转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G001896; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004057-RA_Salv SmilChr08G001896 MYB XP_057783815.1 MP00564 AAAAATTAGGTGAAA

可能结合的靶基因

9893 个结合位点 6984 个候选靶基因 第 40 / 140 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004433 Chr02 NC_080388.1:66723769-66723783promoter 内 2493-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66725277-66728477(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTATTAGGTGAGT
SmilChr03G001441 Chr03 NC_080389.1:17147158-17147172promoter 内 2431-2445 bp + 1556 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17144939-17145602(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCTCACCTACAACTT
SmilChr02G002687 Chr02 NC_080388.1:46547604-46547618promoter 内 2322-2336 bp - 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46549283-46552267(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTACACCTAATTAGT
SmilChr03G002818 Chr03 NC_080389.1:44654965-44654979promoter 内 2318-2332 bp + 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44656648-44657969(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCAAGTAGGTGAGC
SmilChr03G003925 Chr03 NC_080389.1:58335720-58335734promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 58330695-58334025(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCAAATTAGTTGGGA
SmilChr01G002293 Chr01 NC_080387.1:39773590-39773604promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39762061-39771829(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CAATTGTAGGTGAAC
SmilChr02G000007 Chr02 NC_080388.1:63808-63822promoter 内 2204-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60632-62025(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGCTACCTAATTTCT
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62557212-62557226promoter 内 2043-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62559170-62565033(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCATACCTAATTTTT
SmilChr02G002686 Chr02 NC_080388.1:46547604-46547618promoter 内 2043-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46544823-46545660(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ACTAATTAGGTGTAG
SmilChr01G004821 Chr01 NC_080387.1:66394209-66394223promoter 内 2028-2042 bp - 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66396182-66396252(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCTCACCTACTCCAT
SmilChr01G002491 Chr01 NC_080387.1:42629475-42629489promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42620759-42627351(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGAAATTAGGTGCAT
SmilChr01G003469 Chr01 NC_080387.1:53234298-53234312promoter 内 1752-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53236547-53239556(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TAAGATTAGGTGGCA
SmilChr03G000414 Chr03 NC_080389.1:4460155-4460169promoter 内 1741-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 4455027-4457909(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATCACCTACCTAAA
SmilChr02G001030 Chr02 NC_080388.1:18224258-18224272promoter 内 1726-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 18226533-18226997(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGAATTTAGGTGAAA
SmilChr02G005456 Chr02 NC_080388.1:74888332-74888346promoter 内 1714-1728 bp + 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74883626-74886059(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCAACCTAATTTTT
SmilChr03G002817 Chr03 NC_080389.1:44654965-44654979promoter 内 1707-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 44650403-44652685(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCTCACCTACTTGAA
SmilChr02G003038 Chr02 NC_080388.1:51094480-51094494promoter 内 1668-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51096813-51098669(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 ATCCAACTAATTTTT
SmilChr02G003876 Chr02 NC_080388.1:60816969-60816983promoter 内 1407-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60812787-60814389(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CTAAATTAGGTAACA
SmilChr03G001196 Chr03 NC_080389.1:13783523-13783537promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 13777504-13780906(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCAAATTAGTTGGAG
SmilChr03G002686 Chr03 NC_080389.1:42740097-42740111promoter 内 1291-1305 bp + 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42730198-42737401(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAAATTAT
SmilChr02G003655 Chr02 NC_080388.1:57935961-57935975promoter 内 1251-1265 bp - 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 57938711-57941795(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GCTCAACTAATTTAA
SmilChr01G005264 Chr01 NC_080387.1:70104497-70104511promoter 内 1226-1240 bp - 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 70107272-70111578(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGCCACCTAATTAAT
SmilChr01G005281 Chr01 NC_080387.1:70201528-70201542promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 70204353-70208629(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGCCACCTAATTAAT
SmilChr03G003082 Chr03 NC_080389.1:47871881-47871895promoter 内 1031-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47867970-47868925(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AAGGATTAGGTGAAT
SmilChr02G003215 Chr02 NC_080388.1:53337873-53337887promoter 内 981-995 bp + 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 53333452-53334867(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATCACCTACCTCTC
SmilChr03G002488 Chr03 NC_080389.1:39554960-39554974promoter 内 875-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39558086-39561065(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AATTATTAGGTAAGA
SmilChr01G006083 Chr01 NC_080387.1:76286940-76286954promoter 内 861-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 76281784-76283814(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTCGACCTAATTCAA
SmilChr03G002622 Chr03 NC_080389.1:41606162-41606176promoter 内 837-851 bp + 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 41609326-41610194(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGATGTTAGGTGCGA
SmilChr03G002674 Chr03 NC_080389.1:42464023-42464037promoter 内 832-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42453681-42460868(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAAATTAT
SmilChr01G003614 Chr01 NC_080387.1:54678491-54678505promoter 内 712-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 54681780-54685540(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCAACAAATTTTT
SmilChr01G001857 Chr01 NC_080387.1:33518910-33518924promoter 内 696-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33522215-33522682(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTTCACCTACATATA
SmilChr02G001743 Chr02 NC_080388.1:32025758-32025772promoter 内 670-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 32018425-32022441(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 AGGAATTAGGTTGAC
SmilChr02G002991 Chr02 NC_080388.1:50581093-50581107promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50574042-50577554(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GTTCAACAAATTTTT
SmilChr03G003068 Chr03 NC_080389.1:47634167-47634181promoter 内 374-388 bp - 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47637794-47638543(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TTCCAACTAATTTCA
SmilChr03G000329 Chr03 NC_080389.1:3747382-3747396promoter 内 232-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3742962-3743627(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 GATCACCTACCTAAA
SmilChr03G003865 Chr03 NC_080389.1:57732898-57732912promoter 内 193-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 57724565-57729104(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TCTCACCTAAATTAT
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SmilChr01G003417 Chr01 NC_080387.1:52802529-52802543promoter 内 3110-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 52803420-52803491(+) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 CCACACCTAATTTAC
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SmilChr01G005533 Chr01 NC_080387.1:72177510-72177524promoter 内 82-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 72171487-72173605(-) SMil_00004057-RA_Salv MP00564 TGCCACCTAACCATA