转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 37 / 149 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001047 Chr07 NC_080393.1:7647215-7647225promoter 内 551-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 7650665-7652889(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCGAGCTGTCG
SmilChr01G002388 Chr01 NC_080387.1:41128327-41128337promoter 内 522-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 41124302-41124858(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCGGGCTGTCA
SmilChr01G001223 Chr01 NC_080387.1:24515646-24515656promoter 内 470-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 24519177-24522740(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGA
SmilChr03G003846 Chr03 NC_080389.1:57569767-57569777promoter 内 425-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 57573343-57575305(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCGGGCTGTCA
SmilChr01G005538 Chr01 NC_080387.1:72216459-72216469promoter 内 328-338 bp + 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 72220132-72223376(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCGGGCTGTCA
SmilChr02G000648 Chr02 NC_080388.1:9966552-9966562promoter 内 268-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 9822583-9962829(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCGGGCTGTCA
SmilChr02G002533 Chr02 NC_080388.1:44034381-44034391promoter 内 186-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 44038196-44039191(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCGGGCTGTCA
SmilChr02G004782 Chr02 NC_080388.1:70000814-70000824promoter 内 130-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 70004685-70006856(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTACAGCTGGG
SmilChr01G004592 Chr01 NC_080387.1:63917555-63917565promoter 内 121-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 63921435-63922453(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTCGG
SmilChr01G002066 Chr01 NC_080387.1:36524788-36524798promoter 内 105-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 36516729-36520902(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGA
SmilChr05G001713 Chr05 NC_080391.1:16397824-16397834promoter 内 94-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 16401731-16403122(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGA
SmilChr05G002712 Chr05 NC_080391.1:31240340-31240350promoter 内 62-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 31235920-31236411(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CACAGCTGTCC
SmilChr01G006145 Chr01 NC_080387.1:76947857-76947867promoter 内 11-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 76941736-76943877(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCCGA
SmilChr01G001015 Chr01 NC_080387.1:21317499-21317509promoter 内 2390-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 21319110-21321772(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGGAA
SmilChr02G001888 Chr02 NC_080388.1:34185582-34185592promoter 内 1538-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 34181746-34183129(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr05G001822 Chr05 NC_080391.1:18247352-18247362promoter 内 208-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 18238806-18243569(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr01G003291 Chr01 NC_080387.1:51608070-51608080promoter 内 3254-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 51604540-51607333(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr02G001304 Chr02 NC_080388.1:24190012-24190022promoter 内 1901-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 24192112-24198150(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr05G002492 Chr05 NC_080391.1:27604449-27604459promoter 内 1475-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 27597530-27601933(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AAAAGCTGTCA
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51608070-51608080promoter 内 1460-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 51610611-51610717(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGGAA
SmilChr03G001891 Chr03 NC_080389.1:26418754-26418764promoter 内 1170-1180 bp + 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 26421585-26424779(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGGAA
SmilChr03G000565 Chr03 NC_080389.1:6153949-6153959promoter 内 271-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 6157679-6157785(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr03G001032 Chr03 NC_080389.1:12021341-12021351promoter 内 271-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 12025071-12025177(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr01G002471 Chr01 NC_080387.1:42431061-42431071promoter 内 222-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 42434840-42434946(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr01G003974 Chr01 NC_080387.1:58171499-58171509promoter 内 203-213 bp - 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 58175297-58175403(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr02G001214 Chr02 NC_080388.1:22344663-22344673promoter 内 149-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 22340715-22340821(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr03G002201 Chr03 NC_080389.1:34637573-34637583promoter 内 89-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 34633565-34633671(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr03G001720 Chr03 NC_080389.1:23094013-23094023promoter 内 88-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 23097926-23098032(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr03G001024 Chr03 NC_080389.1:11892221-11892231promoter 内 60-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 11888184-11888290(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr01G004161 Chr01 NC_080387.1:60107447-60107457promoter 内 1-11 bp + 3990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 60103351-60103457(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr01G004162 Chr01 NC_080387.1:60113309-60113319promoter 内 1-11 bp + 3990 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 60109213-60109319(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTCCAGCTGGA
SmilChr01G001026 Chr01 NC_080387.1:21412515-21412525promoter 内 3965-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 21412190-21412489(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGGAA
SmilChr02G002924 Chr02 NC_080388.1:49645056-49645066promoter 内 3953-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 49645104-49649297(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCAGC
SmilChr07G001351 Chr07 NC_080393.1:10454961-10454971promoter 内 3881-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 10449539-10454851(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGGAA
SmilChr01G001024 Chr01 NC_080387.1:21398473-21398483promoter 内 3803-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 21398671-21399349(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGGAA
SmilChr06G000591 Chr06 NC_080392.1:5102196-5102206promoter 内 3422-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 5102775-5106294(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCTGGCTGTCA
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