转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 39 / 138 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003870 Chr02 NC_080388.1:60707211-60707223promoter 内 987-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60710225-60712683(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAAGTCAACATC
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40703938-40703950promoter 内 983-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 40680169-40700932(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGGTTGACTATT
SmilChr03G001547 Chr03 NC_080389.1:19481993-19482005promoter 内 976-988 bp + 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 19485018-19486593(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTTTC
SmilChr02G003534 Chr02 NC_080388.1:56491349-56491361promoter 内 946-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 56484043-56488306(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACCGT
SmilChr02G000147 Chr02 NC_080388.1:1969439-1969451promoter 内 919-931 bp + 3070 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1963212-1966369(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACATC
SmilChr03G001185 Chr03 NC_080389.1:13608218-13608230promoter 内 913-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 13611306-13612343(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGTTGACTATT
SmilChr02G002951 Chr02 NC_080388.1:50059948-50059960promoter 内 869-881 bp + 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50052333-50056828(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAGGG
SmilChr03G000614 Chr03 NC_080389.1:6809042-6809054promoter 内 855-867 bp - 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 6804871-6805908(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGTTGACTATT
SmilChr01G001326 Chr01 NC_080387.1:26369316-26369328promoter 内 805-817 bp + 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 26372512-26378022(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAGGTTGACTATG
SmilChr02G002907 Chr02 NC_080388.1:49377865-49377877promoter 内 793-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 49381073-49385561(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTAGTCAAAGGG
SmilChr01G001170 Chr01 NC_080387.1:23798188-23798200promoter 内 751-763 bp + 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 23750700-23794950(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACCGT
SmilChr02G003642 Chr02 NC_080388.1:57776797-57776809promoter 内 727-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57770884-57773535(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGTTGACCCTC
SmilChr02G000207 Chr02 NC_080388.1:2730123-2730135promoter 内 578-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 2733546-2736218(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACAGTCAACATC
SmilChr01G001708 Chr01 NC_080387.1:31499551-31499563promoter 内 480-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 31503072-31504277(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAAGTCAACATC
SmilChr03G002028 Chr03 NC_080389.1:30409385-30409397promoter 内 439-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 30403538-30405835(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACGAGTCAACCGT
SmilChr03G001356 Chr03 NC_080389.1:15932129-15932141promoter 内 363-375 bp + 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15927053-15928503(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACATC
SmilChr02G004839 Chr02 NC_080388.1:70504838-70504850promoter 内 316-328 bp + 3673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 70499630-70501165(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAAAGTT
SmilChr01G006086 Chr01 NC_080387.1:76339962-76339974promoter 内 100-112 bp + 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 76343863-76347883(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGTTGACCCTC
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75952203-75952215promoter 内 54-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75956150-75956609(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCTGTTGACTTTC
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55350711-55350723promoter 内 3039-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 55351673-55352897(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTAGA
SmilChr03G000353 Chr03 NC_080389.1:3958196-3958208promoter 内 2332-2344 bp - 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 3953502-3956539(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAGGTTGACTAAG
SmilChr03G002562 Chr03 NC_080389.1:40818014-40818026promoter 内 1377-1389 bp - 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 40820638-40821840(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACCCT
SmilChr01G000483 Chr01 NC_080387.1:9895445-9895457promoter 内 1098-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 4 9898348-9899628(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGTGTTGACTTTG
SmilChr02G003079 Chr02 NC_080388.1:51719429-51719441promoter 内 3357-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 51717236-51718797(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTGGTTGACTGAT
SmilChr03G003972 Chr03 NC_080389.1:58752520-58752532promoter 内 2725-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 58748231-58751256(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACCTA
SmilChr02G001544 Chr02 NC_080388.1:28696523-28696535promoter 内 1361-1373 bp + 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 28690398-28693895(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACCCT
SmilChr02G000916 Chr02 NC_080388.1:15894192-15894204promoter 内 1255-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 15885038-15891458(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAAAGCG
SmilChr02G003398 Chr02 NC_080388.1:55117412-55117424promoter 内 1052-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 55120361-55122165(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACACA
SmilChr01G003211 Chr01 NC_080387.1:50888670-50888682promoter 内 641-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 50882790-50885322(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCGTTGACCCAA
SmilChr03G003036 Chr03 NC_080389.1:47260268-47260280promoter 内 3895-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 47260374-47261035(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCAGTCAACCGT
SmilChr02G004157 Chr02 NC_080388.1:63893348-63893360promoter 内 3715-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 63888779-63893074(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATAGTCAACAGA
SmilChr03G003851 Chr03 NC_080389.1:57633350-57633362promoter 内 3631-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 57633720-57637407(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GGGAGTCAACGCT
SmilChr02G002107 Chr02 NC_080388.1:37774472-37774484promoter 内 3526-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 37774947-37777949(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGGGTTGACTGAC
SmilChr01G005991 Chr01 NC_080387.1:75518820-75518832promoter 内 3156-3168 bp - 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 75515833-75517987(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTTGA
SmilChr01G005999 Chr01 NC_080387.1:75581399-75581411promoter 内 3129-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 75567792-75580539(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTGTTGACTTGA
SmilChr03G001143 Chr03 NC_080389.1:13183952-13183964promoter 内 2977-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 13184976-13186188(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTTAGTCAACCTT
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