转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 36 / 148 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001883 Chr02 NC_080388.1:34159508-34159521promoter 内 2171-2184 bp + 1817 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 34152231-34157691(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATCTT
SmilChr01G002686 Chr01 NC_080387.1:45067022-45067035promoter 内 2090-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45068933-45070075(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr04G000727 Chr04 NC_080390.1:8530784-8530797promoter 内 2088-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 8532697-8533659(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGATCCT
SmilChr03G001188 Chr03 NC_080389.1:13678024-13678037promoter 内 1978-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 13680047-13685540(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTGTGCC
SmilChr08G000577 Chr08 NC_080394.1:4228390-4228403promoter 内 1927-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 4230464-4233825(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr02G002454 Chr02 NC_080388.1:42820124-42820137promoter 内 1855-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 42822270-42822856(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr04G001939 Chr04 NC_080390.1:31505540-31505553promoter 内 1775-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 31501114-31503327(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCAGCCCT
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41888803-41888816promoter 内 1526-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 41885763-41886341(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr03G001200 Chr03 NC_080389.1:13836156-13836169promoter 内 1309-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 13838848-13840439(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATCTT
SmilChr02G002062 Chr02 NC_080388.1:37163172-37163185promoter 内 1285-1298 bp - 2703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 37149450-37160469(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCCGGACACGTGG
SmilChr07G000094 Chr07 NC_080393.1:511164-511177promoter 内 1269-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 513896-516133(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGCTGCCACGTGG
SmilChr02G004280 Chr02 NC_080388.1:64994111-64994124promoter 内 1194-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 64989756-64991317(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATCTT
SmilChr05G004040 Chr05 NC_080391.1:54374139-54374152promoter 内 1184-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54376956-54384086(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGGGGCACGTGG
SmilChr01G001319 Chr01 NC_080387.1:26222033-26222046promoter 内 1012-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 26216407-26219057(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr04G002196 Chr04 NC_080390.1:35535555-35535568promoter 内 926-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35531323-35532493(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCACAACACGTGG
SmilChr04G001062 Chr04 NC_080390.1:15206876-15206889promoter 内 860-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15210017-15214423(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGGAATCACGTGG
SmilChr02G005370 Chr02 NC_080388.1:74401366-74401379promoter 内 828-841 bp - 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 74374767-74398206(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr07G003270 Chr07 NC_080393.1:34442365-34442378promoter 内 638-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 34445728-34448713(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACTCCT
SmilChr06G000043 Chr06 NC_080392.1:358463-358476promoter 内 475-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 361989-362903(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATGGGCCACGTGG
SmilChr07G004396 Chr07 NC_080393.1:56584445-56584458promoter 内 366-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56588080-56590805(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr02G003504 Chr02 NC_080388.1:56223021-56223034promoter 内 338-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56226684-56230646(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATCTT
SmilChr03G003654 Chr03 NC_080389.1:55373883-55373896promoter 内 141-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55368761-55370036(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTTCAT
SmilChr06G002141 Chr06 NC_080392.1:29077330-29077343promoter 内 68-81 bp + 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 29070764-29073410(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATCTT
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12017320-12017333promoter 内 35-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12012932-12013367(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGATGACACGTGG
SmilChr05G000202 Chr05 NC_080391.1:1604126-1604139promoter 内 1532-1545 bp - 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 1606595-1610064(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTGCCT
SmilChr05G000200 Chr05 NC_080391.1:1604126-1604139promoter 内 1370-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 1599040-1601508(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGGCAGCCACGTGG
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67816921-67816934promoter 内 1355-1368 bp - 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 4 67819567-67820587(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGATCT
SmilChr08G001386 Chr08 NC_080394.1:11072847-11072860promoter 内 3674-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 11071176-11072533(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAGACACGTGG
SmilChr04G003256 Chr04 NC_080390.1:49301508-49301521promoter 内 3303-3316 bp - 685 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 49299723-49300823(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAGACACGTGG
SmilChr01G000117 Chr01 NC_080387.1:2032843-2032856promoter 内 3211-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 2031059-2032066(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAGACACGTGG
SmilChr01G001243 Chr01 NC_080387.1:24935302-24935315promoter 内 2987-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 24933517-24934301(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAGACACGTGG
SmilChr07G004423 Chr07 NC_080393.1:56835878-56835891promoter 内 2987-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 56836892-56837676(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAGACACGTGG
SmilChr02G000388 Chr02 NC_080388.1:4816764-4816777promoter 内 2631-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 4810835-4815407(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGTGTG
SmilChr06G001297 Chr06 NC_080392.1:13523083-13523096promoter 内 2486-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 13504616-13521581(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTGCCT
SmilChr05G000785 Chr05 NC_080391.1:6130087-6130100promoter 内 1790-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 6126607-6127889(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCATGTT
SmilChr02G003751 Chr02 NC_080388.1:59152820-59152833promoter 内 168-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 3 59156653-59157317(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGGCTAC
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SmilChr01G000238 Chr01 NC_080387.1:4462451-4462464promoter 内 3401-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 4460922-4461864(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGAAGACACGTGG
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SmilChr03G004639 Chr03 NC_080389.1:63989165-63989178promoter 内 3024-3037 bp + 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 63990142-63993226(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGATGTCACGTGG
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SmilChr02G001126 Chr02 NC_080388.1:20409620-20409633promoter 内 2937-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 20403583-20408569(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGGTGCG
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