转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 40 / 119 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001321 Chr02 NC_080388.1:24551808-24551818promoter 内 3602-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 24552207-24555159(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000720 Chr02 NC_080388.1:11591703-11591713promoter 内 3567-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 11592137-11595069(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G002268 Chr02 NC_080388.1:40137881-40137891promoter 内 3565-3575 bp - 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40138317-40141219(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G000040 Chr01 NC_080387.1:638753-638763promoter 内 3560-3570 bp + 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 635623-638322(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G001822 Chr02 NC_080388.1:33108024-33108034promoter 内 3557-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33104793-33107590(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000312 Chr02 NC_080388.1:3940463-3940473promoter 内 3556-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3937146-3940028(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943581-35943591promoter 内 3550-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACA
SmilChr02G001352 Chr02 NC_080388.1:25291667-25291677promoter 内 3548-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 25288281-25291224(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G003763 Chr02 NC_080388.1:59309856-59309866promoter 内 3548-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 59310309-59313153(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27084775-27084785promoter 内 3547-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27085229-27088122(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G003201 Chr02 NC_080388.1:53171081-53171091promoter 内 3546-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53167782-53170636(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G001049 Chr01 NC_080387.1:21826823-21826833promoter 内 3543-3553 bp - 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 21827281-21829393(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61182357-61182367promoter 内 3537-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 61182821-61185828(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G002435 Chr02 NC_080388.1:42404909-42404919promoter 内 3532-3542 bp + 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42401551-42404450(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29920220-29920230promoter 内 3528-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G002023 Chr02 NC_080388.1:36459352-36459362promoter 内 3524-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 36456009-36458885(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000825 Chr02 NC_080388.1:13951362-13951372promoter 内 3519-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 13948074-13950890(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G001232 Chr01 NC_080387.1:24768100-24768110promoter 内 3470-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 24762242-24767579(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACA
SmilChr01G000063 Chr01 NC_080387.1:1052232-1052242promoter 内 3462-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1048335-1051703(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G005089 Chr01 NC_080387.1:68762614-68762624promoter 内 3437-3447 bp + 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68763178-68764269(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62387723-62387733promoter 内 3384-3394 bp - 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62388340-62389416(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000960 Chr02 NC_080388.1:16741727-16741737promoter 内 3380-3390 bp - 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 16742348-16754621(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002199 Chr01 NC_080387.1:38244899-38244909promoter 内 3303-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38245597-38251792(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G001412 Chr01 NC_080387.1:27717394-27717404promoter 内 3292-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27718103-27718804(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G004244 Chr01 NC_080387.1:60743226-60743236promoter 内 3286-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 60741336-60742521(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G002656 Chr02 NC_080388.1:45997949-45997959promoter 内 3275-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45994844-45997233(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATAAGTCAACA
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55700347-55700357promoter 内 3237-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55696078-55699593(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G002248 Chr01 NC_080387.1:39095375-39095385promoter 内 3206-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39096170-39098340(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G000550 Chr02 NC_080388.1:7683593-7683603promoter 内 3182-3192 bp - 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7684412-7685293(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G004504 Chr01 NC_080387.1:63155366-63155376promoter 内 3163-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63156204-63164130(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr02G001264 Chr02 NC_080388.1:23172615-23172625promoter 内 3132-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 23173484-23176757(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002364 Chr01 NC_080387.1:40805291-40805301promoter 内 3053-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40806239-40815704(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002498 Chr01 NC_080387.1:42818567-42818577promoter 内 3020-3030 bp - 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42817078-42817596(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G002225 Chr02 NC_080388.1:39570654-39570664promoter 内 3009-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39567398-39569672(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G001455 Chr02 NC_080388.1:27221972-27221982promoter 内 2985-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 27222988-27224878(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAACT
SmilChr02G000410 Chr02 NC_080388.1:5154776-5154786promoter 内 2946-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5155831-5158826(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTTT
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