转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 54 / 151 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002991 Chr01 NC_080387.1:48836146-48836158promoter 内 659-671 bp - 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 48828537-48832816(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTAATATG
SmilChr03G003956 Chr03 NC_080389.1:58608311-58608323promoter 内 427-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58598636-58604749(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACCATC
SmilChr04G000950 Chr04 NC_080390.1:12571728-12571740promoter 内 3353-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 12572376-12574960(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCCAA
SmilChr01G004801 Chr01 NC_080387.1:66227955-66227967promoter 内 3006-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 66228950-66232834(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATTACCTACCCAC
SmilChr04G002379 Chr04 NC_080390.1:38319859-38319871promoter 内 1592-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 38322268-38330598(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTGGGTAGGTAAT
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73362762-73362774promoter 内 424-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 73356046-73359197(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGGGTAGGTGCA
SmilChr03G002142 Chr03 NC_080389.1:33361636-33361648promoter 内 214-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 3 33356268-33357861(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACTTAG
SmilChr03G001254 Chr03 NC_080389.1:14470642-14470654promoter 内 2190-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 14461786-14468843(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAAGGTAGGTTGA
SmilChr01G003199 Chr01 NC_080387.1:50756872-50756884promoter 内 1943-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 50758930-50765314(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAACCTACCTCT
SmilChr04G002773 Chr04 NC_080390.1:43516960-43516972promoter 内 1923-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 43519038-43526984(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GCGATTAGGTAAG
SmilChr01G004227 Chr01 NC_080387.1:60647774-60647786promoter 内 1781-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 60643350-60645566(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTACTTAG
SmilChr02G005528 Chr02 NC_080388.1:75344338-75344350promoter 内 1323-1335 bp - 2666 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 75347016-75350583(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGATTAGGTAAC
SmilChr01G002934 Chr01 NC_080387.1:48101131-48101143promoter 内 548-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 48104584-48106855(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AGGATTAGGTAAC
SmilChr01G005716 Chr01 NC_080387.1:73362762-73362774promoter 内 545-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 73366218-73368088(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCCAA
SmilChr03G000766 Chr03 NC_080389.1:8773530-8773542promoter 内 3953-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 8760405-8773494(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCACCTACCCAA
SmilChr02G002801 Chr02 NC_080388.1:48098196-48098208promoter 内 3949-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 48097692-48098156(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAACCTACCCTC
SmilChr03G000076 Chr03 NC_080389.1:930168-930180promoter 内 3859-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 927039-930038(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000120 Chr03 NC_080389.1:1322665-1322677promoter 内 3825-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1302179-1322501(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000275 Chr03 NC_080389.1:3133661-3133673promoter 内 3817-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3130449-3133489(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000104 Chr03 NC_080389.1:1158870-1158882promoter 内 3815-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1155514-1158696(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000330 Chr03 NC_080389.1:3747383-3747395promoter 内 3706-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3743835-3747100(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000265 Chr03 NC_080389.1:3068866-3068878promoter 内 3669-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3065973-3068546(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3080445-3080457promoter 内 3669-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3163354-3163366promoter 内 3666-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G004330 Chr03 NC_080389.1:61653852-61653864promoter 内 3666-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 61645624-61653529(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATCTT
SmilChr01G003115 Chr01 NC_080387.1:49957071-49957083promoter 内 3426-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49957646-49959019(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCAACCTACCTCT
SmilChr02G003243 Chr02 NC_080388.1:53707462-53707474promoter 内 3286-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 53705917-53706759(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CCAAGTAGGTAAA
SmilChr03G000266 Chr03 NC_080389.1:3080445-3080457promoter 内 3002-3014 bp - 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3077461-3079458(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ATCACCTACCTAA
SmilChr03G000122 Chr03 NC_080389.1:1322665-1322677promoter 内 2976-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1323690-1324707(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAGGTAGGTGAT
SmilChr04G003148 Chr04 NC_080390.1:48113175-48113187promoter 内 2965-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 48109656-48112151(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AAGATTAGGTAAC
SmilChr04G003149 Chr04 NC_080390.1:48113175-48113187promoter 内 2820-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 48114356-48119283(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTACCTAATCTT
SmilChr04G000949 Chr04 NC_080390.1:12571728-12571740promoter 内 2812-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 12565532-12570551(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTGGGTAGGTGCA
SmilChr01G004146 Chr01 NC_080387.1:59982483-59982495promoter 内 2603-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 59983881-59989552(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACTGAA
SmilChr03G001589 Chr03 NC_080389.1:20160830-20160842promoter 内 2473-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 20157875-20159314(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTACCTACTGAA
SmilChr04G001998 Chr04 NC_080390.1:32336742-32336754promoter 内 2373-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 32335047-32335126(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCACCTACCGTT
SmilChr05G000391 Chr05 NC_080391.1:2951266-2951278promoter 内 2305-2317 bp - 1684 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 2952962-2953927(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACAAGTAGGTAGC
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