转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 36 / 134 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002096 Chr01 NC_080387.1:36984867-36984881promoter 内 3963-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 36984905-36986030(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATTAA
SmilChr02G000520 Chr02 NC_080388.1:7161350-7161364promoter 内 3962-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7161389-7162864(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAACTAATGATTAT
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7684350-7684364promoter 内 3939-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAACTAATGATTAT
SmilChr01G002928 Chr01 NC_080387.1:48057628-48057642promoter 内 3888-3902 bp + 99 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 48057741-48060375(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACTGTGATGATTAG
SmilChr03G002765 Chr03 NC_080389.1:43947879-43947893promoter 内 3596-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43948284-43949415(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACAATAATGATGGT
SmilChr02G003105 Chr02 NC_080388.1:51980537-51980551promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51981000-51983045(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGATAATGATTGT
SmilChr01G004403 Chr01 NC_080387.1:62144134-62144148promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62138438-62143661(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAAATAATGATGAA
SmilChr03G000630 Chr03 NC_080389.1:6956154-6956168promoter 内 3502-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6956653-6960213(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr02G001010 Chr02 NC_080388.1:17852154-17852168promoter 内 3495-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17848167-17851662(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr01G005423 Chr01 NC_080387.1:71418975-71418989promoter 内 3448-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71415456-71418436(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTTGTGATGATTAT
SmilChr01G004802 Chr01 NC_080387.1:66233917-66233931promoter 内 3436-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 66234482-66236984(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGGAATAATGATTAA
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33441445-33441459promoter 内 3394-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 33438179-33440852(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGATGCAATGATTAA
SmilChr02G004457 Chr02 NC_080388.1:66980404-66980418promoter 内 3296-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 66981109-66982251(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGTATAATGATTAT
SmilChr03G002089 Chr03 NC_080389.1:32174166-32174180promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32175005-32176770(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATAAAC
SmilChr02G001220 Chr02 NC_080388.1:22403332-22403346promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22396798-22402412(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATTAA
SmilChr01G003577 Chr01 NC_080387.1:54362419-54362433promoter 内 3055-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54360728-54361487(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAATAATGATTAT
SmilChr03G002075 Chr03 NC_080389.1:31725164-31725178promoter 内 2988-3002 bp + 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 31726177-31727992(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGAAGAAATGATTAC
SmilChr02G005284 Chr02 NC_080388.1:73882980-73882994promoter 内 2970-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 73881104-73881963(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTAGATTT
SmilChr02G004253 Chr02 NC_080388.1:64705262-64705276promoter 内 2808-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64706455-64712404(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTGTCATA
SmilChr02G005579 Chr02 NC_080388.1:75633082-75633096promoter 内 2737-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75628944-75631832(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACGAGA
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21446629-21446643promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21441617-21445151(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATAAAT
SmilChr03G001230 Chr03 NC_080389.1:14198954-14198968promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 14200680-14200786(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGATATAATGATTGT
SmilChr02G005583 Chr02 NC_080388.1:75653579-75653593promoter 内 2193-2207 bp - 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 75650735-75651785(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACAATAATGATTAA
SmilChr02G000521 Chr02 NC_080388.1:7161350-7161364promoter 内 2132-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 7163219-7165430(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAACTAATGATTAT
SmilChr03G000505 Chr03 NC_080389.1:5450620-5450634promoter 内 2024-2038 bp - 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5447638-5448657(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAGCTAATGATTAA
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5450620-5450634promoter 内 1576-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5453045-5453746(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAGCTTA
SmilChr02G002406 Chr02 NC_080388.1:41971122-41971136promoter 内 1509-1523 bp + 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 41973614-42011446(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAACATAATGATTGA
SmilChr02G002409 Chr02 NC_080388.1:42041821-42041835promoter 内 1242-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 42044580-42045591(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAACATAATGATTGA
SmilChr03G000727 Chr03 NC_080389.1:8204084-8204098promoter 内 1189-1203 bp - 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 8198009-8201286(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAGATAATGATGGG
SmilChr01G002346 Chr01 NC_080387.1:40601878-40601892promoter 内 1186-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40593257-40599077(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGCAAAA
SmilChr02G004252 Chr02 NC_080388.1:64705262-64705276promoter 内 1180-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64700080-64702455(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATGACAATGATTAG
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51980537-51980551promoter 内 737-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGATAATGATTGT
SmilChr02G002788 Chr02 NC_080388.1:47949543-47949557promoter 内 675-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 47945171-47946231(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAACTAATGATGAA
SmilChr01G003578 Chr01 NC_080387.1:54362419-54362433promoter 内 647-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54365773-54368215(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTAA
SmilChr02G005002 Chr02 NC_080388.1:71817773-71817787promoter 内 645-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 71821129-71821929(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTCCTTC
SmilChr02G005330 Chr02 NC_080388.1:74140721-74140735promoter 内 557-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 74144165-74150955(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTATACAT
SmilChr02G005047 Chr02 NC_080388.1:72210575-72210589promoter 内 200-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72214376-72218282(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
SmilChr02G005045 Chr02 NC_080388.1:72188507-72188521promoter 内 198-212 bp - 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72192310-72196215(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
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SmilChr03G001646 Chr03 NC_080389.1:21288575-21288589promoter 内 117-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 21292459-21296212(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATAT
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