转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 36 / 149 下载 TSV

上一页 36 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003983 Chr04 NC_080390.1:55267330-55267337promoter 内 3742-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 55267589-55277119(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr08G001236 Chr08 NC_080394.1:9918191-9918198promoter 内 3741-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 9907550-9917938(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G003157 Chr02 NC_080388.1:52609420-52609427promoter 内 3737-3744 bp - 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 52609684-52612850(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G001266 Chr02 NC_080388.1:23221587-23221594promoter 内 3736-3743 bp + 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 23218539-23221329(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G002124 Chr06 NC_080392.1:28513751-28513758promoter 内 3736-3743 bp + 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 28510135-28513493(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003257 Chr01 NC_080387.1:51269904-51269911promoter 内 3735-3742 bp - 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51270170-51273124(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G005343 Chr02 NC_080388.1:74255228-74255235promoter 内 3733-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 74253449-74254967(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G001471 Chr05 NC_080391.1:13488967-13488974promoter 内 3714-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 13489254-13496478(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G000477 Chr06 NC_080392.1:3877312-3877319promoter 内 3712-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3877601-3878315(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G000881 Chr05 NC_080391.1:6980144-6980151promoter 内 3707-3714 bp + 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 6980438-6981893(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G003590 Chr01 NC_080387.1:54439510-54439517promoter 内 3704-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 54437545-54439220(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54468008-54468015promoter 内 3704-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 54466042-54467718(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004997 Chr01 NC_080387.1:68013705-68013712promoter 内 3703-3710 bp + 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 68014003-68018686(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G000288 Chr06 NC_080392.1:1979475-1979482promoter 内 3688-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1974393-1979169(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G003093 Chr04 NC_080390.1:47562247-47562254promoter 内 3684-3691 bp - 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 47562564-47565348(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G001078 Chr08 NC_080394.1:8295902-8295909promoter 内 3674-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 8296229-8298457(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G004083 Chr05 NC_080391.1:54686203-54686210promoter 内 3673-3680 bp + 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 54682916-54685882(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004191 Chr01 NC_080387.1:60370794-60370801promoter 内 3670-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 60368766-60370470(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G002690 Chr04 NC_080390.1:42319668-42319675promoter 内 3664-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42318538-42319338(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G001022 Chr06 NC_080392.1:10130782-10130789promoter 内 3653-3660 bp + 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 10129660-10130441(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G001735 Chr07 NC_080393.1:14737388-14737395promoter 内 3648-3655 bp + 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14737741-14750976(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G001500 Chr04 NC_080390.1:24602578-24602585promoter 内 3647-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 24599504-24602231(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G001081 Chr08 NC_080394.1:8323809-8323816promoter 内 3647-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 8318054-8323462(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003864 Chr01 NC_080387.1:56904395-56904402promoter 内 3640-3647 bp + 354 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56896474-56904041(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004284 Chr01 NC_080387.1:61070560-61070567promoter 内 3638-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 61070923-61074006(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G003028 Chr03 NC_080389.1:47204114-47204121promoter 内 3635-3642 bp + 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 47200697-47203755(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G001075 Chr03 NC_080389.1:12459471-12459478promoter 内 3626-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 12459846-12461298(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003766 Chr01 NC_080387.1:56037973-56037980promoter 内 3621-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56035765-56037600(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G001242 Chr02 NC_080388.1:22809391-22809398promoter 内 3621-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 22805990-22809018(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G001243 Chr02 NC_080388.1:22818723-22818730promoter 内 3620-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 22815321-22818349(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G000627 Chr03 NC_080389.1:6947539-6947546promoter 内 3619-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 6945909-6947164(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G002812 Chr05 NC_080391.1:33005723-33005730promoter 内 3615-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 33001603-33005344(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000238 Chr08 NC_080394.1:1637471-1637478promoter 内 3611-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1626885-1637088(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G005302 Chr01 NC_080387.1:70302476-70302483promoter 内 3602-3609 bp + 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 70302875-70303435(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr08G000837 Chr08 NC_080394.1:6195660-6195667promoter 内 3590-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 6196071-6200182(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G004270 Chr02 NC_080388.1:64912378-64912385promoter 内 3588-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 64907854-64911972(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
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