转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 38 / 142 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G004418 Chr08 NC_080394.1:53861575-53861589promoter 内 2813-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53859003-53860401(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr02G000712 Chr02 NC_080388.1:11481237-11481251promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 11478624-11480061(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTGGGTAGGTGAG
SmilChr03G002668 Chr03 NC_080389.1:42366062-42366076promoter 内 2806-2820 bp + 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42367257-42368166(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCAACCACCAA
SmilChr05G003793 Chr05 NC_080391.1:51271922-51271936promoter 内 2739-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51266820-51270674(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGTTGAA
SmilChr05G002640 Chr05 NC_080391.1:29803823-29803837promoter 内 2672-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29805152-29807568(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGTTGTG
SmilChr03G001791 Chr03 NC_080389.1:24445992-24446006promoter 内 2634-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24447359-24450249(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr04G003495 Chr04 NC_080390.1:51378162-51378176promoter 内 2617-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51379546-51383178(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATG
SmilChr03G000003 Chr03 NC_080389.1:49357-49371promoter 内 2568-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46777-47938(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGTGGTAGTTGTG
SmilChr03G004284 Chr03 NC_080389.1:61259785-61259799promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 61255628-61258322(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCCGCCACCAC
SmilChr02G001516 Chr02 NC_080388.1:28276797-28276811promoter 内 2471-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28275200-28275281(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGGGGTAGGTGAA
SmilChr03G000502 Chr03 NC_080389.1:5399117-5399131promoter 内 2407-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 5400711-5403219(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACCACCACCAC
SmilChr08G001752 Chr08 NC_080394.1:14730169-14730183promoter 内 2402-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 14731768-14733744(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCACTAC
SmilChr06G002251 Chr06 NC_080392.1:31933562-31933576promoter 内 2398-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 31929138-31931973(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACCTA
SmilChr01G005141 Chr01 NC_080387.1:69194897-69194911promoter 内 2357-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69196541-69199173(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACCACCACCAC
SmilChr04G004174 Chr04 NC_080390.1:56362257-56362271promoter 内 2342-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56358324-56360612(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATGAGGTAGGTAAG
SmilChr07G002509 Chr07 NC_080393.1:23795458-23795472promoter 内 2302-2316 bp - 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23791337-23793773(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCTCTCC
SmilChr02G002912 Chr02 NC_080388.1:49421964-49421978promoter 内 2284-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 49416026-49420261(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGCGGTAGGTGAT
SmilChr01G006064 Chr01 NC_080387.1:76061294-76061308promoter 内 2177-2191 bp + 1810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 76063118-76066924(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACCACCACCAA
SmilChr03G000437 Chr03 NC_080389.1:4727111-4727125promoter 内 2119-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4724393-4725243(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCAACCACCACCAT
SmilChr03G002666 Chr03 NC_080389.1:42361334-42361348promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42363363-42364288(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCAACCACCAA
SmilChr06G002134 Chr06 NC_080392.1:28806913-28806927promoter 内 1946-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 28801258-28804872(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr02G000244 Chr02 NC_080388.1:3146755-3146769promoter 内 1928-1942 bp - 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 3148828-3151320(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGTTGCG
SmilChr03G002681 Chr03 NC_080389.1:42591141-42591155promoter 内 1910-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42593232-42596144(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCAACCACCAA
SmilChr03G000411 Chr03 NC_080389.1:4444173-4444187promoter 内 1900-1914 bp + 2087 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 4441547-4442086(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGAC
SmilChr03G002032 Chr03 NC_080389.1:30465382-30465396promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30459959-30463258(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACCTA
SmilChr08G004589 Chr08 NC_080394.1:55470245-55470259promoter 内 1791-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55466832-55468049(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCAGCGT
SmilChr08G004694 Chr08 NC_080394.1:56362044-56362058promoter 内 1790-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 56358797-56359847(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCAGCGT
SmilChr07G003691 Chr07 NC_080393.1:44438547-44438561promoter 内 1785-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 44433640-44436345(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGTGGTAGGTGGT
SmilChr05G002628 Chr05 NC_080391.1:29619132-29619146promoter 内 1749-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 29614754-29616894(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCAACCACCACCAT
SmilChr02G004725 Chr02 NC_080388.1:69502769-69502783promoter 内 1743-1757 bp + 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69497302-69500525(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGTTGAA
SmilChr05G001269 Chr05 NC_080391.1:10833852-10833866promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 10836172-10840484(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTAGTAGGTGGG
SmilChr03G004182 Chr03 NC_080389.1:60537281-60537295promoter 内 1624-1638 bp - 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 60539658-60542483(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGTTGGTAGGTAGA
SmilChr03G002423 Chr03 NC_080389.1:38479423-38479437promoter 内 1559-1573 bp + 2428 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38481865-38483587(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACCCCACT
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72347448-72347462promoter 内 1536-1550 bp + 2451 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 72342434-72344997(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTACTGGTAGGTGCA
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32889951-32889965promoter 内 1427-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 32887286-32887391(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCGTTGGTAGGTGGC
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