转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 37 / 138 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002408 Chr02 NC_080388.1:42037322-42037332promoter 内 986-996 bp - 3005 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42040337-42042488(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr03G002877 Chr03 NC_080389.1:45446505-45446515promoter 内 918-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45449588-45451248(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGGGTACGGAT
SmilChr03G003032 Chr03 NC_080389.1:47239224-47239234promoter 内 895-905 bp - 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47231680-47236128(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCGTACGGAG
SmilChr01G002982 Chr01 NC_080387.1:48745066-48745076promoter 内 873-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 48748194-48757663(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCGT
SmilChr01G006151 Chr01 NC_080387.1:76973632-76973642promoter 内 867-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 76964924-76970508(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr02G001413 Chr02 NC_080388.1:26758801-26758811promoter 内 811-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 26761991-26762626(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38478668-38478678promoter 内 804-814 bp - 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr01G000965 Chr01 NC_080387.1:20490319-20490329promoter 内 791-801 bp - 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20483415-20487119(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCGTACGGAA
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70386128-70386138promoter 内 784-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 70389345-70389935(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr03G002729 Chr03 NC_080389.1:43356011-43356021promoter 内 759-769 bp - 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 43351839-43352779(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr02G000639 Chr02 NC_080388.1:9682127-9682137promoter 内 746-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 9674435-9678882(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr03G002439 Chr03 NC_080389.1:38735774-38735784promoter 内 734-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38739041-38739967(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGTCC
SmilChr02G003157 Chr02 NC_080388.1:52606416-52606426promoter 内 733-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 52609684-52612850(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TGCCGTACAGC
SmilChr01G001726 Chr01 NC_080387.1:31800322-31800332promoter 内 706-716 bp - 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 31794900-31797037(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr01G004635 Chr01 NC_080387.1:64371038-64371048promoter 内 662-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 64374377-64376174(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr02G000533 Chr02 NC_080388.1:7361789-7361799promoter 内 651-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 7365139-7366519(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr02G001003 Chr02 NC_080388.1:17702892-17702902promoter 内 619-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 17698591-17699520(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr03G000056 Chr03 NC_080389.1:536737-536747promoter 内 610-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 532326-533356(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGTAT
SmilChr03G000722 Chr03 NC_080389.1:8072539-8072549promoter 内 609-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 8075931-8076936(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr01G003192 Chr01 NC_080387.1:50659828-50659838promoter 内 583-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50663246-50666895(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGGGTACGGAT
SmilChr01G001863 Chr01 NC_080387.1:33587685-33587695promoter 内 576-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 33583866-33584270(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACGGG
SmilChr01G004742 Chr01 NC_080387.1:65613250-65613260promoter 内 561-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 65603892-65609820(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACT
SmilChr03G001622 Chr03 NC_080389.1:20797085-20797095promoter 内 559-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 20789933-20793653(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr03G001071 Chr03 NC_080389.1:12420186-12420196promoter 内 555-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 12423632-12425057(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr02G002970 Chr02 NC_080388.1:50220065-50220075promoter 内 550-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 50212510-50216624(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGGGTACGGAT
SmilChr01G001968 Chr01 NC_080387.1:35041680-35041690promoter 内 547-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 35032507-35038236(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCCCGTACAAG
SmilChr01G001906 Chr01 NC_080387.1:34153826-34153836promoter 内 541-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 34149806-34150376(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACGGG
SmilChr03G000949 Chr03 NC_080389.1:10751148-10751158promoter 内 449-459 bp + 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 10754700-10755910(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr03G000336 Chr03 NC_080389.1:3812280-3812290promoter 内 442-452 bp - 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 3815839-3818373(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38958589-38958599promoter 内 422-432 bp - 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr01G000389 Chr01 NC_080387.1:8014584-8014594promoter 内 378-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 8008665-8010971(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr01G005954 Chr01 NC_080387.1:75243973-75243983promoter 内 373-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75238405-75240355(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACCCG
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2584141-2584151promoter 内 328-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2578649-2580478(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr01G004700 Chr01 NC_080387.1:65105815-65105825promoter 内 272-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 65099193-65102096(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGGGG
SmilChr03G001404 Chr03 NC_080389.1:16627416-16627426promoter 内 210-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 16621352-16623635(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCGTACGGAA
SmilChr03G002364 Chr03 NC_080389.1:37279545-37279555promoter 内 200-210 bp - 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 37274302-37275754(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATGTACGGTC
SmilChr01G002454 Chr01 NC_080387.1:42146097-42146107promoter 内 188-198 bp - 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 42141328-42142294(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGTGTACGGTA
SmilChr03G003060 Chr03 NC_080389.1:47535766-47535776promoter 内 169-179 bp - 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47539598-47543187(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GACCGTACATA
SmilChr02G004485 Chr02 NC_080388.1:67325144-67325154promoter 内 89-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 67320603-67321242(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACT
SmilChr03G000189 Chr03 NC_080389.1:2102336-2102346promoter 内 88-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 2106249-2109378(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATACGTACAAT
SmilChr01G002155 Chr01 NC_080387.1:37549444-37549454promoter 内 84-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 37542781-37545537(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCCGTACGAT
SmilChr02G004902 Chr02 NC_080388.1:71027266-71027276promoter 内 81-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 71021125-71023356(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CGGGTACGGAT
SmilChr01G003309 Chr01 NC_080387.1:51778418-51778428promoter 内 3605-3615 bp - 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 51778814-51781960(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACC
SmilChr01G002391 Chr01 NC_080387.1:41175752-41175762promoter 内 3583-3593 bp + 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 41176170-41179598(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGTGTACGGTA
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SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41175752-41175762promoter 内 1947-1957 bp + 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 41170890-41173708(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACC
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23378272-23378282promoter 内 1871-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 23372046-23376152(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TACCGTACACC
SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58745575-58745585promoter 内 1859-1869 bp + 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 58741135-58743443(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACATA
SmilChr03G002432 Chr03 NC_080389.1:38623801-38623811promoter 内 1542-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 38626260-38630452(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGGA
SmilChr03G003326 Chr03 NC_080389.1:51517528-51517538promoter 内 1435-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 51520094-51523937(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGGGA