转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 35 / 162 下载 TSV

上一页 35 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000010 Chr06 NC_080392.1:194439-194448promoter 内 821-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 197619-197691(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr02G001667 Chr02 NC_080388.1:30941705-30941714promoter 内 758-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 30944948-30946979(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr06G002964 Chr06 NC_080392.1:42417160-42417169promoter 内 746-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 42420415-42426465(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGG
SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71479852-71479861promoter 内 610-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 71483243-71487460(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr07G000363 Chr07 NC_080393.1:2493874-2493883promoter 内 532-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 2483848-2490414(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr02G002927 Chr02 NC_080388.1:49663676-49663685promoter 内 495-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 49667182-49668027(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr01G001602 Chr01 NC_080387.1:30194370-30194379promoter 内 474-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 30188781-30190852(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr07G002723 Chr07 NC_080393.1:26716196-26716205promoter 内 295-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 26719902-26721853(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGG
SmilChr05G002721 Chr05 NC_080391.1:31307794-31307803promoter 内 256-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 31311539-31316331(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr05G000157 Chr05 NC_080391.1:1267081-1267090promoter 内 26-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 2 1260368-1263115(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGG
SmilChr04G003339 Chr04 NC_080390.1:50063746-50063755promoter 内 3953-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50063794-50066373(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35038300-35038309promoter 内 3928-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr07G000698 Chr07 NC_080393.1:4799029-4799038promoter 内 3918-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4796029-4798955(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr06G002989 Chr06 NC_080392.1:42707464-42707473promoter 内 3899-3908 bp + 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 42707566-42709698(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr05G000155 Chr05 NC_080391.1:1252755-1252764promoter 内 3898-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1250082-1252661(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr03G001584 Chr03 NC_080389.1:20042846-20042855promoter 内 3897-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 20042950-20045827(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr07G002168 Chr07 NC_080393.1:19866247-19866256promoter 内 3889-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 19865119-19866144(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr02G005336 Chr02 NC_080388.1:74215682-74215691promoter 内 3880-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 74204023-74215570(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr06G002503 Chr06 NC_080392.1:35910371-35910380promoter 内 3865-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 35910507-35913298(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr03G000076 Chr03 NC_080389.1:930170-930179promoter 内 3860-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 927039-930038(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66241243-66241252promoter 内 3851-3860 bp - 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 66241393-66244561(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGC
SmilChr03G003599 Chr03 NC_080389.1:54621415-54621424promoter 内 3840-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 54621576-54624266(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr03G000120 Chr03 NC_080389.1:1322667-1322676promoter 内 3826-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1302179-1322501(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr03G003329 Chr03 NC_080389.1:51579979-51579988promoter 内 3820-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 51577999-51579807(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGC
SmilChr03G000275 Chr03 NC_080389.1:3133663-3133672promoter 内 3818-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3130449-3133489(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr01G002758 Chr01 NC_080387.1:45922884-45922893promoter 内 3816-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 45921453-45922708(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1158872-1158881promoter 内 3816-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 1155514-1158696(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr07G004156 Chr07 NC_080393.1:53404446-53404455promoter 内 3812-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 53403196-53404266(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46024159-46024168promoter 内 3803-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46021666-46023970(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18509176-18509185promoter 内 3788-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 18507736-18508972(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA
SmilChr03G003323 Chr03 NC_080389.1:51479534-51479543promoter 内 3783-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 51479752-51481561(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGC
SmilChr04G003443 Chr04 NC_080390.1:50947138-50947147promoter 内 3771-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 50945181-50946917(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGG
SmilChr01G004803 Chr01 NC_080387.1:66241243-66241252promoter 内 3764-3773 bp - 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 66237564-66241015(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GCACCTACCG
SmilChr06G002502 Chr06 NC_080392.1:35910371-35910380promoter 内 3712-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 35907881-35910091(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA
SmilChr03G000330 Chr03 NC_080389.1:3747385-3747394promoter 内 3707-3716 bp - 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3743835-3747100(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr01G003071 Chr01 NC_080387.1:49559084-49559093promoter 内 3694-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 49553057-49558786(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CGGTAGGTGG
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25621426-25621435promoter 内 3692-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr07G001993 Chr07 NC_080393.1:17566816-17566825promoter 内 3687-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 17567130-17569894(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3068868-3068877promoter 内 3670-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3065973-3068546(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3080447-3080456promoter 内 3670-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3163356-3163365promoter 内 3667-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr05G003975 Chr05 NC_080391.1:53542005-53542014promoter 内 3649-3658 bp - 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 53538751-53541662(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr02G002520 Chr02 NC_080388.1:43779218-43779227promoter 内 3595-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 43776311-43778821(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr07G000656 Chr07 NC_080393.1:4425263-4425272promoter 内 3574-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 4425690-4425773(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA
SmilChr05G001196 Chr05 NC_080391.1:10049288-10049297promoter 内 3546-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 10044965-10048842(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr03G002973 Chr03 NC_080389.1:46526846-46526855promoter 内 3523-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 46524990-46526377(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCACCTACCG
SmilChr07G002964 Chr07 NC_080393.1:30122021-30122030promoter 内 3508-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 30122514-30124392(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TCACCTACCT
SmilChr05G003189 Chr05 NC_080391.1:40820735-40820744promoter 内 3500-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 40817700-40820243(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA
SmilChr01G006092 Chr01 NC_080387.1:76403608-76403617promoter 内 3455-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 76400229-76403071(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA
SmilChr01G003715 Chr01 NC_080387.1:55491105-55491114promoter 内 3438-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.3/ 100 1 55486465-55490551(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AGGTAGGTGA