转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 31 / 149 下载 TSV

上一页 31 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002202 Chr05 NC_080391.1:23472089-23472098promoter 内 3290-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23470965-23471387(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCAC
SmilChr03G000348 Chr03 NC_080389.1:3915608-3915617promoter 内 3211-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3916398-3917393(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr05G003521 Chr05 NC_080391.1:47035966-47035975promoter 内 3184-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 47036783-47043273(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr06G001392 Chr06 NC_080392.1:14556328-14556337promoter 内 3129-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 14557200-14560819(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr06G001353 Chr06 NC_080392.1:14085547-14085556promoter 内 3122-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 14086426-14090277(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr03G000197 Chr03 NC_080389.1:2242887-2242896promoter 内 2973-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2229827-2241868(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr05G001775 Chr05 NC_080391.1:17467089-17467098promoter 内 2970-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 17468120-17471720(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr05G000800 Chr05 NC_080391.1:6269187-6269196promoter 内 2932-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6270256-6271073(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTC
SmilChr06G000907 Chr06 NC_080392.1:8539928-8539937promoter 内 2926-2935 bp + 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 8541003-8543813(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr02G000960 Chr02 NC_080388.1:16741257-16741266promoter 内 2910-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 16742348-16754621(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr05G001133 Chr05 NC_080391.1:9461971-9461980promoter 内 2884-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 9463088-9465615(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr05G002234 Chr05 NC_080391.1:23913416-23913425promoter 内 2858-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23911288-23912282(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr04G001260 Chr04 NC_080390.1:19868197-19868206promoter 内 2845-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 19866712-19867050(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr03G004381 Chr03 NC_080389.1:62020978-62020987promoter 内 2831-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 62022148-62027841(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr06G001335 Chr06 NC_080392.1:13884831-13884840promoter 内 2760-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 13886072-13886178(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr01G000698 Chr01 NC_080387.1:15672691-15672700promoter 内 2751-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 15673941-15675703(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCAC
SmilChr05G003296 Chr05 NC_080391.1:43120642-43120651promoter 内 2683-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43121960-43125854(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr01G003822 Chr01 NC_080387.1:56558202-56558211promoter 内 2634-2643 bp + 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 56553834-56556844(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr01G004587 Chr01 NC_080387.1:63889617-63889626promoter 内 2586-2595 bp + 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 63891032-63891860(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr05G003153 Chr05 NC_080391.1:40276769-40276778promoter 内 2565-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40272717-40275342(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTC
SmilChr03G001158 Chr03 NC_080389.1:13354222-13354231promoter 内 2525-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 13355698-13357162(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr06G000600 Chr06 NC_080392.1:5178093-5178102promoter 内 2514-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5179580-5180877(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr03G002936 Chr03 NC_080389.1:46094885-46094894promoter 内 2456-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 46090225-46093349(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCAC
SmilChr02G001899 Chr02 NC_080388.1:34278576-34278585promoter 内 2430-2439 bp - 1562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 34280147-34282700(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTC
SmilChr04G000917 Chr04 NC_080390.1:11925221-11925230promoter 内 2415-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 11921453-11923644(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr06G000906 Chr06 NC_080392.1:8539928-8539937promoter 内 2415-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 8537858-8538351(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr02G002084 Chr02 NC_080388.1:37430747-37430756promoter 内 2185-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 37425563-37428940(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr01G000820 Chr01 NC_080387.1:17719124-17719133promoter 内 2125-2134 bp - 1867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 17721000-17723631(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGCT
SmilChr02G002842 Chr02 NC_080388.1:48542782-48542791promoter 内 2103-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 48539710-48540893(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCAC
SmilChr05G003348 Chr05 NC_080391.1:44169705-44169714promoter 内 1990-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44160363-44167703(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr04G002256 Chr04 NC_080390.1:36520417-36520426promoter 内 1985-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 36522433-36523368(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCAC
SmilChr03G001847 Chr03 NC_080389.1:25404608-25404617promoter 内 1957-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 25406652-25407376(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr03G004380 Chr03 NC_080389.1:62020978-62020987promoter 内 1951-1960 bp - 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 62016400-62018937(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr01G002364 Chr01 NC_080387.1:40804183-40804192promoter 内 1945-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 40806239-40815704(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTGGTCGGTC
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56558202-56558211promoter 内 1846-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 56560357-56560430(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
SmilChr05G002624 Chr05 NC_080391.1:29583398-29583407promoter 内 1752-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 29585647-29590303(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AGCCGACCAC
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