转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 32 / 156 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005470 Chr02 NC_080388.1:74968288-74968297promoter 内 171-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 74972118-74974885(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCACA
SmilChr05G002130 Chr05 NC_080391.1:22405990-22405999promoter 内 161-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 22398914-22402159(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr05G000653 Chr05 NC_080391.1:4924144-4924153promoter 内 59-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 4928086-4928156(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr02G004222 Chr02 NC_080388.1:64434193-64434202promoter 内 3958-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 64432894-64434159(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr05G002933 Chr05 NC_080391.1:35369056-35369065promoter 内 3920-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35369137-35371646(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr01G000381 Chr01 NC_080387.1:7827428-7827437promoter 内 3910-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 7822624-7827346(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTCA
SmilChr04G003973 Chr04 NC_080390.1:55201303-55201312promoter 内 3887-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 55199595-55201198(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr01G004952 Chr01 NC_080387.1:67596128-67596137promoter 内 3806-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 67594530-67595942(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCACA
SmilChr02G000711 Chr02 NC_080388.1:11457523-11457532promoter 内 3752-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 11457772-11472778(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTCA
SmilChr05G002676 Chr05 NC_080391.1:30236091-30236100promoter 内 3697-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 30236395-30243411(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr03G001473 Chr03 NC_080389.1:17668972-17668981promoter 内 3695-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 17666529-17668675(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCACA
SmilChr02G004910 Chr02 NC_080388.1:71110394-71110403promoter 内 3653-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 71109250-71110055(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr01G001394 Chr01 NC_080387.1:27435102-27435111promoter 内 3639-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 27433553-27434749(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTCA
SmilChr03G002018 Chr03 NC_080389.1:30191208-30191217promoter 内 3602-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 30191607-30194001(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr03G004272 Chr03 NC_080389.1:61177937-61177946promoter 内 3591-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 61178347-61186646(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGTCA
SmilChr02G003610 Chr02 NC_080388.1:57356789-57356798promoter 内 3576-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 57353334-57356373(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCACA
SmilChr01G001494 Chr01 NC_080387.1:28769925-28769934promoter 内 3554-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 28770372-28774508(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr02G004320 Chr02 NC_080388.1:65512309-65512318promoter 内 3476-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 65512834-65514958(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr03G002827 Chr03 NC_080389.1:44759454-44759463promoter 内 3474-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 44751241-44758936(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr03G004271 Chr03 NC_080389.1:61177937-61177946promoter 内 3473-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 61172726-61177418(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr02G004346 Chr02 NC_080388.1:65737181-65737190promoter 内 3307-3316 bp + 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 65737875-65740476(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr05G000313 Chr05 NC_080391.1:2360272-2360281promoter 内 3259-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 2361014-2363593(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr04G002225 Chr04 NC_080390.1:35975731-35975740promoter 内 3248-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35976484-35978262(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr02G005305 Chr02 NC_080388.1:73979315-73979324promoter 内 3237-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 73976678-73978560(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr02G005089 Chr02 NC_080388.1:72491537-72491546promoter 内 3234-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 72485185-72490779(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCACA
SmilChr03G003793 Chr03 NC_080389.1:57029305-57029314promoter 内 3226-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 57030080-57031847(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:179161-179170promoter 内 3180-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 179982-182569(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr02G000183 Chr02 NC_080388.1:2320626-2320635promoter 内 3111-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 2321516-2326040(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr04G004058 Chr04 NC_080390.1:55735057-55735066promoter 内 3111-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 55731732-55734176(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCACA
SmilChr01G005155 Chr01 NC_080387.1:69323697-69323706promoter 内 3065-3074 bp - 927 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 69324633-69326962(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr06G000520 Chr06 NC_080392.1:4288665-4288674promoter 内 3003-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 4287101-4287676(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr05G002888 Chr05 NC_080391.1:34612789-34612798promoter 内 2998-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 34613792-34615231(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr06G002324 Chr06 NC_080392.1:33567325-33567334promoter 内 2945-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 33564743-33566278(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr06G002435 Chr06 NC_080392.1:35094594-35094603promoter 内 2920-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 35095675-35095834(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGTGACGGCT
SmilChr01G003584 Chr01 NC_080387.1:54415209-54415218promoter 内 2886-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 54416324-54421669(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
SmilChr03G002083 Chr03 NC_080389.1:32046455-32046464promoter 内 2876-2885 bp - 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 32047580-32052217(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TGACGTCACT
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