转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 40 / 128 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001945 Chr05 NC_080391.1:19830128-19830142promoter 内 2354-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 19822857-19828495(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGCAC
SmilChr01G004497 Chr01 NC_080387.1:63078414-63078428promoter 内 2348-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 63075848-63076775(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGT
SmilChr05G002014 Chr05 NC_080391.1:20902483-20902497promoter 内 2028-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 20896865-20900524(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGCTGG
SmilChr02G002458 Chr02 NC_080388.1:42873360-42873374promoter 内 1949-1963 bp - 2038 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 42869922-42871322(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGGCGCCACCGCCG
SmilChr05G000056 Chr05 NC_080391.1:264054-264068promoter 内 1932-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 266123-267396(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTTCACCACCGCCG
SmilChr02G005453 Chr02 NC_080388.1:74865369-74865383promoter 内 1826-1840 bp - 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 74867544-74873718(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGA
SmilChr02G005055 Chr02 NC_080388.1:72269817-72269831promoter 内 1357-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72259312-72267187(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr07G004655 Chr07 NC_080393.1:59428438-59428452promoter 内 1159-1173 bp + 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59422563-59425610(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCAG
SmilChr08G001996 Chr08 NC_080394.1:17707831-17707845promoter 内 1126-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 17700445-17704970(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGCGGCGG
SmilChr06G003115 Chr06 NC_080392.1:44008647-44008661promoter 内 719-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44000739-44005379(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGCACCACCGCCA
SmilChr05G002756 Chr05 NC_080391.1:31863980-31863994promoter 内 344-358 bp - 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31857847-31860337(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCCTCCACCGCCT
SmilChr05G003668 Chr05 NC_080391.1:49619731-49619745promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 49613382-49616016(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCGA
SmilChr03G001437 Chr03 NC_080389.1:17058472-17058486promoter 内 89-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 17050990-17054574(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCT
SmilChr02G003767 Chr02 NC_080388.1:59374729-59374743promoter 内 2628-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 6 59368358-59373370(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCAGG
SmilChr04G000599 Chr04 NC_080390.1:6774369-6774383promoter 内 1208-1222 bp - 2779 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 6 6768654-6771590(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGCACCACCGCCG
SmilChr03G003135 Chr03 NC_080389.1:48600635-48600649promoter 内 1408-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 48583252-48598056(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGACGC
SmilChr02G000284 Chr02 NC_080388.1:3639448-3639462promoter 内 1313-1327 bp + 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 3635326-3636774(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr01G000248 Chr01 NC_080387.1:4673840-4673854promoter 内 840-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 5 4670000-4670693(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr03G003149 Chr03 NC_080389.1:48817941-48817955promoter 内 3234-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 48818708-48824247(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTCGCCACCGCCT
SmilChr03G003137 Chr03 NC_080389.1:48600635-48600649promoter 内 3230-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 48601406-48607011(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGTCGCCACCGCCT
SmilChr06G001680 Chr06 NC_080392.1:19066283-19066297promoter 内 2167-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 19068117-19073100(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCACCACCGCCG
SmilChr02G002670 Chr02 NC_080388.1:46278330-46278344promoter 内 1275-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 46281056-46282147(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr07G000496 Chr07 NC_080393.1:3457701-3457715promoter 内 2867-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 3450156-3456581(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCACCACCGCCT
SmilChr06G001679 Chr06 NC_080392.1:19066283-19066297promoter 内 2671-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 19063937-19064967(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr01G005586 Chr01 NC_080387.1:72549814-72549828promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 72551412-72553133(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAACGG
SmilChr01G002494 Chr01 NC_080387.1:42691807-42691821promoter 内 2394-2408 bp + 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 42685787-42690214(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr05G003112 Chr05 NC_080391.1:39650811-39650825promoter 内 1910-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 39652902-39655262(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGTGG
SmilChr08G000558 Chr08 NC_080394.1:4055026-4055040promoter 内 1347-1361 bp - 2640 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 4057680-4062131(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCG
SmilChr03G000015 Chr03 NC_080389.1:146902-146916promoter 内 836-850 bp - 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 150067-153412(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCAGG
SmilChr08G003223 Chr08 NC_080394.1:33112668-33112682promoter 内 221-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 3 33107593-33108902(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGA
SmilChr07G000538 Chr07 NC_080393.1:3723154-3723168promoter 内 3976-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3721442-3723143(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCTC
SmilChr07G000539 Chr07 NC_080393.1:3723154-3723168promoter 内 3749-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 3723406-3725146(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGTGG
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29472615-29472629promoter 内 3483-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 29470400-29472111(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGAGA
SmilChr08G002127 Chr08 NC_080394.1:19154536-19154550promoter 内 3193-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 19152387-19153742(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTGG
SmilChr08G002128 Chr08 NC_080394.1:19164206-19164220promoter 内 3193-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 19162028-19163412(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTGG
SmilChr08G000398 Chr08 NC_080394.1:2799930-2799944promoter 内 3182-3196 bp + 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 2797754-2799125(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTGG
SmilChr01G000703 Chr01 NC_080387.1:15823475-15823489promoter 内 3166-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15821262-15822654(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTGG
SmilChr01G000705 Chr01 NC_080387.1:15833168-15833182promoter 内 3163-3177 bp + 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 2 15830954-15832344(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGTGG
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