promoter 内 3242-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41309914-41311587(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCGGCGAC
SmilChr07G003778 Chr07 NC_080393.1:46295210-46295224promoter 内 3169-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46296042-46296851(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGCTGACGTGGAG
SmilChr07G000949 Chr07 NC_080393.1:6798699-6798713promoter 内 3148-3162 bp - 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 6799552-6802055(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAAGTGACGTGGCA
SmilChr02G003062 Chr02 NC_080388.1:51456609-51456623promoter 内 2906-2920 bp + 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51457704-51459502(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGCTCT
SmilChr03G000439 Chr03 NC_080389.1:4734349-4734363promoter 内 2890-2904 bp + 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4731406-4733252(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGCTGACGTGGAC
SmilChr02G003124 Chr02 NC_080388.1:52244072-52244086promoter 内 2607-2621 bp - 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 52241325-52242692(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCAGCTCT
SmilChr05G000131 Chr05 NC_080391.1:1065664-1065678promoter 内 2526-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1067139-1070320(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGAAGACGTGGCG
SmilChr02G001822 Chr02 NC_080388.1:33109302-33109316promoter 内 2275-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 33104793-33107590(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGACACGTCAGCATT
SmilChr08G004471 Chr08 NC_080394.1:54357021-54357035promoter 内 2262-2276 bp + 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 54351016-54355296(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAGCTTACGTGGCG
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