转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 5 / 135 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001321 Chr02 NC_080388.1:24550562-24550576promoter 内 2356-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 24552207-24555159(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTATCCTTATCCGC
SmilChr01G003407 Chr01 NC_080387.1:52729593-52729607promoter 内 569-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 52733025-52736021(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGATTTAT
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38738477-38738491promoter 内 318-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 38742160-38743032(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCTCCTTATCCTC
SmilChr02G002306 Chr02 NC_080388.1:40683531-40683545promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40684245-40687671(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGACAAT
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60155011-60155025promoter 内 2880-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGATAATG
SmilChr02G002052 Chr02 NC_080388.1:36931210-36931224promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 36932939-36935810(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGACAAT
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58201741-58201755promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTCTTATCCAC
SmilChr01G001141 Chr01 NC_080387.1:23359648-23359662promoter 内 1640-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 23355771-23357301(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTATCTTATCCAC
SmilChr02G002291 Chr02 NC_080388.1:40432700-40432714promoter 内 1325-1339 bp - 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40435376-40439292(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGAGGAA
SmilChr03G000429 Chr03 NC_080389.1:4659947-4659961promoter 内 1313-1327 bp - 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 4662635-4663814(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGAGGAA
SmilChr03G002633 Chr03 NC_080389.1:41864391-41864405promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 41857372-41861012(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAAACCTTATCCAA
SmilChr02G003471 Chr02 NC_080388.1:56013432-56013446promoter 内 17-31 bp - 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56017416-56023072(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGTTCCA
SmilChr01G004628 Chr01 NC_080387.1:64332951-64332965promoter 内 3842-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 64329989-64332806(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGAACCTTATCCTA
SmilChr03G001885 Chr03 NC_080389.1:26256368-26256382promoter 内 2983-2997 bp + 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 26247151-26255364(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGTTTGA
SmilChr01G002823 Chr01 NC_080387.1:46768435-46768449promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 46769492-46771782(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCAACCTTATCTCC
SmilChr03G000539 Chr03 NC_080389.1:5849466-5849480promoter 内 2065-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 5851402-5859757(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCCATCTTATCCTC
SmilChr03G002350 Chr03 NC_080389.1:37130357-37130371promoter 内 1226-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 37133132-37137085(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCCACCTTATCCAT
SmilChr02G003682 Chr02 NC_080388.1:58188361-58188375promoter 内 463-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 58180474-58184837(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAATTTG
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44174056-44174070promoter 内 3599-3613 bp + 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGAATAAA
SmilChr02G004221 Chr02 NC_080388.1:64423647-64423661promoter 内 3267-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 64424381-64430938(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCAAACCTTATCTTC
SmilChr03G001489 Chr03 NC_080389.1:17957435-17957449promoter 内 1650-1664 bp + 2337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 17953517-17955098(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGTGACA
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56583432-56583446promoter 内 1597-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 56585836-56587390(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCTTCCTTATCCAC
SmilChr02G000145 Chr02 NC_080388.1:1935340-1935354promoter 内 932-946 bp + 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 1938409-1944296(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCACCTTATCCAT
SmilChr02G001322 Chr02 NC_080388.1:24561179-24561193promoter 内 3880-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 24561300-24564946(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr01G001028 Chr01 NC_080387.1:21429692-21429706promoter 内 3803-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 21425967-21429508(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr03G002630 Chr03 NC_080389.1:41755129-41755143promoter 内 3745-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 41755385-41756770(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGAAGAG
SmilChr01G002426 Chr01 NC_080387.1:41796723-41796737promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 41792986-41796296(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr03G000661 Chr03 NC_080389.1:7400368-7400382promoter 内 3421-3435 bp + 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 7396237-7399802(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr03G001174 Chr03 NC_080389.1:13496966-13496980promoter 内 3192-3206 bp - 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 13497775-13500713(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr03G001173 Chr03 NC_080389.1:13486658-13486672promoter 内 3187-3201 bp - 800 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 13487472-13490429(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr03G001172 Chr03 NC_080389.1:13476349-13476363promoter 内 3185-3199 bp - 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 13477165-13480092(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr03G001543 Chr03 NC_080389.1:19360273-19360287promoter 内 3146-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 19361128-19363921(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTTCAA
SmilChr02G002679 Chr02 NC_080388.1:46379546-46379560promoter 内 2184-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 46381363-46381773(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACCTTATCCTA
SmilChr01G001054 Chr01 NC_080387.1:21884344-21884358promoter 内 1646-1660 bp - 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 21878789-21882003(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATCCTTATCTAC
SmilChr02G000995 Chr02 NC_080388.1:17488196-17488210promoter 内 1201-1215 bp - 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 17482184-17485410(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATCCTTATCTAC
SmilChr01G002515 Chr01 NC_080387.1:43104663-43104677promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 43098669-43101870(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATCCTTATCTAC
SmilChr02G000241 Chr02 NC_080388.1:3118478-3118492promoter 内 1184-1198 bp - 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 3112493-3115675(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATCCTTATCTAC
SmilChr01G003017 Chr01 NC_080387.1:49194644-49194658promoter 内 1165-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 49197480-49200171(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATATCCTTATCTAC
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SmilChr01G003758 Chr01 NC_080387.1:55969679-55969693promoter 内 1049-1063 bp - 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 55972631-55975320(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGATAAGGATATC
SmilChr03G001587 Chr03 NC_080389.1:20108303-20108317promoter 内 894-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 20102180-20105210(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAACCTCATCCTC
SmilChr01G002003 Chr01 NC_080387.1:35536350-35536364promoter 内 516-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 35530783-35532879(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGAAAAG